Dr inż. Anna Papież, Adiunkt, pokój: 333
telefon: +48 32 2371166
Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.
Plan zajęć

         

Nota biograficzna:

Wykształcenie

13.09.2019 - Uzyskanie stopnia doktora nauk technicznych w dyscyplinie Inżynieria Biomedyczna, specjalność: Bioinformatyka. Temat rozprawy "Integrative data analysis methods in multi-omics molecular biology studies for disease of affluence biomarker research". Recenzenci: prof. dr hab. Andrzej Wójcik, dr hab. January Weiner.

Sierpień 2013 – ukończenie studiów magisterskich, specjalność Bioinformatyka na Politechnice Śląskiej

Styczeń 2012 – Czerwiec 2012 – udział w programie ERASMUS na Duńskim Uniwersytecie Technicznym

Styczeń 2012 – ukończenie studiów inżynierskich, specjalność Bioinformatyka na Politechnice Śląskiej



Osiągnięcia

2014/2015, 2013/2014 - stypendystka programu DoktoRIS, projekt "Metody integracji danych transkryptomicznych w kontekście badania tła genetycznego chorób społecznych"

Rozwiń/Zwiń

Zainteresowania naukowe:

Rozwijanie algorytmów do analizy i wstępnego przetwarzania danych pozyskanych technikami wysokoprzepustowymi.

Integracja danych pozyskanych w toku wysokoprzepustowych eksperymentów biologii molekularnej.

Analiza statystyczna i projektowanie eksperymentów pochodzenia biologicznego.

Eksploracja danych w bioinformatyce.

Lista publikacji:

1. Labaj W, Papiez A, Polanska J, Polanski A: Deep data analysis of a large microarray collection for leukemia biomarker identification. In 10th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics, PACBB'16, 1-3 June 2016, Sevilla, Spain. Advances in Intelligent Systems and Computing, vol. 477, p.71-79, Eds. M. Saberi Mohamad, P.M. Rocha, F. Fdez-Riverola, J.F. Domínguez Mayo, F.J. De Paz, Springer International Publishing 2016, ISBN: 978-3-3194-0125-6

2. Papiez A, Kabacik S, Badie C, Bouffler S, Polanska J: Statistical integration of p-values for enhancing discovery of radiotoxicity gene signatures. Bioinformatics and Biomedical Engineering, Lecture Notes in Computer Science, vol. 9043, pp. 503-513, ISBN 978-3-319-16482-3, Eds. Ortuño, Francisco, Rojas, Ignacio, 3rd International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering IWBBIO 2015, Granada, Spain, 15-17.04.2015

3. Papiez A. Finnon P. Badie C. Bouffler S. Polanska J: Integrating expression Data from Different Microarray Platforms in Search of Biomarkers of Radiosensitivity. Proceedings of International Work-Conference Bioinformatics and Biomedical Engineering (IWBBIO 2014). vol.1 p. 484-493, ISBN:978-84-15814-84-9, 7-9.04.2014, Granada, SPAIN

4. Anna Papiez, Christophe Badie, Joanna Polanska, Feature selection based on dose profiles for radiation response biomarker research. Statistical Challenges in Medical Data Science, Ascona Workshop 2019, Ascona, Switzerland, Abstract Book, p.36.

5. Aleksandra Pisarek, Ewelina Pośpiech, Anna Papież, Antonia Heidegger, Catarina Xavier, Ramya Potabattula, Marta Sikora-Polaczek, Aneta Macur, Jarosław Janeczko, Thomas Haaf, Joanna Polańska, Walther Parson, Manfred Kayser, Wojciech Branicki on behalf of the VISAGE Consortium Epigenetic age estimation in semen samples – on the way to good markers and methods. 28th International Congress of International Society for Forensic Genetics (ISFG), Prague, September 9-13, 2019

6. A. Papiez, O. Azimzadeh, S. Tapio, J. Polanska , Proteomics validation analysis for ischemic heart disease in Mayak workers, Proceedings of the 13th Central and Eastern European Proteomic Conference, 23-26.09.2019,Ustron, Poland.

7. Aleksandra Pisarek, Ewelina Pośpiech, Anna Papież, Antonia Heidegger, Catarina Gomes, Ramya Potabattula, Marta Sikora-Polaczek, Aneta Macur, Thomas Haaf, Joanna Polańska, VISAGE Consortium, Walther Parson, Manfred Kayser, Wojciech Branicki: Epigenetic age estimation in semen samples – on the way to good markers and methods. 28th International Congress of International Society for Forensic Genetics (ISFG) Prague 9-13 September 2019, P548

8. Pisarek A., Pośpiech E., Papież Anna, Heidegger A., Xavier C., Potabattula R., Sikora-Polaczek M., Macur A.,
Janeczko J., Polańska Joanna: Epigenetic age estimation in semen samples - seeking optimal marker set, 2019, XII Symposium of Polish Bioinformatics Society, Kraków, September 19-21, 2019, s.74

9. Anna Papiez, Marcin Skrzypski, Amelia Szymanowska-Narloch, Ewa Jassem, Agnieszka Maciejewska, Ryszard Pawlowski, Rafal Dziadziuszko, Jacek Jassem, Witold Rzyman and Joanna Polanska: Can an integrative SNP approach substitute standard identification in comprehensive case/control analyses? In: Fdez-Riverola F., Mohamad M., Rocha M., De Paz J., Gonzalez P. (eds) 12th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics. PACBB 2018. Advances in Intelligent Systems and Computing, vol 803. p. 123-130 (2018) Springer, Cham ISBN:978-3-319-98701-9

10. Papiez A, Danek A, Labaj P, Gruca A, Polanska J: Functional annotation differences among Drosophila melanogaster strains, Book of abstracts p. 30, Computational Approached in Precision Medicine, 2017,
27-28 July, Vienna, Austria

11. Papiez A, Zyla J, Binczyk F, Polanska J: Drosophila melanogaster RNA-Seq analysis by k-means clustering with adaptive initial conditions, XXI Gliwickie Spotkania Naukowe 2017, 17-18.11.2017, Gliwice, Polska, Book of Abstracts, p.135.

12. Papiez Anna, Azimzadeh Omid, Tapio Soile and Polanska Joanna. Regression analysis for dose and age related deregulated proteins, 2017. 4th ICRP Symposium on the system of radiological protection and 2nd European Radiological Protection Research Week (ICRP-ERPW 2017), 10/10/2017-12/10/2017, Paris, France, pp. 83

13. Papiez A., Badie C., Polanska J.: An integrative approach vs restrictive thresholds for combining gene expression data sets on radiation response. Acta Biochim Polonica vol.63(Suppl.2):170 - 2nd Congress of the Polish Biochemistry, Cell Biology, Biophysics and Bioinformatics , Wrocław Sept. 13–16 2016

14. Labaj W, Papiez A, Polanska J: Leukemia subtype biomarker validation in large gene ex-pression study. Gliwickie Spotkania Naukowe 2016, 18-19.11.2016, Gliwice, Polska, p.101 - poster

15. Papiez A, Marczyk M, Polanski A, Polanska J: Identifying batch effects in high-throughput biological data using dynamic programming based approach. 19th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology RECOMB 2015, Book of abstracts, p.81, April 12-15, 2015, Warsaw, Poland

16. Papiez A, Badie C, Polanska J: Merging high-dimensional data at the p-value level as a superior solution to entire data set fusion. 8th Symposium of the Polish Bioinformatics Society,P122, 17-19 September 2015, Lublin, Poland

17. Papiez A, P-value Integration as a technique for validating high-throughput biomedical experiments, International Synthetic & Systems Biology Summer School 2015, 5-9.07.2015, Book of Abstracts, p.32.

18. Labaj W., Papiez A, Polanski A, Polanska J., Algorithm for detection and correction for batch effects in large DNA microarray datasets. XIX Gliwice Scientific Meetings, Book of Abstracts, p. 106. 20-21.11.2015, Gliwice, Poland.

19. Tobiasz J., Papiez A., The application of the microarray analysis methods in search of candidate gene signatures of radiosensitivity. XIX Gliwice Scientific Meetings, Book of abstracts, p. 151. 20-21.11.2015, Gliwice, Poland

20. Papiez A., Badie C., Polanska J.: Statistical methods for integrating high-throughput biological data. Acta Biochim Polonica vol.61(Suppl.1):95 - 1st Congress of Biochemistry, Cell Biology, Biophysics and Bioinformatics , Warszawa Sept. 9–12 2014

21. Papiez A, C Badie, J Polanska: Impact of the selection of statistical test on the quality of gene signatures in an integrative analysis approach. XVIII Gliwice Scientific Meetings, 21-22 Nov 2014, Gliwice, p.125

22. Papiez A. Finnon P. Bouffler S. Badie C. Polanska J: Methods for meta-analysis of expression data from different microarray platforms. XVII Gliwice Scientific Meetings. Book of abstracts, p. 181. 15-16.11.2013. Gliwice. Poland

23. Molencka (Papiez) A. Marczyk M. Polanska J: Batch effect detection methods in microarray data. XV Gliwice Scientific Meetings, Book of abstracts, p.93 18-19.11.2011, Gliwice, Poland

24. Aleksandra Gruca, Małgorzata Bach, Paweł Foszner, Joanna Henzel, Mateusz Kania, Michał Kozielski, Justyna Mika, Anna Papież, Joanna Tobiasz, Aleksandra Werner, Joanna Zyla, Jerzy Jaroszewicz, Joanna Polańska, and Marek Sikora: DECODE - zastosowanie analizy statystycznej oraz metod maszynowego uczenia w celu opisu pacjentów chorych na COVID-19 oraz predykcji prawdopodobieństwa wystąpienia choroby COVID-19 na bazie prostych cech klinicznych. Anty-Covid: Informatyka w zwalczaniu Covid-19, June 22-23 2020

25. Anna Papiez, Justyna Mika, Joanna Tobiasz, Joanna Zyla, Marcin Pochrzest, Urszula Augustyniak, Krzysztof Miczkowski, Maciej Papiez, Mateusz Rosiek, Monika Adamczyk-Sowa, Jerzy Jaroszewicz and Joanna Polanska: CORNELIA - System zbierania ankiet dotyczących zaburzeń poznawczych powiązanych z COVID-19, Anty-Covid: Informatyka w zwalczaniu Covid-19, June 22-23 2020

26. Papiez Anna, Badie Christophe and Polanska Joanna. Response profiles for high and therapeutic radiation doses in breast cancer patients, 2017. XXIII National Conference on Applications of Mathematics in Biology and Medicine (XXIII KKZMBM), 11/09/2017-15/09/2017, Jugowice, Polska, pp. 137-142 Response profiles for high and therapeutic radiation doses in breast cancer patients, ISBN: 978-8-3932-8933-2, pp. 137-142.

27. Papiez A. , Marczyk M. , Polanski A., Polanska J.: Programowanie dynamiczne jako metoda identyfikacji efektu paczki, III Śląskie Spotkania Naukowe, Dzierżno 3-4.06.2016

28. Papiez A: Statystyczna integracja danych jako narzędzie łączenia informacji pozyskanych w eksperymentach biologicznych, I Seminarium Polskiego Towarzystwa Proteomicznego, Gliwice 4-5 czerwca 2014

29. Zyla J, Papiez A, Zhao J, Qu R, Li X, Kluger Y, Polanska J, Hatzis C, Pusztai L, Marczyk M: Evaluation of zero counts to better understand the discrepancies between bulk and single-cell RNA-Seq platforms. Computational and Structural Biotechnology Journal. 2023, 21:4663-4674

30. Justyna Mika, Joanna Tobiasz, Joanna Zyla, Anna Papiez, Małgorzata Bach, Aleksandra Werner, Michał Kozielski, Mateusz Kania, Aleksandra Gruca, Damian Piotrowski, Barbara Sobala-Szczygieł, Bożena Włostowska, Paweł Foszner, Marek Sikora, Joanna Polanska*, Jerzy Jaroszewicz: Symptom-based early-stage differentiation between SARS-CoV-2 versus other respiratory tract infections — Upper Silesia pilot study. Scientific Reports, 2021, 11:13580, doi: 10.1038/s41598-021-93046-6

31. Aleksandra Pisarek, Ewelina Pośpiech, Antonia Heidegger, Catarina Xavier, Anna Papież, Danuta Piniewska-Róg, Vivian Kalamara, Ramya Potabattula, Michał Bochenek, Marta Sikora-Polaczek, Aneta Macur, Anna Woźniak, Jarosław Janeczko, Christopher Phillips, Thomas Haaf, Joanna Polańska, Walther Parson, Manfred Kayser, and Wojciech Branicki. Epigenetic age prediction in semen – marker selection and model development. Aging, 2021, doi: 10.18632/aging.203399.

32. Henzel, J.; Tobiasz, J.; Kozielski, M.; Bach, M.; Foszner, P.; Gruca, A.; Kania, M.; Mika, J.; Papiez, A.; Werner, A.; Zyla, J.; Jaroszewicz, J.; Polanska, J.; Sikora, M. Screening Support System Based on Patient Survey Data—Case Study on Classification of Initial, Locally Collected COVID-19 Data. Appl. Sci. 2021, 11, 10790. https://doi.org/10.3390/app112210790

33. Kimi Drobin, Michal Marczyk, Martin Halle, Daniel Danielsson, Anna Papiez, Traimate Sangsuwan, Annika Bendes, Mun-Gwan Hong, Ulrika Qundos, Mats Harm-Ringdahl, Peter Wersäll, Joanna Polanska, Jochen M. Schwenk and Siamak Haghdoost: Molecular profiling for predictors of radiosensitivity in patients with breast or head-and-neck cancer. Cancers, 2020, 12(3):753

34. Papiez Anna, Badie Christophe, Polanska Joanna: Machine learning techniques combined with dose profiles indicate radiation response biomarkers. International Journal of Applied Mathematics and Computer Science, 2019, 29(1):169-178, doi:10.2478/amcs-2019-0013.

35. Papiez, Anna, Michal Marczyk, Joanna Polanska, and Andrzej Polanski. "BatchI: Batch effect Identification in high-throughput screening data using a dynamic programming algorithm." Bioinformatics, 2019, 35(11):1885.

36. Anna Papiez, Omid Azimzadeh, Tamara Azizova, Maria Moseeva, Natasa Anastasov, Jan Smida, Soile Tapio, and Joanna Polanska: Integrative multi-omics study for validation of mechanisms in radiation-induced ischemic heart disease in Mayak workers, 2018, PLOS ONE 13(12): e0209626.

37. Labaj Wojciech, Papiez Anna, Polanski Andrzej, Polanska Joanna: Comprehensive analysis of MILE gene expression data set advances discovery of leukaemia type and subtype biomarkers. Interdiscip Sci Comput Life Sci, 2017, 9(1):24–35, doi: 10.1007/s12539-017-0216-9

38. Marczyk M, Kujawa T, Papiez A, Polanska J: Single-cell transcriptomics. In Transcriptome Profiling. Progress and Prospects, Ali MA, Lee J, editors. Elsevier & Academic Press, 2023, p. 67-84 (ISBN: 978-0-323-91810-7)

39. Papież Anna, Skrzypski M., Szymanowska-Narloch A., Jassem E., Maciejewska A., Pawlowski R., Dziadziuszko R., Jassem J., Rzyman W., Polańska Joanna: Can an integrative SNP approach substitute standard identification in comprehensive case/control analyses?, W: Practical applications of computational biology and bioinformatics : 12th
International conference / Fdez-Riverola F. [i in.] (red.), Advances in Intelligent Systems and Computing, 2019, Springer, ISBN 978-3-319-98701-9, s. 123-130, DOI:10.1007/978-3-319-98702-6_15