English (UK) 
Projekty w trakcie realizacji
NCN, NCBiR oraz europejskie BK BKM
Tytuł projektu: Narzędzia bioinformatyczne wspomagające analizę danych genomowych, transkryptomicznych i proteomicznych
Numer: 02/010/BK17/0060/9 ; BK-204/RAU1/2017/9
Czas trwania: 2017-01-01-2018-12-31
Kierownik: Joanna Polańska
Główny wykonawca: Michał Marczyk
Wykonawcy: Joanna Żyła, Łukasz Król, Justyna Mika, Anna Rotarska-Mizera, Anna Papież, Katarzyna Bednarczyk, Agnieszka Cecotka, Anna Krawczyk, Franciszek Binczyk, Bożena Rolnik, Joanna Tobiasz
Opis projektu: Celami realizacji zadania są:
• Opracowanie metod oraz przeprowadzenie analizy danych dotyczących historii leczenia pacjentów z rozpoznaną cukrzycą i innymi zaburzeniami gospodarki węglowodanowej.
• Poszukiwanie biomarkerów chorób zwyrodnieniowych mózgu takich jak choroba Alzheimera oraz choroba Parkinsonna dla celów polepszenia wczesnej diagnostyki tych chorób. Wykorzystane zostaną dane z neuroobarzowania tj. obrazy medyczne uzyskane techniką magnetycznego rezonansu jądrowego, tomografii komputerowej oraz pozytonowej tomografii emisyjnej.
• Opracowanie technik dla wieloplatformowej analizy danych biologii molekularnej pozyskiwanych technikami wysokoprzepustowymi.
• Analiza środowiskowych i genetycznych czynników radiowrazliwości w oparciu o dane cechujące się zróżnicowanym stopniem pokrewieństwa.
• Badanie metod wstępnego przetwarzania obrazów żeli z elektroforezy 2D i opracowanie aplikacji wspomagających obliczenia.
• Opracowanie technik analizy zmian strukturalnych materiału genetycznego powstających
w liniach komórkowych w odpowiedzi na promieniowanie jonizujące celem powiązania trendów zachowań ze stopniem radiowrażliwości komórek.
• Opracowanie metod analizy danych wysokoprzepustowych związanych z odpowiedzią organizmu na promieniowanie jonizujące.
• Pogłębienie wiedzy na temat mechanizmów epigenetycznych i kontroli ekspresji genów, występujących przy ostrej białaczce szpikowej, będącej skutkiem m.in. promieniowania jonizującego.
Planowanymi efektami naukowymi i praktycznymi są:
• Poznanie sposobów leczenia cukrzycy oraz ścieżek terapii pacjentów z rozpoznaną cukrzycą
i innymi zaburzeniami gospodarki węglowodanowej.
• Znalezienie zespołu tzw. biomarkerów chorób zwyrodnieniowych mózgu takich jak choroba Alzheimera oraz choroba Parkinsonna które mogę zostać wykorzystane dla celów wczesnej diagnostyki tych chorób oraz opracowanie pełnej ścieżki przetwarzania danych neuroobrazowania.
• Utworzenie procedury dla łączonej analizy danych pozyskiwanych technikami wysokoprzepustowymi.
• Uzyskanie modelu wpływu czynników środowiskowych (E) i genetycznych(G), leżących
u podstaw zjawiska odpowiedzi na promieniowanie jonizujące.
• Wytworzenie aplikacji do analiz żeli 2D oraz podstawowej procedury detekcji białek w obrazie żelu elektroforetycznego.
• Wyselekcjonowanie markerów genetycznych umożliwiających zaklasyfikowanie pacjentów do grupy o zwiększonej bądź normalnej wrażliwości na promieniowanie.
• Opracowanie i rozwinięcie metody klasteryzacji znajdującej potencjalne zastosowanie
w analizach pomiarów o zadanej relacji porządku (przykladowo dla szeregów czasowych).
• Impementacja algorytmów analizy danych pochodzących z badań nad wpływem promieniowania jonizującego na organizmy żywe, uzyskanych metodami wysokoprzepustowymi.
• Opracowanie metod i algorytmów do analizy i integracji danych genomicznych
i transkryptomicznych dotyczących wpływu promieniowania jonizującego na mechanizmy ekspresji genów, ze szczególnym uwzgl
Afiliowane publikacje:
1. Robert Dziedzic, Tomasz Marjański, Franciszek Bińczyk, Joanna Polańska, Wioletta Sawicka, Witold Rzyman, Favourable outcomes in early-stage non-small cell lung cancer patients operated by VATS - a propensity score-matched analysis. European Journal of Cardio-Thoracic Surgery, 2018, 54(3): 547–553, doi: 10.1093/ejcts/ezy101
2. Ewa Rusak, Anna Rotarska-Mizera, Piotr Adamczyk, Bogdan Mazur, Joanna Polanska and Agata Chobot: Markers of anemia in children with type 1 diabetes, Journal of Diabetes Research, 2018, ID 5184354, 7 pages, https://doi.org/10.1155/2018/5184354
3. Joanna Tobiasz, Najla Al-Harbi, Sara Bin Judia, Salma Majid, Ghazi Alsbeih, and Joanna Polanska: Are Radiosensitive and Regular Response Cells Homogeneous in Their Correlations Between Copy Number State and Surviving Fraction After Irradiation? 6th International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering, IWBBIO 2018, April 25-27, 2018, Granada, Spain. Lecture Notes in Bioinformatics, 10813:197-208, doi: 10.1007/978-3-319-78723-7_17
4. Suwalska Aleksandra, Kocot Szymon, Binczyk Franciszek, Siuda Joanna, Bobek-Billewicz Barbara, Tarnawski Rafal, Polanska Joanna, Rudzinska-Bar Monika: Wykorzystanie konwolucyjnych sieci neuronowych do identyfikacji na obrazach MRI obszarów istotnych w diagnostyce zaburzeń funkcji poznawczych w przebiegu choroby Parkinsona. III Kongres Polskiego Towarzystwa Choroby Parkinsona i Innych Zaburzeń Ruchowych, Katowice 12-14 kwietnia 2018
5. Binczyk F, Marczyk M, Polanska J: LISI - system for automated Lymphocyte Identification in H-E Stained tissue Images. 2nd Annual Meeting of MAQC Society, Precision Medicine and Clinical Omics, February 24-27, 2018, Shanghai, China
6. Chobot Agata, Janota Oliwia, Polanska Joanna, Pluskiewicz Wojciech: Jakość tkanki kostnej u młodzieży i młodych dorosłych z cukrzycą typu 1 w porównaniu z wynikami sprzed 10 lat. Przegląd Pediatryczny, 47(1):24; XVI Konferencja Cukrzycy Typu 1 Sekcji Pediatrycznej Polskiego Towarzystwa Diabetologicznego, 12-14 kwietnia 2018, Łódź.
7. Chobot A, Sokołowska M, Stompór J, Szyda K, Deja G, Polanska J, Jarosz-Chobot P: Okres remisji u dzieci z cukrzycą typu 1(T1DM) rozpoznaną w latach 2012-2013, 4-letnia obserwacja kliniczna. XVI Konferencja Cukrzycy Typu 1 Sekcji Pediatrycznej Polskiego Towarzystwa Diabetologicznego, 12-14 kwietnia 2018, Łódź. Przegląd Pediatryczny, 47(1):26-27
8. Gosławska Z, Jarosz-Chobot P, Szczepańska M, Szadkowska A, PiątkiewiczP, Bernas M, Polanska J, Chobot A: Ocena wiedzy dotyczącej cukrzycy wśród studentów ostatniego roku kierunku lekarskiego. XVI Konferencja Cukrzycy Typu 1 Sekcji Pediatrycznej Polskiego Towarzystwa Diabetologicznego, 12-14 kwietnia 2018, Łódź. Przegląd Pediatryczny, 47(1):31-32
9. Tobiasz J., Al-Harbi N., Bin Judia S., Majid S., Alsbeih G., Polanska J., Mathematical modelling as a method of feature selection for radiosensitivity biomarkers identification. 1st Summer School of the Malopolska Centre of Biotechnology. 22-25.05.2018, Zakopane, Poland
10. Mika J, Yoshida K, Kusunoki Y, Candeias S, Polanska J: Does diversity of T cell receptors functionality depend on age and sex? Book of Abstracts, p.117, XII Annual q-bio Conference, Houston, TX, June 26-29, 2018
11. Zyla J., Danek A., Labaj P., Polanska J.: iK-means clustering in RNA-Seq data analysis of complex experiment design structure. Book of abstracts p.27, Computational Approached in Precision Medicine, 2017, 27-28 July, Vienna, Austria
12. Binczyk F, Marczyk M, Polanska J: Detection of lymphocytes in stained whole tissue images by signal modelling approach. Computational Approaches in Precision Medicine, 2017, 27-28 July, Vienna, Austria
13. Zyla J, Badie C, Albeih G, Polanska J: Heritability in radiation response investigation of H2AX and MDM2. In Proceedings of the XXIII National Conference on Applications of Mathematics in Biology and Medicine, 2017, p. 155-160. Eds. U. Forys, J. Smieja, ISBN: 978-83-932893-3-2
14. Papiez Anna, Badie Christophe and Polanska Joanna. Response profiles for high and therapeutic radiation doses in breast cancer patients, 2017. XXIII National Conference on Applications of Mathematics in Biology and Medicine (XXIII KKZMBM), 11/09/2017-15/09/2017, Jugowice, Polska, pp. 137-142 Response profiles for high and therapeutic radiation doses in breast cancer patients, ISBN: 978-8-3932-8933-2, pp. 137-142.
15. E. Rusak, P. Adamczyk, B. Mazur, A. Rotarska-Mizera, J. Polanska, A. Chobot: Early markers of anemia among children with type 1 diabetes (T1DM), 43rd Annual Conference of the International Society for Pediatric and Adolescent Diabetes, Innsbruck, Austria, October 18 – 21, 2017, P267, Pediatric Diabetes, 18(S25):145
16. A. Chobot, M. Sokolowska, J. Stompor, K. Szyda, G. Deja, J. Polanska, P. Jarosz-Chobot: Type 1 diabetes (T1DM) remission in a cohort of 194 children - evidence supporting the acceleration hypothesis?, 43rd Annual Conference of the International Society for Pediatric and Adolescent Diabetes, Innsbruck, Austria, October 18 – 21, 2017, P352, Pediatric Diabetes, 18(S25):172
17. Z. Goslawska, P. Jarosz-Chobot, M. Szczepanska, A. Szadkowska, P. Piatkiewicz, M. Bernas, J. Polanska, A. Chobot: Knowledge concerning diabetes among students of the final year of medicine in Poland, 43rd Annual Conference of the International Society for Pediatric and Adolescent Diabetes, Innsbruck, Austria, October 18 – 21, 2017, eP177, Pediatric Diabetes, 18(S25):114
18. Papiez A, Zyla J, Binczyk F, Polanska J: Drosophila melanogaster RNA-Seq analysis by k-means clustering with adaptive initial conditions, XXI Gliwickie Spotkania Naukowe 2017, 17-18.11.2017, Gliwice, Polska, Book of Abstracts, p.135.
19. Papiez Anna, Azimzadeh Omid, Tapio Soile and Polanska Joanna. Regression analysis for dose and age related deregulated proteins, 2017. 4th ICRP Symposium on the system of radiological protection and 2nd European Radiological Protection Research Week (ICRP-ERPW 2017), 10/10/2017-12/10/2017, Paris, France, pp. 83
20. Zyla J., Kabacik S., Manning G., Finnon P., Wakil S., Alsbeih G., Badie C., Polanska J.: Genetic factors in radiation-induced gamma-H2AX phosphorylation and in silico based identification of SNPs influencing its response level. 4th International Symposium on the System of Radiological Protection of International Commission on Radiological Protection and 2nd European Radiation Protection Research Week, ICRP-ERPW 2017, p.83, 10-12.10.2017, Paryż, France
21. Joanna Tobiasz, Ghazi Alsbeih, Joanna Polanska: Background radiation-induced differences of Copy Number Variations between radiosensitive and regular response patients. 4th International Symposium on the System of Radiological Protection of International Commission on Radiological Protection and 2nd European Radiation Protection Research Week, ICRP-ERPW 2017, 10-12.10.2017, Paris, France
22. Tobiasz J., Al-Harbi N., Bin Judia S., Majid S., Alsbeih G., Polanska J., Correlation between radiosensitivity and background radiation-induced Copy Number Variations. XXI Gliwice Scientific Meetings, Book of abstracts, p. 165. 17-18.11.2017, Gliwice, Poland
23. Marczyk M: Methods for filtering 2D gel electrophoresis images. Book of Abstracts, p.116, XXI Gliwice Scientific Meetings, Gliwice, November 17-18, 2017
24. Binczyk F., Marczyk M., Polanska J.: Automated detection of lymphocytes in whole slide histopathological images using mimseg2 approach. XXI Gliwice Scientific Meetings, Book of abstracts, p. 68. 17-18.11.2017, Gliwice, Poland.
25. Cecotka A., Polanska J.: Different methylation profiles and their alterations among gene associated and intergenic genome regions in AML. XXI Gliwice Scientific Meetings, Book of abstracts, p. 71. 17-18.11.2017, Gliwice, Poland.
26. Kocot S., Binczyk F.: Application of fully convolutional deep neural networks as an efficient technique for automated segmentation of gliomas. XXI Gliwice Scientific Meetings, Book of abstracts, p. 105. 17-18.11.2017, Gliwice, Poland.
Tytuł projektu: Wybrane problemy przetwarzania barwnych obrazów cyfrowych
Numer: 02/010/BK17/0060/04 ; BK-204/RAU1/2017/04
Czas trwania: 2017-01-01-2018-12-31
Kierownik: Bogdan Smołka
Główny wykonawca: Henryk Palus
Wykonawcy: Adam Popowicz, Bartosz Binias, Artur Bal, Mariusz Frąckiewicz, Andrzej Kordecki, Marek Szczepański, Krystian Radlak
Opis projektu: Celami realizacji zadania są:
• Opracowanie nowej rodziny filtrów umożliwiających poprawę jakości barwnych obrazów cyfrowych zakłóconych przez mieszaninę szumu impulsowego i gaussowskiego. Koncepcja nowego paradygmatu filtracji opiera się na zastosowaniu odpornej miary podobieństwa pikseli uwzględniającej strukturę ich lokalnego sąsiedztwa.
• Opracowanie algorytmu redukcji szumów impulsowych w barwnych obrazach cyfrowych bazującego na transformacji dystansowej.
• Utworzenie nowej klasy algorytmów redukcji szumów mieszanych w obrazach cyfrowych
i w sekwencjach wideo, opartych na koncepcji ścieżek cyfrowych oraz średnich nielokalnych. Proponowana metoda będzie łączyła efektywność detekcji impulsów ze skutecznością filtracji zakłóceń o rozkładzie zbliżonym do rozkładu Gaussa, poprzez wykorzystanie algorytmu średnich nielokalnych oraz samopodobieństwa kolejnych klatek obrazu.
• Nowe zastosowania wskaźnika DSCSI (Directional Statistics based Color Similarity Index) do oceny obrazów poddanych przetwarzaniu wstępnemu.
• Opracowanie algorytmów detekcji skóry w obrazach barwnych.
• Utworzenie nowych metod segmentacji obrazów monochromatycznych i barwnych, bazujących na rozroście obszarów. Rozwijanie kombinowanych metod kwantyzacji obrazów barwnych wraz z ditheringiem.
• Zastosowanie wskaźników jakości (Jaccarda, Dice’a i innych) do oceny jakości segmentacji obrazów.
• Opracowanie poprawionej metody Funta dla potrzeb kalibracji kolorymetrycznej.
• Zastosowanie algorytmów wizji komputerowej do rozpoznawania autentyczności ekspresji mimicznych.
• Opracowanie procedur kalibracji kolorymetrycznej urządzeń pozyskujących oraz reprodukujących obrazy cyfrowe. Badania będą dotyczyły m.in. wpływu warunków otoczenia na procesy pozyskiwania i reprodukcji obrazów, metod korekcji zniekształceń powstałych
w wyniku akwizycji obrazów i technik tworzenia obrazów o rozszerzonym zakresie dynamiki.
• Analiza możliwości poprawy wyników segmentacji obrazów poprzez: zastosowanie nowych kryteriów łączenia obszarów na etapie przetwarzania końcowego, rozwój metod przydziału pikseli leżących między dwoma obszarami oraz opracowanie elastycznych metod oceny wyników segmentacji.
Planowanymi efektami naukowymi i praktycznymi są:
• Zastosowanie nowych algorytmów redukcji szumów do poprawy jakości obrazów i sekwencji wideo pozyskiwanych za pomocą kamer szybkobieżnych.
• Wykorzystanie zasobów kart graficznych do akceleracji algorytmów redukcji szumów impulsowych w barwnych obrazach cyfrowych i sekwencjach wideo.
• Zastosowanie opracowanych algorytmów do redukcji szumów w obrazach i sekwencjach wideo pozyskanych w trudnych warunkach oświetleniowych. Dodatkowo zaproponowane algorytmy zostaną wykorzystane do poprawy jakości pojedynczego obrazu przy jego wielokrotnej akwizycji.
• Powstałe algorytmy detekcji skóry umożliwią ich zastosowanie m. in. do wykrywania chorobowych zmian dermatologicznych.
• Opracowane metody segmentacji zostaną zastosowane do analizy obr
Afiliowane publikacje:
1. B. Smolka, L. Malinski, Impulsive noise removal in color digital images based on the concept of digital paths, Proceedings of 13th International Conference on Computer Science & Education (ICCSE), 8-11 August, 2018, Colombo, Sri Lanka, pp 499-504, (IEEE), 2018
2. L. Malinski, B. Smolka, On impulsive noise suppression techniques in color images, Proceedings of the 23nd International Conference on Methods and Models in Automation and Robotics (MMAR), Międzyzdroje, Poland, August 27-30, 2018, pp. 401-406, (IEEE)
3. B. Smolka, J. Nalepa, M. Kawulok, B. Cyganek, Robust enhancement technique for color images corrupted by impulsive noise, Proc. SPIE 10670, Real-Time Image and Video Processing 2018, 1067003; doi: 10.1117/12.2303717
4. M. Walczak, J. Nalepa, M. Kawulok, W. Dudzik, B. Smolka, Evolutionary cortical surface segmentation, Proc. SPIE 10670, Real-Time Image and Video Processing 2018, 106700D; doi: 10.1117/12.2304549
Tytuł projektu: Narzędzia bioinformatyczne wspomagające analizę danych genomowych, transkryptomicznych i proteomicznych
Numer: BK/213/Rau1/2016/10, 02/010/BK_16/3015/10
Czas trwania: 2016/01/01-2017/12/31
Kierownik: Joanna Polanska
Główny wykonawca: Michał Marczyk
Wykonawcy: Franciszek Binczyk, Joanna Żyła, Anna Papież, Agnieszka Błachowicz, Justyna Kotas, Łukasz Król, Bożena Rolnik, Anna Rotarska-Mizera
Opis projektu: Celami realizacji zadania są:
• Opracowanie narzędzi bioinformatycznych wspomagających integratywną analizę danych z zakresu genomiki, transkryptomiki, proteomiki, metabolomiki, przeprowadzenie analizy porównawczej różnych technik integracji danych
• Stworzenie środowiska obliczeniowego dla automatycznego modelowania widm proteomicznych MALDI ToF wysokiej i niskiej rozdzielczości
• Implementacja i optymalizacja algorytmów automatycznej korekty fazy i linii bazowej
w widmach NMR oraz MALDI-MS
• Opracowanie oraz przeprowadzenie analizy wrażliwościowej i jakościowej zmodyfikowanych algorytmów imputacji brakujących danych w badaniach asocjacyjnych całego genomu
• Opracowanie metod oraz przeprowadzenie analizy danych dotyczących liczby kopii sekwencji DNA pochodzących z macierzy Cytoscan w aspekcie radiowrażliwości
• Rozwój algorytmu selekcji cech metodą Monte Carlo i zastosowanie go do klasyfikacji za pomocą zróżnicowanych metod, takich jak drzewa decyzyjne, SVM lub regresja logistyczna
• Konstrukcja i analiza modeli kosztów leczenia i profilaktyki oraz modeli epidemiologicznych wraz z estymacją parametrów dla danych dotyczących cukrzycy typu I i II na terenie Górnego Śląska
• Poszukiwanie algorytmów do analizy danych uzyskanych technikami obrazowania molekularnego MALDI-IMS do znalezienia obszarów heterogeniczności guza oraz sygnatury molekularnej poszczególnych struktur
• Rozwój metod i algorytmów statystycznych w zastosowaniach do analizy danych o dużych próbach oraz rozwinięcie sposobu analizy w kierunku metod bayesowskich.
Afiliowane publikacje:
1. Chobot Agata, Ewa Rusak, Janet Wenzlau, Howard Davidson, Piotr Adamczyk, Agnieszka Krzywicka, Bogdan Mazur, Joanna Polanska, Marian Rewers: ATP4A autoimmunity in pediatric patients with type 1 diabetes and its relationship to blood count, iron metabolism and vitamin B12. Pediatric Diabetes, 2018, 19:80-84, Epub April 12, 2017, doi: 10.1111/pedi.12528
2. Krawczyk A, Polanska J: Comparative analysis of microRNA-target gene interaction prediction algorithms based on integrated p-value calculation. Advances in Intelligent Systems and Computing, 2018, 659:137-143, International Conference on Man-Machine Interactions, ICMMI 2017, October 3-6, 2017, Kraków
3. Cecotka A., Polanska J.: Zmiany poziomu metylacji DNA w różnych regionach genomu w ostrej białaczce szpikowej. Śląskie Spotkania Naukowe IV SSN, 24-25.03.2017, Ustroń, Polska, p.12
4. Bednarczyk K., Polanska J.: Analiza korekcji linii bazowej w widmach z obrazowania molekularnego MSI s. 9, Śląskie Spotkania Naukowe, Marzec 24-25, 2017, Ustroń
5. Bożena Rolnik, Najla Al-Harbi, Sara Bin Judia, Salma Majid, Ghazi Alsbeih, Joanna Polanska: Analiza trendów zmian strukturalnych w genomie w odpowiedzi na wybrane dawki promieniowania jonizującego. Śląskie Spotkania Naukowe IV SSN, 24-25.03.2017, Ustroń, Polska, p.41
6. Chobot A, Sokołowska M, Stompór J, Szyda K, Deja G, Polanska J, Jarosz-Chobot P: Okres remisji u dzieci z cukrzycą typu 1 (T1DM) rozpoznaną w latach 2012-2013. Clinical Diabetology, 2017, 6(Suppl.B):2-3, XVIII Zjazd Naukowy Polskiego Towarzystwa Diabetologicznego PTD’17, 18-20 maja 2017, Poznań
7. Rusak E, Adamczyk P, Mazur B, Rotarska-Mizera A, Polańska J, Chobot A: Ocena parametrów gospodarki żelazowej oraz morfologii krwi obwodowej u dzieci z cukrzycą typu 1 (T1DM). Clinical Diabetology, 2017, 6(Suppl.B):18, XVIII Zjazd Naukowy Polskiego Towarzystwa Diabetologicznego PTD’17, 18-20 maja 2017, Poznań
8. Widlak Piotr, Malgorzata Ros-Mazurczyk, Anna Wojakowska, Karol Jelonek, Monika Pietrowska, Lukasz Marczak, Krzysztof Polanski, Michal Marczyk, Joanna Polanska, Rafal Dziadziuszko, Jacek Jassem, Witold Rzyman: Molecular Signatures Based on Serum Lipids and Metabolites Discriminate Patients with Early Lung Cancer and Healthy Participants of Lung Cancer Screening, GAP 2017 Conference, MD Anderson Houston TX, USA, 9-11 maja 2017
9. Zyla J., Marczyk M., Polanska J.: Reproducibility of Finding Enriched Gene Sets in Biological Data Analysis. In: Fdez-Riverola F., Mohamad M., Rocha M., De Paz J., Pinto T. (eds) 11th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics. PACBB 2017. Advances in Intelligent Systems and Computing, vol 616. p. 146-154 (2017) Springer, Cham ISBN:978-3-319-60815-0
10. Skrzypski MT, Szymanowska-Narloch A, Jassem E, Marczyk M, Polanska J, Biernat W, Rzyman W, Maciejewska A, Pawlowski R, Jassem J: Prognostic value of NK and T-lymphocytes markers in operable non-small cell lung cancer (NSCLC). Journal of Clinical Oncology 2017, 35(15_suppl), p. 11556. ASCO Annual Meeting, Chicago, USA, June 2-6, 2017
11. Skrzypski MT, Marczyk M, Szymanowska A, Kowalczyk A, Maciejewska A, Pawlowski R, Biernat W, Polanska J, Jassem J: Prognostic value of the expression of NKG2D and CD96 in early stage non-small cell lung cancer (NSCLC). Cancer Research 2017, 77(13 Suppl), p. 3700. American Association for Cancer Research Annual Meeting, Washington, USA, April 1-5, 2017
12. Bożena Rolnik, Najla Al-Harbi, Sara Bin Judia, Salma Majid, Ghazi Alsbeih, Joanna Polańska: Characteristics of Copy Number Variation in radiosensitive cell line. Computational Approached in Precision Medicine, 2017, 27-28 July, Vienna, Austria
13. Cecotka A., Polanska J.: Novel Method of Identifying DNA Methylation Fingerprint of Acute Myeloid Leukaemia. In: Fdez-Riverola F., Mohamad M., Rocha M., De Paz J., Pinto T. (eds) 11th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics. PACBB 2017. Advances in Intelligent Systems and Computing, vol 616. pp 189-196, (2017) Springer, Cham ISBN:978-3-319-60815-0
14. M. Szczepanski and K. Radlak, Digital Path Approach Despeckle Filter for Ultrasound Imaging and Video, Journal of Healthcare Engineering, vol. 2017, Article ID 9271251, pp. 1-13, 2017.
15. Krol L., Polanska J.: Multidimensional Feature Selection and Interaction Mining with Decision Tree Based Ensemble Methods. In: Fdez-Riverola F., Mohamad M., Rocha M., De Paz J., Pinto T. (eds) 11th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics. PACBB 2017. Advances in Intelligent Systems and Computing, vol 616. pp 118-125, (2017) Springer, Cham ISBN:978-3-319-60815-0
16. Dziedzic R, Zurek W, Marjanski T, Rudzinski P, Orlowski TM, Sawicka W, Marczyk M, Polanska J, Rzyman W: Stage I non-small cell lung cancer. Long-term results of lobectomy versus sublobar resection from the Polish National Lung Cancer Registry. European Journal of Cardio-Thoracic Surgery, 2017, 52(2):363–369, doi: 10.1093/ejcts/ezx092
17. Chobot A, Polanska J, Brandt A, Deja G, Glowinska-Olszewska B, Pilecki O, Szadkowska A, Mysliwiec M, Jarosz-Chobot P: Updated 24-year trend of type 1 diabetes incidence in children in Poland reveals a sinusoidal pattern and sustained increase. Diabetic Medicine, 2017, 34(9):1252-1258; doi: 10.1111/dme.13345
18. Kotas Justyna, Gaipl Udo and Polańska Joanna. Analysis of data from immunophenotyping of patients undergoing low dose radiation therapy, 2017. XXI Gliwice Scientific Meetings (XXI GSN), 17/11/2017-18/11/2017, Gliwice, Poland, pp. 121
19. Agata Kilar, Theresia Conrad, Jörg Linde, Joanna Polańska: Iron redistribution after Candida albicans infection in the murine kidney. 6th International Conference on Microbial Communication for Young Scientists MiCom2017, 20-23.03.2017, Jena, Germany
20. Bobowicz M, Skrzypski M, Czapiewski P, Marczyk M, Maciejewska A, Jankowski M, Szulgo-Paczkowska A, Zegarski W, Pawłowski R, Polańska J, Biernat W, Jaśkiewicz J, Jassem J: MicroRNA prognostic signature for distant relapse in early stage colon cancer. European Journal of Surgical Oncology 2016, 42(9), p.S85. 36th Congress of European Society of Surgical Oncology ESSO 2016, 14-16 September 2016, Kraków, Poland
21. Bobowicz M, Skrzypski M, Czapiewski P, Marczyk M, Maciejewska A, Jankowski M, Szulgo-Paczkowska A, Zegarski W, Pawlowski R, Polanska J, Biernat W, Jaskiewicz J, Jassem J: Prognostic value of 5-microRNA based signature in T2-T3N0 colon cancer. Clinical & Experimental Metastasis, 2016, 33:765–773, DOI 10.1007/s10585-016-9810-1
22. Zurek W, Rudzinski P, Orlowski T, Marczyk M, Rzyman W: Stage I Non-Small Cell Lung Cancer: Long-Term Results of Lobectomy Versus Sublobar Resection From the Polish Lung Cancer National Registry. Interactive CardioVascular and Thoracic Surgery 2016, 23(Suppl. 1), p.i26. doi:10.1093/icvts/ivw260.92. 24th European Conference on General Thoracic Surgery, Naples, Italy, May 29 – June 1, 2016
23. Zyla J., Badie C., Alsbeih G., Polanska J.: Integracja prawdopodobieństw dla analiz wyników eksperymentów wysokoprzepustowej biologii molekularnej, III Śląskie Spotkania Naukowe, str. 47, Dzierżno 3-4.06.2016
24. Candéias Serge M., Justyna Mika, Sylwia Kabacik, Ann-Karin Olsen, Joanna Polanska, Simon Bouffler, Christophe M Badie: Long term alteration of mouse TCR repertoire following radiation exposure, Radiation Protection Week, Book of abstracts, p.84, 19-23.09.2016, Oxford, UK
25. Krawczyk A, Polanska J: Methods and tools used in mass spectrometry in order to perform deisotoping. OurCon IV, 4th Imaging Mass Spectrometry Conference, 17-21.10.2016, Ustroń
26. Widlak P, Pietrowska M, Diehl HC, Mrukwa G, Kalinowska-Herok M, Gawin M, Chekan M, Elm J, Drazek G, Krawczyk A, Lange D, Meyer HE, Polanska J, Henkel C: Classification of thyroid cancer subtypes based on features of tissue revealed by MALDI-MSI. OurCon IV, 4th Imaging Mass Spectrometry Conference, 17-21.10.2016, Ustroń
27. Pietrowska M, Gawin M, Polańska J, Widłak P: Tissue fixed with formalin and processed without paraffin embedding is suitable for imaging of both peptides and lipids by MALDI-MSI. OurCon IV, 4th Imaging Mass Spectrometry Conference, 17-21.10.2016, Ustroń
28. Polanska J, Mrukwa G, Drazek G, Krawczyk A, Chekan M, Pietrowska M, Widlak P: Gaussian Mixture modelling in MSI-based search for molecularly homogenous regions in cancer tissue. OurCon IV, 4th Imaging Mass Spectrometry Conference, 17-21.10.2016, Ustroń
29. Bednarczyk K, Binczyk F, Polanska J: Quality evaluation of chosen segmentation technique in magnetic resonance imaging data analysis. Gliwickie Spotkania Naukowe 2016, 18-19.11.2016, Gliwice, Polska, p.61
30. Labaj W, Papiez A, Polanska J: Leukemia subtype biomarker validation in large gene ex-pression study. Gliwickie Spotkania Naukowe 2016, 18-19.11.2016, Gliwice, Polska, p.101 - poster
31. Zyla J, Marczyk M, Polanska J: Discovering new biologically relevant pathways by Gene Set Enrichment Analysis. Book of Abstracts, p.102, XX Gliwice Scientific Meetings, Gliwice, November 18-19, 2016
32. Cecotka Agnieszka, Grainne Manning, Christophe Badie, Simon Bouffler, Joanna Polanska: Demethylation level diversification among different genome regions in human AML. Gli-wickie Spotkania Naukowe 2016, 18-19.11.2016, Gliwice, Polska, p.104 - poster
33. Rolnik B., Al-Harbi N., Judia S.B., Majid S., Alsbeih G., Polanska J.: Hierarchical clusterization of dose-response trends in structural modifications of genome, Acta Biochimica Polonica, Supplement 2, Abstracts of BIO 2016 Congress, Wrocław, Poland 13-16.09.16, p.44
34. Cecotka A, Manning G, Badie C, Bouffler S, Polanska J: Demethylation level diversification among different genome regions in human AML, Book of Abstracts, p.104, XX Gliwice Scientific Meetings, Gliwice, November 18-19, 2016
35. Binek A, Rembierz-Knoll A, Polanska J, Jarosz-Chobot P: Reasons for the discontinuation of therapy of personal insulin pump in children with type 1 diabetes. Pediatr Endocrinol Diabetes Metab 2016; 21(2):65-69
Tytuł projektu: Wybrane problemy przetwarzania barwnych obrazów cyfrowych
Numer: BK/213/Rau1/2016/04,02/010/BK16/3015/04
Czas trwania: 2016/01/01-2017/12/31
Kierownik: Bogdan Smołka
Główny wykonawca: Henryk Palus
Wykonawcy: Adam Popowicz, Bartosz Binias, Mariusz Frąckiewicz, Andrzej Kordecki, Artur Bal, Marek Szczepański, Krystian Radlak
Opis projektu: Celami realizacji zadania są:
• Opracowanie nowej rodziny filtrów umożliwiających poprawę jakości barwnych obrazów cyfrowych zakłóconych przez mieszaninę szumu impulsowego i gaussowskiego. Koncepcja nowego paradygmatu filtracji opiera się na zastosowaniu odpornej miary podobieństwa pikseli uwzględniającej strukturę ich lokalnego sąsiedztwa.
• Opracowanie algorytmu redukcji szumów impulsowych w barwnych obrazach cyfrowych bazującego na transformacji dystansowej.
• Utworzenie nowej klasy algorytmów redukcji szumów mieszanych w obrazach cyfrowych
i w sekwencjach wideo, opartych na koncepcji ścieżek cyfrowych oraz średnich nielokalnych. Proponowana metoda będzie łączyła efektywność detekcji impulsów ze skutecznością filtracji zakłóceń o rozkładzie zbliżonym do rozkładu Gaussa, poprzez wykorzystanie algorytmu średnich nielokalnych oraz samopodobieństwa kolejnych klatek obrazu.
• Nowe zastosowania wskaźnika DSCSI (Directional Statistics based Color Similarity Index) do oceny obrazów poddanych przetwarzaniu wstępnemu.
• Opracowanie algorytmów detekcji skóry w obrazach barwnych.
• Utworzenie nowych metod segmentacji obrazów monochromatycznych i barwnych, bazujących na rozroście obszarów. Rozwijanie kombinowanych metod kwantyzacji obrazów barwnych wraz z ditheringiem.
• Zastosowanie wskaźników jakości (Jaccarda, Dice’a i innych) do oceny jakości segmentacji obrazów.
• Opracowanie poprawionej metody Funta dla potrzeb kalibracji kolorymetrycznej.
• Zastosowanie algorytmów wizji komputerowej do rozpoznawania autentyczności ekspresji mimicznych.
• Opracowanie procedur kalibracji kolorymetrycznej urządzeń pozyskujących oraz reprodukujących obrazy cyfrowe. Badania będą dotyczyły m.in. wpływu warunków otoczenia na procesy pozyskiwania i reprodukcji obrazów, metod korekcji zniekształceń powstałych
w wyniku akwizycji obrazów i technik tworzenia obrazów o rozszerzonym zakresie dynamiki.
• Analiza możliwości poprawy wyników segmentacji obrazów poprzez: zastosowanie nowych kryteriów łączenia obszarów na etapie przetwarzania końcowego, rozwój metod przydziału pikseli leżących między dwoma obszarami oraz opracowanie elastycznych metod oceny wyników segmentacji.
Planowanymi efektami naukowymi i praktycznymi są:
• Zastosowanie nowych algorytmów redukcji szumów do poprawy jakości obrazów i sekwencji wideo pozyskiwanych za pomocą kamer szybkobieżnych.
• Wykorzystanie zasobów kart graficznych do akceleracji algorytmów redukcji szumów impulsowych w barwnych obrazach cyfrowych i sekwencjach wideo.
• Zastosowanie opracowanych algorytmów do redukcji szumów w obrazach i sekwencjach wideo pozyskanych w trudnych warunkach oświetleniowych. Dodatkowo zaproponowane algorytmy zostaną wykorzystane do poprawy jakości pojedynczego obrazu przy jego wielokrotnej akwizycji.
• Powstałe algorytmy detekcji skóry umożliwią ich zastosowanie m. in. do wykrywania chorobowych zmian dermatologicznych.
• Opracowane metody segmentacji zostaną zastosowane do analizy obr
Afiliowane publikacje:
1. K. Radlak, M. Frackiewicz, H. Palus, B. Smolka, Finger joint synovitis detection in ultrasound images, Bulletin of the Polish Academy of Sciences: Technical Sciences, vol.66, no.2, 2018, doi: 10.24425/122104
2. ○ B. Smolka, Impulsive noise removal in color images based on the local neighborhood exploration by geodesic digital paths, 17th International Multidisciplinary Scientific GeoConference SGEM 2017, SGEM2017 Conference Proceedings, ISBN 978-619-7408-01-0 / ISSN 1314-2704, 29 June - 5 July, 2017, Vol. 17, Issue 21, 359-366 pp, DOI: 10.5593/sgem2017/21/S07.046
3. L. Malinski, B. Smolka, D. Jama, On the efficiency of a fast technique of impulsive noise removal in color digital images, 22nd International Conference on Methods and Models in Automation and Robotics, MMAR 2017, Międzyzdroje, Poland, August 28-31, 2017, pp. 855-860,2017, ISBN: 978-1-5386-2402-9, DOI: 10.1109/MMAR.2017.8046940
4. K. Radlak, N. Radlak, B. Smolka, Static posed versus genuine smile recognition, Advances in Intelligent Systems and Computing, book series (AISC, volume 578), pp. 423-432, Springer, 2017, DOI 10.1007/978-3-319-59162-9_44
5. B. Binias, M. Niezabitowski, Adaptive Nonlinear Projective Filtering Application to Filtering of Artifacts in EEG Signals, Proceedings of the 14th International Conference on Informatics in Control, Automation and Robotics. ICINCO 2017, 440-448, Madrid, Spain 2017.
6. K. Radlak, M. Frackiewicz, H. Palus, B. Smołka, Automated finger joint synovitis localization in ultrasound images, Automatyzacja procesów dyskretnych. Teoria i zastosowania, Tom II, p. 179-188, 2015, ISBN 978-83-62652-79-2
7. A. Kordecki, A. Bal, H. Palus, Local polynomial model: a new approach to vignetting correction, The 9th International Conference on Machine Vision (ICMV), Nicea, 2016
8. Palus H., Frackiewicz M., Further applications of the DSCSI metric for evaluating color quantization, 9th International Conference on Machine Vision 2016 (Nice, France)
9. Binias Bartosz and Palus Henryk. Windowed local area average reference filter for increasing the spatial resolution of EEG signals, 2016. 21st International Conference on Methods and Models in Automation and Robotics (MMAR 2016), 29/08/2016-01/09/2016, Międzyzdroje, Polska (Miedzyzdroje, Poland). 2016 21st International Conference on Methods and Models in Automation and Robotics (MMAR), ISBN: 978-1-5090-1866-6
Tytuł projektu: Grant rektorski w obszarze badań naukowych i prac rozwojowych
Numer:
Czas trwania: 2016-12-15-2017-12-31
Kierownik: Joanna Polanska
Główny wykonawca:
Wykonawcy:
Opis projektu: Publikacja wspierana w ramach rektorskiego grantu w obszarze badań naukowych i prac rozwojowych. Politechnika Śląska, 02/010/RGJ17/0061
Afiliowane publikacje:
Tytuł projektu: Narzędzia bioinformatyczne wspomagające analizę danych genomowych, transkryptomicznych i proteomicznych
Numer: BK-218/RAU4/2021
Czas trwania: 01/01/2021-12/31/2021
Kierownik: Joanna Polańska
Główny wykonawca: Michał Marczyk, Joanna Żyła, Anna Papież
Wykonawcy: Agnieszka Cecotka, Justyna Mika, Grzegorz Mrukwa, Joanna Tobiasz, Aleksandra Suwalska, Wojciech Prażuch, Marek Socha, Katarzyna Sieradzka
Opis projektu: TBA
Afiliowane publikacje:
1. O'Brien Gráinne, Cecotka Agnieszka, Manola Kalliopi N., Pagoni Maria N., Polańska Joanna, Badie Christophe: Epigenetic signature of ionizing radiation in therapy-related AML patients, Heliyon, Elsevier Ltd, vol. 10, no. 1, 2024, Article number: e23244, DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e23244, 40 points, IF(4)
2. Qing T, Karn T, Rozenblit M, Foldi J, Marczyk M, Shan NL, Blenman KRM, Holtrich U, Kalinsky K, Meric-Bernstam F, Pusztai L: Molecular differences between younger versus older ER-positive HER2- negative breast cancers. npj Breast Cancer 2022, 8, 119
3. Justyna Mika, Serge Candeias, Joanna Polanska, Is it worth to model age impact on functionality status of T cell receptor genes in subgroups of young and older donors separately?, BIOSTEC 2022, 09-11.02.2022, p.78
4. Joanna Tobiasz, Joanna Polanska, Can proteome improve hidden breast cancer subtypes discovery with machine learning support?, Ascona Workshop 2022, Ascona, Switzerland, Abstract Book, p.33-34.
5. Katarzyna Fratczak,Marta Gawin, Mykola Chekan, Piotr Widłak, Monika Pietrowska, Joanna Polańska: Cancer molecular signature selection asa key step in building intelligent diagnostic systems – Pan-cancer MALDIMSI study. European Molecular Imaging Meeting – EMIM 2022, 15-18 March 2022,Thessaloniki, p.274
6. Aleksandra Suwalska and Joanna Polanska, "XAI techniques as an effective feature selection method for cancer tissue identification in MALDI-MSI data", European Molecular Imaging Meeting – EMIM 2022, 15-18 March 2022,Thessaloniki, p.403
7. Marek Socha, Michal Marczyk, Wojciech Prazuch, Joanna Tobiasz, Aleksandra Suwalska, Malgorzata Piotrowicz, Pawel Bozek, Marcin Maruszewski, Slawomir Zeglen, Joanna Polanska, "Methods of standardization of computed tomography images of lungs from various centers and platforms", European Molecular Imaging Meeting – EMIM 2022, 15-18 March 2022, Thessaloniki, p.415
8. Justyna Mika, Gaussian mixture modelling of V gene diversity distribution reveals different levels of heterogeneity in human naive and memory CD4 T cells in a-bomb survivors, Ascona Workshop 2022, 27.03-01.04.2022, Ascona, Szwajcaria, p.13
9. Slowik, H., Zyla, J., Marczyk, M. (2022). Investigating Sources of Zeros in 10× Single-Cell RNAseq Data. In: Rojas, I., Valenzuela, O., Rojas, F., Herrera, L.J., Ortuño, F. (eds) Bioinformatics and Biomedical Engineering. IWBBIO 2022. Lecture Notes in Computer Science(), vol 13347. Springer, Cham. https://doi.org/10.1007/978-3-031-07802-6_6
10. Mika, J., Candéias, S.M., Badie, C., Polanska, J. (2022). Can We Detect T Cell Receptors from Long-Read RNA-Seq Data?. In: Rojas, I., Valenzuela, O., Rojas, F., Herrera, L.J., Ortuño, F. (eds) Bioinformatics and Biomedical Engineering. IWBBIO 2022. Lecture Notes in Computer Science(), vol 13347. Springer, Cham. https://doi.org/10.1007/978-3-031-07802-6_38
11. Cecotka A., O'Brien G., Manola K, Pagoni M, Badie C, Polanska J. AURKC - epigenomic biomarker of AML, 20th Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC), 28-28.04.2022
12. O'Brien G., Cecotka A., Manola K. N., Pagoni M., Polańska J., Badie C.: Epigenetic signature of ionizing radiation in therapy-related AML patients, Radiation Research Society's 68th Annual Meeting, 16-19.10.2022, Waikoloa Villag, Hawaii, USA
13. Blenman KRM, Marczyk M, Karn T, Qing T, Li X, Gunasekharan V, Yaghoobi V, Bai Y, Ibrahim EY, Park T, Silber A, Wolf DW, Reisenbichler E, Denkert C, Sinn BV, Rozenblit M, Foldi J, Rimm D, Loibl S, Pusztai L: Predictive markers of response to neoadjuvant durvalumab with nab-paclitaxel and dose dense doxorubicin/cyclophosphamide in basal-like triple negative breast cancer. Clinical Cancer Research 2022, 28 (12), p. 2587-2597.
14. Kujawa T, Marczyk M, Polanska J: Influence of single-cell RNA sequencing data integration on the performance of differentially gene expression analysis. Frontiers in Genetics 2022, 13:1009316
15. Marczyk M, Gunasekharan V, Casadevall D, Qing T, Foldi J, Sehgal R, Shan NL, Blenman KRM, O’Meara T, Umlauf S, Surovtseva YV, Muthusamy V, Rinehart J, Perry RJ, Kibbey R, Hatzis C, Pusztai L: Comprehensive analysis of metabolic isozyme targets in cancer. Cancer Research 2022, 82 (9), p. 1698–1711
16. Marczyk M, Mrukwa A, Yau C, Wolf D, Chen Y-Y, Balassanian R, Nanda R, Parker BA, Krings G, Sattar H, Zeck JC, Albain KS, Boughey JC, Liu MC, Elias AD, Clark AS, Venters SJ, Shad S, Basu A, Asare SM, Buxton M, Asare AL, Rugo HS, Perlmutter J, DeMichele AM, Yee D, Berry DA, van ’t Veer L, Symmans WF, Esserman L, Pusztai L: Treatment Efficacy Score - continuous residual cancer burden-based metric to compare neoadjuvant chemotherapy efficacy between randomized trial arms in breast cancer trials. Annals of Oncology 2022, 33 (8), p. 814-823
17. Marczyk M, Qing T, O’Meara T, Yagahoobi V, Pelekanou V, Bai Y, Reisenbichler E, Cole K, Li X, Gunasekharan V, Ibrahim E, Wei W, Fanucci K, W Wei, Rimm DL, Pusztai L, Blenman KRM: Tumor Immune Microenvironment of Self-Identified African American and Non-African American Triple Negative Breast Cancer. npj Breast Cancer 2022, 8, 88
18. Qing T, Mohsen H, Cannataro V, Marczyk M, Rozenblit M, Foldi J, Murray MF, Townsend JP, Kluger Y, Gerstein M, Pusztai L: Cancer relevance of human genes. Journal of the National Cancer Institute 2022, 114 (7), p.988-995
19. Sura GH, Tran K, Fu C, Du L, Marczyk M, Martinez Y, Tinnirello AA, Gould RE, Lau R, Symmans WF: Molecular Testing Opportunities on Cytology Effusion Specimens: The Pre-Analytic Effects of Various Body Fluid Cytology Preparation Methods on RNA Extraction Quality and Targeted Sequencing – Journal of the American Society of Cytopathology 2022, in press
20. Suwalska A, Zientek L, Polanska J, Marczyk M: Quantifying Spatial Heterogeneity of Tumor‐Infiltrating Lymphocytes to Predict Survival of Individual Cancer Patients. Journal of Personalized Medicine 2022, 12, 1113
21. Foldi J, Marczyk M, Gunasekharan V, Qing T, Sehgal R, Shan NL, Muthusamy V, Umlauf S; Surovtseva YV, Kibbey R, Pusztai L: Targeting Acetyl-CoA carboxylase in pre-clinical breast cancer models. Cancer Research 2022, 82 (4_Supplement), P5-17-01. San Antonio Breast Cancer Symposium, San Antonio, TX, USA, December 7-10, 2021
22. Sliwinska W, Suwalska A, Marczyk M: Automatic identification of COVID-19 patients on lung X-Ray imaging with the use of deep learning techniques. Book of Abstracts, p. 16. Computational Oncology and Personalized Medicine: The challenges of the future (COPM2022), April 27, 2022, Gliwice, Poland
23. Kalisz S, Marczyk M: Image blur reduction in the denoising autoencoder model for rib suppression on x-ray images of the lungs. Book of Abstracts, p. 17. Computational Oncology and Personalized Medicine: The challenges of the future (COPM2022), April 27, 2022, Gliwice, Poland
24. Suwalska A, Socha M, Prazuch W, Tobiasz J, Polanska J, Marczyk M: nUMAP: How can we overcome the problem in the visualization in multi dataset comparative studies? Book of Abstracts, p. 18. Computational Oncology and Personalized Medicine: The challenges of the future (COPM2022), April 27, 2022, Gliwice, Poland
25. Janas A, Marczyk M: Cell segmentation on HE-stained histopathological images of breast cancer samples. Book of Abstracts, p. 19. Computational Oncology and Personalized Medicine: The challenges of the future (COPM2022), April 27, 2022, Gliwice, Poland
26. Kalisz S., Marczyk M., Rib detection in X-ray images. Symposium of Polish Bioinformatics Society 2022. Book of abstracts, p. 79. 14-16.09.2022, Warsaw, Poland
27. Suwalska, A., du Plessis-Burger, N., van der Spuy, G., Polanska, J. (2022). Comparison of Batch Effect Removal Methods for High Dimensional Mass Cytometry Data. In: Rojas, I., Valenzuela, O., Rojas, F., Herrera, L.J., Ortuño, F. (eds) Bioinformatics and Biomedical Engineering. IWBBIO 2022. Lecture Notes in Computer Science(), vol 13347. Springer, Cham.
28. Aleksandra Suwalska, Yingzhe Wang, Ziyu Yuan, Yanfeng Jiang, Dongliang Zhu, Jinhua Chen, Mei Cui, Xingdong Chen, Chen Suo, Joanna Polanska (2022). CMB-HUNT: Automatic detection of cerebral microbleeds using a deep neural network. Computers in Biology and Medicine, 151, 106233.
29. Prazuch, W., Suwalska, A., Socha, M., Tobiasz, J., Foszner, P., Jaroszewicz, J., ... & Polanska, J. (2022). CIRCA: comprehensible online system in support of chest X-rays-based COVID-19 diagnosis. arXiv preprint arXiv:2210.05440
30. Paterson S, Kar S, Ung SK, Gardener Z, Bergstrom E, Ascough S, Kalyan M, Zyla J, Maertzdorf J, Mollenkopf HJ, Weiner J, Jozwik A, Jarvis H, Jha A, Nicholson BP, Veldman T, Woods CW, Mallia P, Kon OM, Kaufmann SH, Openshaw PJ, Chiu C. Innate-like Gene Expression of Lung-resident Memory CD8+ T-cells During Experimental Human Influenza: A Clinical Study. Am J Respir Crit Care 204(7):826-84 (2021) 10.1164/rccm.202103-0620OC.
31. Domaszewska T, Zyla J, Otto R, Kaufmann SHE and Weiner J (2021) Gene Set Enrichment Analysis Reveals Individual Variability in Host Responses in Tuberculosis Patients. Front. Immunol. 12:694680. doi: 10.3389/fimmu.2021.694680
32. Mika Justyna, Candeias Serge, Polanska Joanna. Does the proportion of functional T cell receptor genes change with age? ISMB/ECCB2021. Online:25-30.07.2021
33. Aleksandra Pisarek, Ewelina Pośpiech, Antonia Heidegger, Catarina Xavier, Anna Papież, Danuta Piniewska-Róg, Vivian Kalamara, Ramya Potabattula, Michał Bochenek, Marta Sikora-Polaczek, Aneta Macur, Anna Woźniak, Jarosław Janeczko, Christopher Phillips, Thomas Haaf, Joanna Polańska, Walther Parson, Manfred Kayser, and Wojciech Branicki. Epigenetic age prediction in semen – marker selection and model development. Aging, 2021, doi: 10.18632/aging.203399.
34. Agata Chobot, Zuzanna Gosławska, Elisa Giani, Sirisha Kusuma Boddu, Malgorzata Mysliwiec, Rasha Odeh, Claudia Piona, Joanna Polanska, Meng-Che Tsai, Carine de Beaufort, Klemen Dovc on behalf of ISPAD JENIOUS: Are we confident that final-year medical students know at least basics about diabetes?: A preliminary report from the multicenter, survey-based Diabetes Know-Me study. Pediatric Diabetes, 2021, doi: 10.1111/pedi.13240
35. Michal Marczyk, Joanna Polańska, Andrzej Wojcik, Lovisa Lundholm: Analysis of the applicability of microRNAs in peripheral blood leukocytes as biomarkers of sensitivity and exposure to fractionated radiotherapy towards breast cancer. International Journal of Molecular Sciences, 2021, 22(16):8705, doi: 10.3390/ijms22168705
36. Cecotka Agnieszka, O'Brien Grainne, Badie Christophe, Polańska Joanna. DNA methylation alterations in de novo and therapy-related AML in several genomic regions. ISMB/ECCB2021. Online:25-30.07.2021
37. January Weiner, Phillip Suwalski, Manuel Holtgrewe, Alexander Rakitko, ..., Joanna Zyla,..., Bettina Heidecker: Increased risk of severe clinical course of COVID-19 in carriers of HLA-C*04:01. EClinicalMedicine (2021) 10.1016/j.eclinm.2021.101099
38. Fabrizio Carinci, Iztok Štotl, Scott Cunningham, Tamara Poljicanin, Ivan Pristas, Vivie Traynor, George Olympios, Vasos Scoutellas, Joseph Azzopardi, Kris Doggen, János Sándor, Roza Adany, Karianne Løvaas, Przemka Jarosz-Chobot, Joanna Polanska, Simion Pruna, Simon de Lusignan, Marcello Monesi, Paolo Di Bartolo, Christa Elisabeth Scheidt-Nave, Christin Heidemann, Inbar Zucker, Anita Maurina, Jana Lepiksone, Peter Rossing, Martti Arffman, Ilmo Keskimäki, Soffia Gudbjornsdottir, Concetta Tania Di Iorio, Elisabeth Dupont, Stella de Sabata, Niek Klazinga and Massimo Massi Benedetti. Making use of comparable health data to improve quality of care and outcomes in diabetes: the EUBIROD review of diabetes registries and data sources in Europe. Frontiers in Clinical Diabetes and Healthcare, 2021, doi:10.3389/fcdhc.2021.744516
39. Marczyk M, Mrukwa A, Yau C, Wolf DM, van't Veer L, Esserman L, Symmans WF, Pusztai L: Treatment Efficacy Score (TES), a continuous residual cancer burden-based metric to compare neoadjuvant chemotherapy efficacy between trial arms in the I-SPY 2 trial. Journal of Clinical Oncology 2021, 39(15_suppl), p. 587. ASCO Annual Meeting 2021, Online, June 4-8, 2021
40. Blenman K, Marczyk M, Qing T, O'Meara T, Yaghoobi V, Pelekanou V, Bai Y, Reisenbichler E, Li X, Gunasekharan V, Ibrahim EY, Rimm DL, Pusztai L, Cole K: Characterization of the tumor immune microenvironment of triple-negative breast cancer (TNBC) patients who self-identify as African American (AA) or non-African American (NonAA). Journal of Clinical Oncology 2021, 39(15_suppl), p. 564. ASCO Annual Meeting 2021, Online, June 4-8, 2021
41. Casadevall D, Marczyk M, Monzonis X, Pusztai L, Albanell J: Pooled analysis of matching score and patient outcome in I-PREDICT and WINTHER studies. Cancer Research 2021, 81(13 Supplement), p. 423. Proceedings of the Annual Meeting of the American Association for Cancer Research, Philadelphia, USA, May 17-21, 2021
42. Qing T, Mohsen H, Rozenblit M, Marczyk M, Foldi J, Blenman K, Gunasekharan V, Pusztai L: Functional importance of long-tail mutations in breast cancer. Cancer Research 2021, 81(4 Supplement), p. PS19-05. San Antonio Breast Cancer Virtual Symposium, San Antonio, TX, USA, December 8-11, 2020
43. Nieuwenhuizen N., Zyla J., Zedler U., Bandermann S., Abuabed U., Brinkemann V., Kaufmann S.H.E: Weaker protection against tuberculosis in BCG-vaccinated male 129 S2 mice compared to females. Vaccine (2021) 39(50), 7253-7264 doi.org/10.1016/j.vaccine.2021.09.039
44. Jan Romantowski, Agnieszka Maciejewska, Joanna Polańska, Eliza Wasilewska, Krzysztof Specjalski, Marta Chełmińska, Ewa Jassem, Marek Niedoszytko: IFNG, FCER1A, PCDHB10 expression as a new potential marker of efficacy in grass pollen allergen-specific immunotherapy. Postępy Dermatologii i Alergologii, 2021, 38(4):665-672, doi:10.5114/ada.2021.108925
45. Jóźwik-Wabik P, Gładys B, Hermansa M, Macha D, Kalisz S, Strzoda T, Foszner P, Popowicz A, Marczyk M: Usuwanie artefaktów kompresji histopatologicznych obrazów HE całych tkanek. Streszczenia wystąpień ustnych, strona 28, Konferencja Onkologia obliczeniowa i spersonalizowana medycyna - TU i TERAZ! (COPM 2021), 21 kwietnia 2021 r., Gliwice, Polska
46. Cecotka A, Krol L, O'Brien G. Badie C, Polanska J. May gender have an impact on methylation profile and survival prognosis in Acute Myeloid Leukemia? In: Rocha M., Fdez-Riverola F., Mohamad M. S., Casado-Vara R. (eds) Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics, 15th International Conference (PACBB 2021). PACBB 2021. Lecture Notes in Networks and Systems, vol 325, pp 126-135. Springer, Cham doi.org/10.1007/978-3-030-86258-9
47. Henzel, J.; Tobiasz, J.; Kozielski, M.; Bach, M.; Foszner, P.; Gruca, A.; Kania, M.; Mika, J.; Papiez, A.; Werner, A.; Zyla, J.; Jaroszewicz, J.; Polanska, J.; Sikora, M. Screening Support System Based on Patient Survey Data—Case Study on Classification of Initial, Locally Collected COVID-19 Data. Appl. Sci. 2021, 11, 10790. https://doi.org/10.3390/app112210790
48. Marczyk M, Macioszek A, Tobiasz J, Polanska J and Zyla J (2021) Importance of SNP Dependency Correction and Association Integration for Gene Set Analysis in Genome-Wide Association Studies. Front. Genet. 12:767358. doi:10.3389/fgene.2021.767358
49. Suwalska Aleksandra and Polanska Joanna: Preliminary study for a fully automated pre-gating method for high-dimensional mass cytometry data, 2021 IEEE 21st International Conference on Bioinformatics and Bioengineering (BIBE), 25-27.10.2021,Kragujevac, Serbia, pp. 1-5, doi: 10.1109/BIBE52308.2021.9635492
50. S. Seget, J. Polanska, E. Rusak, P. Rączkowska, A. Ochab, A. Tekielak, P. Jarosz-Chobot: What do the patients with type 1 diabetes gain by using advanced hybrid closed loop system? 47th Annual Conference of the International Society for Pediatric and Adolescent Diabetes (ISPAD), Virtual, October 13–15, 2021. Pediatric Diabetes, 2021, 22(S30):62, DOI: 10.1111/pedi.13269
51. S. Seget, J. Polanska, E. Rusak, P. Rączkowska, A. Ochab, A. Tekielak, P. Jarosz-Chobot: Co zyskują pacjenci z cukrzycą typu 1 stosując zaawansowaną hybrydową pętlę zamkniętą? IX Zjazd – XXV Sympozjum Polskiego Towarzystwa Endokrynologii i Diabetologii Dziecięcej, Łódź, 21-23.20.2021, virtual
52. Marcin Maruszewski, Wojtek Karolak, Jacek Wojarski, Jan Rogowski, Joanna Tobiasz, Joanna Polanska, Sławomir Żegleń: Trends in hospitalization rates and ambulatory services for patients undergoing heart transplantation in Poland (2012–2019). XV Kongres Polskiego Towarzystwa Transplantologicznego, Warszawa, 14-16.10.2021 – plakat
53. Marcin Maruszewski, Jan Rogowski, Wojtek Karolak, Jacek Wojarski, Joanna Tobiasz, Joanna Polańska, Sławomir Żegleń: Early and midterm results of orthotopic heart transplantation in Poland (2015–2019). XV Kongres Polskiego Towarzystwa Transplantologicznego, Warszawa, 14-16.10.2021 – plakat
54. Marcin Maruszewski, Jacek Wojarski, Wojtek Karolak, Jan Rogowski, Joanna Tobiasz, Joanna Polanska, Sławomir Żegleń: Long-term survival and morbidity rates after heart transplantation in Poland (2015–2019). XV Kongres Polskiego Towarzystwa Transplantologicznego, Warszawa, 14-16.10.2021 – plakat
55. Kalisz S, Marczyk M: Autoencoder-based bone removal algorithm from x-ray images of the lung. In IEEE 21st International Conference on Bioinformatics and Bioengineering Proceedings. BIBE 2021. (ISBN: 978-1-6654-4261-9)
56. Strzoda T, Kalisz S, Jozwik-Wabik P, Macha D, Hermansa M, Gładys B, Popowicz A, Foszner P, Marczyk M: “Tumor Detection on HE-stained Histopathological Images Using Deep Learning Methods: Challenges and Solutions”. In Recent Advances in Computational Oncology and Personalised Medicine, Bajkacz S and Ostrowski Z, editors. COPM 2021 vol.1, p.79-88 (ISBN 978-83-7880-800-8)
57. Marek Socha, Aleksandra Suwalska, Wojciech Prazuch, Michał Marczyk, Joanna Polanska, and POLCOVID Study Group, "UMAP-based graphic representation of POLCOVID chest X-Ray data set heterogeneity" in Recent Advances in Computational Oncology and Personalised Medicine (Eds. Ziemowit Ostrowski and Sylwia Bajkacz), 2021, vol.1, pp.100-114, ISBN 978-83-7880-800-8
58. O’Brien, G., Zyla, J., Manola, K., Pagoni, M., Polanska, J., Badie, C.: Identification of Two Novel Mutations in Human Acute Myeloid Leukemia Cases. Leukemia and Lymphoma, 2021, 62(2):454-461, doi: 10.1080/10428194.2020.1832664
59. Robert Flisiak, Dorota Zarębska-Michaluk, Aleksandra Berkan-Kawińska, Magdalena Tudrujek-Zdunek, Magdalena Rogalska, Anna Piekarska, Dorota Kozielewicz, Krzysztof Kłos, Marta Rorat, Beata Bolewska, Anna Szymanek-Pasternak, Włodzimierz Mazur, Beata Lorenc, Regina Podlasin, Katarzyna Sikorska, Barbara Oczko-Grzesik, Cezary Iwaszkiewicz, Bartosz Szetela, Paweł Pabjan, Małgorzata Pawłowska, Krzysztof Tomasiewicz, Joanna Polańska, Jerzy Jaroszewicz: Remdesivir-based therapy improved recovery of patients with COVID-19 in the SARSTer multicentre, real-world study. Pol Arch Intern Med, (Polskie Archiwum Medycyny Wewnętrznej), 2021, 131(1):103-110, doi:10.20452/pamw.15735, medRxiv, doi:10.1101/2020.10.30.20215301
60. Marcin Ostrowski, Franciszek Bińczyk, Tomasz Marjański, Robert Dziedzic, Sylwia Pisiak, Sylwia Małgorzewicz, Mariusz Adamek, Joanna Polanska, Witold Rzyman: Performance of various risk prediction models in a large lung cancer screening cohort in Gdańsk, Poland – a comparative study. Translational Lung Cancer Research, 2021, 10(2):1083-1090, doi: 10.21037/tlcr-20-753
61. Monika Pietrowska, Aneta Zebrowska, Marta Gawin, Lukasz Marczak, Priyanka Sharma, Justyna Mika, Joanna Polańska, Soldano Ferrone, John M.Kirkwood, Piotr Widlak, Theresa L. Whiteside: Proteomic profile of melanoma cell-derived small extracellular vesicles in patients plasma: a potential correlate of melanoma progression. Journal of Extracellular Vesicles, 2021, 10(4): e12063, doi: 10.1002/jev2.12063,
62. Zuzanna Gosławska, Przemyslawa Jarosz-Chobot, Maria Szczepańska, Agnieszka Szadkowska, Iwona Pietrzak, Pawel Piątkiewicz, Malgorzata Bernas, Joanna Polanska, Agata Chobot: Knowledge regarding diabetes among students of the final year of medicine in Poland. Acta Medica Mediterranea, 2021, 37(1):373-379
63. Franciszek Binczyk, Wojciech Prazuch, Paweł Bożek and Joanna Polanska Radiomics and Artificial Intelligence in lung cancer screening. Translational Lung Cancer Research, 2021, 10(2):1186-1199, doi: 10.21037/tlcr-20-708
64. Kozielski M., Henzel J., Tobiasz J., Gruca A., Foszner P., Zyla J., Bach M., Werner A., Jaroszewicz J., Polanska J., Sikora M: Enhancement of COVID-19 symptom-based screening with quality-based classifier optimisation. Bulletin of the Polish Academy of Sciences: Technical Sciences. e137349 (2021) 10.24425/bpasts.2021.137349
65. Gang Pei, Joanna Zyla , Lichun He , Pedro Moura-Alves, Heidrun Steinle , Philippe Saikali, Laura Lozza , Natalie Nieuwenhuizen, January Weiner, Hans-Joachim Mollenkopf, Kornelia Ellwanger , Christine Arnold , Mojie Duan, Yulia Dagil, Mikhail Pashenkov, Ivo Gomperts Boneca, Thomas A. Kufer, Anca Dorhoi, Stefan H.E. Kaufmann: Cellular stress promotes NOD1/2-dependent inflammation via the endogenous metabolite sphingosine-1-phosphate. EMBO journal e106272 (2021) doi.org/10.15252/embj.2020106272
66. Robert Flisiak, Jerzy Jaroszewicz, Magdalena Rogalska, Tadeusz Łapiński, Aleksandra Berkan-Kawińska, Beata Bolewska, Magdalena Tudrujek-Zdunek, Krzysztof Kłos, Marta Rorat, Piotr Leszczyński, Krzysztof Kłos, Justyna Kowalska, Paweł Pabjan, Anna Piekarska, Iwona Mozer-Lisewska, Krzysztof Tomasiewicz, Małgorzata Pawłowska, Krzysztof Simon, Joanna Polańska, Dorota Zarębska-Michaluk: Tocilizumab improves the prognosis of COVID-19 in patients with high IL-6. 2021, Journal of Clinical Medicine, 2021, 10:1583, doi: 10.3390/jcm10081583; medRxiv preprint doi:10.1101/2021.01.28.21249932
67. Polanska Joanna, Artificial intelligence in support of medical image analysis. Seminar of the Belgian Nuclear Research Centre (SCK-CEN Belgium) 01.02.2021
68. Tobiasz J., Hatzis C., Polanska J., Czy możemy przewidzieć podtyp nowotworu piersi PAM50 na podstawie profilu białkowego? Konferencja Onkologia obliczeniowa i spersonalizowana medycyna COPM2021, Księga abstraktów, p. 30. April 21st, 2021.
69. Socha M, Suwalska A, Prazuch W, Marczyk M, Polańska J, Grupa Badawcza PolCovid: Graficzna reprezentacja heterogenicznosci zbioru radiogramów z bazy PolCovid za pomocą techniki UMAP. Streszczenia wystąpień ustnych, strona 32, Konferencja Onkologia obliczeniowa i spersonalizowana medycyna - TU i TERAZ! (COPM 2021), 21 kwietnia 2021 r., Gliwice, Polska
70. Strzoda T, Kalisz S, Jóźwik-Wabik P, Macha D, Hermansa M, Gładys B, Popowicz A, Foszner P, Marczyk M: Wykrywanie tkanki nowotworowej na obrazach histopatologicznych barwionych HE przy użyciu metod głębokiego uczenia. Streszczenia wystąpień ustnych, strona 33, Konferencja Onkologia obliczeniowa i spersonalizowana medycyna - TU i TERAZ! (COPM 2021), 21 kwietnia 2021 r., Gliwice, Polska
71. Foldi J, Silber A, Reisenbichler E, Singh K, Fischbach N, Persico J, Adelson K, Katoch A, Horowitz N, Lannin D, Chagpar A, Adelson K, Park T, Marczyk M, Frederick C, Burrello T, Ibrahim E, Qing T, Bai Y, Blenman K, Rimm D, Pusztai L: Neoadjuvant durvalumab plus weekly nab-paclitaxel and dose-dense doxorubicin/cyclophosphamide in triple-negative breast cancer. npj Breast Cancer 2021, 7, 9
72. Marczyk M, Popowicz A, Foszner P, Gładys B, Hermasa M, Jóźwik-Wabik P, Kalisz S, Macha D, Strzoda T: Opracowanie narzędzi do kompleksowej analizy obrazów biomedycznych w celu predykcji odpowiedzi na leczenie nowotworów. PM News 2021, wyd. 27 s. 20
73. Chen Suo, Huiyao Chen, Franciszek Binczyk , Renjia Zhao , Jiahui Fan , Xiaorong Yang , Ziyu Yuan , David Kreil , Paweł Łabaj , Tiejun Zhang , Ming Lu , Li Jin , Joanna Polańska, Xingdong Chen, Weimin Ye: Tumor Infiltrating Lymphocyte Signature is Associated with Single Nucleotide Polymorphisms and Predicts Survival in Esophageal Squamous Cell Carcinoma Patients. Aging-US (WoS) and Aging (Scopus) ISSN: 1945-4589, 2021, 2021 Apr 4;13(7):10369-10386. doi: 10.18632/aging.202798
74. G. Deja, A. Pyziak-Skupien, K. Fabin, J. Zarębska, J. Polanska, P. Jarosz-Chobot: Nowy trend wskaźnika zapadalności na CT1 wśród dzieci i młodzieży w populacji śląskiej. XXII Zjazd Polskiego Towarzystwa Diabetologicznego, 27-29 maja 2021.
75. Jozwik-Wabik P, Gładys B, Hermansa M, Macha D, Kalisz S, Strzoda T, Foszner P, Popowicz A, Marczyk M: “Removing Compression Artifacts on Whole Slide HE-stained Histopathological Images”. In Recent Advances in Computational Oncology and Personalised Medicine, Bajkacz S and Ostrowski Z, editors. COPM 2021 vol.1, p.115-125
76. Sebastian Seget, Ewa Rusak, Halla Kamińska, Eliza Skała-Zamorowska, Paulina Rączkowska, Joanna Polańska, Przemysława Jarosz-Chobot: Pierwsze doświadczenia z hybrydową pętlą zamkniętą u dzieci z cukrzycą typu 1. XXII Zjazd Polskiego Towarzystwa Diabetologicznego, 27-29 maja 2021
77. Dzyubenko Egor, Prazuch Wojciech, Pillath-Eilers Matthias, Polanska Joanna, Hermann Dirk: Analysing intercellular communication in astrocytic networks using "Astral", 2021, Frontiers in Cellular Neuroscience, 2021, 15:689268, doi: 10.3389/fncel.2021.689268
78. Mika J., Badie C., Candeias S., Polanska J., Identyfikacja sekwencji receptorów limfocytów T w długich odczytach z sekwencjonowania nanoporowego. VIII Śląskie Spotkania Naukowe, 21-22.05.2021, str. 21-22
79. Qing T, Jun T, Lindblad KE, Lujambio A, Marczyk M, Pusztai L, Huang K-L: Diverse immune response of DNA damage repair-deficient tumors. Cell Reports Medicine 2021, 2, p. 100276
80. Patwardhan GA, Marczyk M, Wali VB, Stern DF, Pusztai L, Hatzis C: ”Treatment scheduling effects on the evolution of drug resistance in heterogeneous cancer cell populations”. npj Breast Cancer 2021, 7, 60
81. Widłak P., Jelonek K., Kurczyk A., Zyla J., Sitkiewicz M., Bottoni E., Veronesi G., Polanska J., Rzyman W.: Serum metabolite profiles in participants of lung cancer screening study; comparison of two independent cohorts. Cancers, 2021, 13(11):2714; https://doi.org/10.3390/cancers13112714
82. Justyna Mika, Joanna Tobiasz, Joanna Zyla, Anna Papiez, Małgorzata Bach, Aleksandra Werner, Michał Kozielski, Mateusz Kania, Aleksandra Gruca, Damian Piotrowski, Barbara Sobala-Szczygieł, Bożena Włostowska, Paweł Foszner, Marek Sikora, Joanna Polanska*, Jerzy Jaroszewicz: Symptom-based early-stage differentiation between SARS-CoV-2 versus other respiratory tract infections — Upper Silesia pilot study. Scientific Reports, 2021, 11:13580, doi: 10.1038/s41598-021-93046-6
83. Dorota Zarębska-Michaluk, Jerzy Jaroszewicz, Magdalena Rogalska, Diana Martonik, Paweł Pabjan, Aleksandra Berkan-Kawińska, Beata Bolewska, Barbara Oczko-Grzesik, Dorota Kozielewicz, Magdalena Tudrujek-Zdunek, Justyna Kowalska, Anna Moniuszko-Malinowska, Krzysztof Kłos, Marta Rorat, Piotr Leszczyński, Anna Piekarska, Joanna Polanska and Robert Flisiak: Effectiveness of tocilizumab with and without dexamethasone in patients with severe COVID-19, a retrospective study. Journal of Inflammation Research, 2021, 14:3359-3366, doi: 10.2147/JIR.S322645
84. Smolarz M., Kurczyk A., Jelonek K., Zyla J., Mielańczyk L., Sitkiewicz M., Pietrowska M., Polanska J., Rzyman W., Widłak P.: The lipid composition of serum-derived small extracellular vesicles in participants of a lung cancer screening study. Cancers 2021, 13(14), 3414; https://doi.org/10.3390/cancers13143414
85. Paweł Pendziałek, Joanna Polańska: System klasyfikacji danych obrazowania molekularnego MALDI-MSI. I Krajowa Konferencja: Onkologia Obliczeniowa i spersonalizowana medycyna – Tu i teraz! COPM 2021, 21.04.2021 (p.34)
86. Agnieszka Cecotka, Grainne O’Brien, Christophe Badie, Joanna Polańska, Zróżnicowanie zmian w profilu metylacji DNA w obszarze promotorów genowych u pacjentów z ostrą białaczką szpikową. Krajowa Konferencja: Onkologia Obliczeniowa i spersonalizowana medycyna – Tu i teraz! COPM 2021, 21.04.2021 (p.29)
87. Aleksandra Suwalska, Yingzhe Wang, Ziyu Yuan, Yanfeng Jiang, Jinhua Chen, Mei Cui, Xingdong Chen, Chen Suo, Joanna Polanska, "Cerebral Microbleeds detection on MR images with hybrid neural network", Autumn Workshop PTBI 2020, November 24, 2020, book of abstracts, pp. 31-32
88. Katarzyna Fratczak, Marta Gawin, Mykola Chekan, Piotr Widłak, Monka Pietrowska, Joanna Polanska: Inter-tissue and intra-tissue heterogenity - Pan-cancer MSI study. European Molecular Imaging Meeting – EMIM 2020, 24-27 August 2020, Gottingen, Germany