Mgr inż. Joanna Tobiasz, Doktorant, pokój: 534
telefon: +48 32 2371921
Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.
Plan zajęć

         

Nota biograficzna:

Nota biograficzna:

Październik 2018: rozpoczęcie studiów doktoranckich na kierunku AIDA - Applied Integrative Data Analysis (specjalizacja: Bioinformatics).

Październik 2017: rozpoczęcie studiów doktoranckich na kierunku Biocybernetyka i Inżynieria Biomedyczna.

Wrzesień 2017: uzyskanie tytułu magistra, tytuł pracy magisterskiej: „Comparative Analysis of CNS between radiosensitive and normal response patients”.

Luty 2016 – wrzesień 2017: studia magisterskie na Politechnice Śląskiej, kierunek Biotechnologia, specjalność Bioinformatyka.

Styczeń 2016: uzyskanie tytułu inżyniera, tytuł projektu inżynierskiego: „Wpływ czynnika transkrypcyjnego HSF1 na aktywację genów przez estrogen w komórkach nabłonkowych gruczołu piersiowego”.

Rozwiń/Zwiń

Zainteresowania naukowe:

Statystyczna analiza danych

Eksploracja danych

Środowisko R

Radiowrażliwość

Rak piersi

Lista publikacji:

1. Joanna Tobiasz, Najla Al-Harbi, Sara Bin Judia, Salma Majid, Ghazi Alsbeih, and Joanna Polanska: Are Radiosensitive and Regular Response Cells Homogeneous in Their Correlations Between Copy Number State and Surviving Fraction After Irradiation? 6th International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering, IWBBIO 2018, April 25-27, 2018, Granada, Spain. Lecture Notes in Bioinformatics, 10813:197-208, doi: 10.1007/978-3-319-78723-7_17

2. Socha Marek, Prażuch Wojciech, Suwalska Aleksandra, Tobiasz Joanna, Bożek Paweł, Piotrowicz Małgorzata, Polańska Joanna: Computed Tomography image voxel intensity normalization to increase the AI system’s robustness, In: Computational oncology and personalized medicine - crossing borders, connecting science. COPM2023, Gliwice, April 26th, 2023. Book of abstracts. Conference programme / Krukiewicz Katarzyna[i in.](eds.), 2023, Politechnika Śląska, pp. 65-65

3. Podleśny, P., & Tobiasz, J. (2023). Proteomic analysis of non-small cell lung cancer including squamous cell carcinoma and adenocarcinoma. XXVII Gliwice Scientific Meetings, Gliwice, November 16-17, 2023 (Book of Abstracts, p. 102)

4. Prazuch W., Socha M., Suwalska A., Tobiasz J., Marczyk M., Polanska J.: Superresolution as a method of Machine Learning bias reduction in radiography – EMIM 2022, 15-18 March 2022, Thessaloniki, p.156

5. Joanna Tobiasz, Joanna Polanska, Can proteome improve hidden breast cancer subtypes discovery with machine learning support?, Ascona Workshop 2022, Ascona, Switzerland, Abstract Book, p.33-34.

6. Marek Socha, Michal Marczyk, Wojciech Prazuch, Joanna Tobiasz, Aleksandra Suwalska, Malgorzata Piotrowicz, Pawel Bozek, Marcin Maruszewski, Slawomir Zeglen, Joanna Polanska, "Methods of standardization of computed tomography images of lungs from various centers and platforms", European Molecular Imaging Meeting – EMIM 2022, 15-18 March 2022, Thessaloniki, p.415

7. Tobiasz, J., Polanska, J. (2022). How to Compare Various Clustering Outcomes? Metrices to Investigate Breast Cancer Patient Subpopulations Based on Proteomic Profiles. In: Rojas, I., Valenzuela, O., Rojas, F., Herrera, L.J., Ortuño, F. (eds) Bioinformatics and Biomedical Engineering. IWBBIO 2022. Lecture Notes in Computer Science, vol 13347. Springer, Cham. https://doi.org/10.1007/978-3-031-07802-6_26

8. J. Tobiasz, J. Mika, J. Frąckowiak, W. Łabaj, R. Quintens, M. A. Benotmane, S. Baatout, and J. Polańska, „Low-dose radiation impact on brain development in mice”, in Computational oncology and personalized medicine - the challenges of the future. COPM2022, Gliwice, April 27th, 2022. Book of abstracts. Conference programme, 2022, p. 47.

9. Tobiasz J., Papiez A., Polanska J., How to detect a batch effect in breast cancer gene expression microarray data? Symposium of Polish Bioinformatics Society 2022. Book of abstracts, p. 24. 14-16.09.2022, Warsaw, Poland

10. Tobiasz J., Al-Harbi N., Bin Judia S., Majid S., Alsbeih G., Polanska J., Copy Number State differences between extremely radiosensitive and extremely radioresistant patients. XII Symposium of Polish Bioinformatics Society. Book of abstracts, p. 76. 19-21.09.2019, Cracow, Poland

11. Tobiasz J., Al-Harbi N., Bin Judia S., Majid S., Alsbeih G., Polanska J., How accurately can we predict Surviving Fraction after Irradiation based on the Copy Number State? 4th European Radiation Protection Week ERPW 2019. Book of abstracts, p. 135. 14-18.10.2019, Stockholm, Sweden

12. Tobiasz J., Al-Harbi N., Bin Judia S., Majid S., Alsbeih G., Polanska J., Mathematical modelling as a method of feature selection for radiosensitivity biomarkers identification. 1st Summer School of the Malopolska Centre of Biotechnology. 22-25.05.2018, Zakopane, Poland

13. Tobiasz J., Polanska J., Biomarkers of breast cancer subtypes identified from RNA-Seq data. XXII Gliwice Scientific Meetings, Book of abstracts, p. 146. 16-17.11.2018, Gliwice, Poland

14. Tobiasz J., Al-Harbi N., Bin Judia S., Majid S., Alsbeih G., Polanska J., Does Copy Number Variation differ between radiosensitive and regular response patients? Preliminary results. OPERRA Workshop REIS-2017, Book of abstracts, p. 38. 07-09.03.2017, Budapest, Hungary.

15. Joanna Tobiasz, Ghazi Alsbeih, Joanna Polanska: Background radiation-induced differences of Copy Number Variations between radiosensitive and regular response patients. 4th International Symposium on the System of Radiological Protection of International Commission on Radiological Protection and 2nd European Radiation Protection Research Week, ICRP-ERPW 2017, 10-12.10.2017, Paris, France

16. Tobiasz J., Al-Harbi N., Bin Judia S., Majid S., Alsbeih G., Polanska J., Correlation between radiosensitivity and background radiation-induced Copy Number Variations. XXI Gliwice Scientific Meetings, Book of abstracts, p. 165. 17-18.11.2017, Gliwice, Poland

17. Toma-Jonik A., Widlak W., Stokowy T., Tobiasz J., Vydra N., HSF1-dependent changes in the transcriptome of the MCF7 cells after heat shock or estrogen exposure. XX Gliwice Scientific Meetings, Book of abstracts, p. 78. 18-19.11.2016, Gliwice, Poland

18. Toma-Jonik A., Widlak W., Stokowy T., Tobiasz J., Vydra N., Preliminary analysis of transcriptome of the MCF7 cells with HSF1 knockdown after heat shock or estrogen exposure. 2nd Congress of the Polish Biochemistry, Cell Biology, Biophysics and Bioinformatics, Acta Biochimica Polonica 63, Suppl. 2/2016, p. 86. 13-16.09.2016, Wrocław, Poland

19. Tobiasz J., Hatzis C., Polanska J., Czy możemy przewidzieć podtyp nowotworu piersi PAM50 na podstawie profilu białkowego? Konferencja Onkologia obliczeniowa i spersonalizowana medycyna COPM2021, Księga abstraktów, p. 30. April 21st, 2021.

20. Marcin Maruszewski, Wojtek Karolak, Jacek Wojarski, Jan Rogowski, Joanna Tobiasz, Joanna Polanska, Sławomir Żegleń: Trends in hospitalization rates and ambulatory services for patients undergoing heart transplantation in Poland (2012–2019). XV Kongres Polskiego Towarzystwa Transplantologicznego, Warszawa, 14-16.10.2021 – plakat

21. Marcin Maruszewski, Jan Rogowski, Wojtek Karolak, Jacek Wojarski, Joanna Tobiasz, Joanna Polańska, Sławomir Żegleń: Early and midterm results of orthotopic heart transplantation in Poland (2015–2019). XV Kongres Polskiego Towarzystwa Transplantologicznego, Warszawa, 14-16.10.2021 – plakat

22. Marcin Maruszewski, Jacek Wojarski, Wojtek Karolak, Jan Rogowski, Joanna Tobiasz, Joanna Polanska, Sławomir Żegleń: Long-term survival and morbidity rates after heart transplantation in Poland (2015–2019). XV Kongres Polskiego Towarzystwa Transplantologicznego, Warszawa, 14-16.10.2021 – plakat

23. Aleksandra Gruca, Małgorzata Bach, Paweł Foszner, Joanna Henzel, Mateusz Kania, Michał Kozielski, Justyna Mika, Anna Papież, Joanna Tobiasz, Aleksandra Werner, Joanna Zyla, Jerzy Jaroszewicz, Joanna Polańska, and Marek Sikora: DECODE - zastosowanie analizy statystycznej oraz metod maszynowego uczenia w celu opisu pacjentów chorych na COVID-19 oraz predykcji prawdopodobieństwa wystąpienia choroby COVID-19 na bazie prostych cech klinicznych. Anty-Covid: Informatyka w zwalczaniu Covid-19, June 22-23 2020

24. Anna Papiez, Justyna Mika, Joanna Tobiasz, Joanna Zyla, Marcin Pochrzest, Urszula Augustyniak, Krzysztof Miczkowski, Maciej Papiez, Mateusz Rosiek, Monika Adamczyk-Sowa, Jerzy Jaroszewicz and Joanna Polanska: CORNELIA - System zbierania ankiet dotyczących zaburzeń poznawczych powiązanych z COVID-19, Anty-Covid: Informatyka w zwalczaniu Covid-19, June 22-23 2020

25. Suwalska, A., Tobiasz, J., Prażuch, W., Socha, M., Foszner, P., Piotrowski, D., Gruszczynska, K., Sliwinska, M., Walecki, J., Popiela, T., Przybylski, G., Nowak, M., Fiedor, P., Pawlowska, M., Flisiak, R., Simon, K., Zapolska, G., Gizycka, B., Szurowska, E., Marczyk, M., Cieszanowski, A., Polanska, J. (2023). POLCOVID: a multicenter multiclass chest X-ray database (Poland, 2020–2021). Scientific Data, 10, 1–9. https://doi.org/10.1038/s41597-023-02229-5

26. Socha M, Prażuch W, Suwalska A, Foszner P, Tobiasz J, Jaroszewicz J, Gruszczynska K, Sliwinska M, Nowak M, Gizycka B, Zapolska G, Popiela T, Przybylski G, Fiedor P, Pawlowska M, Flisiak R, Simon K, Walecki J, Cieszanowski A, Szurowska E, Marczyk M, Polanska J: Pathological changes or technical artefacts? The problem of the heterogenous databases in COVID-19 CXR image analysis. Computer Methods and Programs in Biomedicine 2023, 240, 107684

27. Tobiasz J, Polanska J. Proteomic Profile Distinguishes New Subpopulations of Breast Cancer Patients with Different Survival Outcomes. Cancers. 2023; 15(17):4230. https://doi.org/10.3390/cancers15174230

28. Tobiasz, J., Al-Harbi, N., Judia, S. B., Wakil, S. M., Polanska, J., & Alsbeih, G. (2023). Multivariate piecewise linear regression model to predict radiosensitivity using the association with the genome-wide copy number variation. Frontiers in Oncology, 13.

29. Maruszewski, M., Wojarski, J., Karolak, W., Rogowski, J., Tobiasz, J., Polańska, J., & Żegleń, S. (2022). Early and midterm results of orthotopic heart transplantation in Poland (2015-2019). Transplantation Proceedings, 54, 1060–1064. https://doi.org/10.1016/j.transproceed.2022.03.008

30. Kozielski M., Henzel J., Tobiasz J., Gruca A., Foszner P., Zyla J., Bach M., Werner A., Jaroszewicz J., Polanska J., Sikora M: Enhancement of COVID-19 symptom-based screening with quality-based classifier optimisation. Bulletin of the Polish Academy of Sciences: Technical Sciences. e137349 (2021) 10.24425/bpasts.2021.137349

31. Justyna Mika, Joanna Tobiasz, Joanna Zyla, Anna Papiez, Małgorzata Bach, Aleksandra Werner, Michał Kozielski, Mateusz Kania, Aleksandra Gruca, Damian Piotrowski, Barbara Sobala-Szczygieł, Bożena Włostowska, Paweł Foszner, Marek Sikora, Joanna Polanska*, Jerzy Jaroszewicz: Symptom-based early-stage differentiation between SARS-CoV-2 versus other respiratory tract infections — Upper Silesia pilot study. Scientific Reports, 2021, 11:13580, doi: 10.1038/s41598-021-93046-6

32. Henzel, J.; Tobiasz, J.; Kozielski, M.; Bach, M.; Foszner, P.; Gruca, A.; Kania, M.; Mika, J.; Papiez, A.; Werner, A.; Zyla, J.; Jaroszewicz, J.; Polanska, J.; Sikora, M. Screening Support System Based on Patient Survey Data—Case Study on Classification of Initial, Locally Collected COVID-19 Data. Appl. Sci. 2021, 11, 10790. https://doi.org/10.3390/app112210790

33. Marczyk M, Macioszek A, Tobiasz J, Polanska J and Zyla J (2021) Importance of SNP Dependency Correction and Association Integration for Gene Set Analysis in Genome-Wide Association Studies. Front. Genet. 12:767358. doi:10.3389/fgene.2021.767358

34. Prazuch, W., Suwalska, A., Socha, M., Tobiasz, J., Foszner, P., Jaroszewicz, J., ... & Polanska, J. (2022). CIRCA: comprehensible online system in support of chest X-rays-based COVID-19 diagnosis. arXiv preprint arXiv:2210.05440

35. Joanna Tobiasz, Christos Hatzis, and Joanna Polanska: Breast cancer heterogeneity investigation: multiple k-means clustering approach. 2019 IEEE 19th International Conference on Bioinformatics and Bioengineering (BIBE), October 28-30, 2019, Athens, Greece. p. 410-414, doi: 10.1109/BIBE.2019.00080