Tytuł projektu: Algorytmy statystyczne do analizy wzorców zmian strukturalnych genomu związanych z odpowiedzią na promieniowanie jonizujące oraz stopniem wrażliwości na promieniowanie
Opis projektu: Algorytmy statystyczne do analizy wzorców zmian strukturalnych genomu związanych z odpowiedzią na promieniowanie jonizujące oraz stopniem wrażliwości na promieniowanie
Afiliowane publikacje: 1. Bożena Rolnik, Najla Al-Harbi, Sara Bin Judia, Salma Majid, Ghazi Alsbeih, Joanna Polanska: Analiza trendów zmian strukturalnych w genomie w odpowiedzi na wybrane dawki promieniowania jonizującego. Śląskie Spotkania Naukowe IV SSN, 24-25.03.2017, Ustroń, Polska, p.41
2. Bożena Rolnik, Najla Al-Harbi, Sara Bin Judia, Salma Majid, Ghazi Alsbeih, Joanna Polańska: Characteristics of Copy Number Variation in radiosensitive cell line. Computational Approached in Precision Medicine, 2017, 27-28 July, Vienna, Austria
Tytuł projektu: Identyfikacja i korekcja efektu paczki jako elementy wspomagające wnioskowanie w wysokoprzepustowych eksperymentach biologii molekularnej
Opis projektu: Identyfikacja i korekcja efektu paczki jako elementy wspomagające wnioskowanie w wysokoprzepustowych eksperymentach biologii molekularnej
Afiliowane publikacje: 1. Papiez A, Zyla J, Binczyk F, Polanska J: Drosophila melanogaster RNA-Seq analysis by k-means clustering with adaptive initial conditions, XXI Gliwickie Spotkania Naukowe 2017, 17-18.11.2017, Gliwice, Polska, Book of Abstracts, p.135.
Opis projektu: Narzędzia bioinformatyczne do poszukiwania biomarkerów odpowiedzi organizmu na promieniowanie jonizujące
Afiliowane publikacje: 1. Corina Cuceu, Bruno Colicchio, Eric Jeandidier, Steffen Junker, Grace Shim, François Plassa, Justyna Mika, Monika Frenzel, Mustafa Al Jawhari, William M. Hempel, Grainne O'brien, Aude Lenain, Luc Morat, Théodore Girinsky, Alain Dieterlen, Joanna Polanska, Christophe Badie, Patrice Carde, Radhia M'kacher: Independent mechanisms lead to genomic instability in Hodgkin lymphoma: Microsatellite or chromosomal instability. Cancers (Basel), 2018, 10(7): E233. doi:10.3390/cancers10070233.
2. Mika J, Yoshida K, Kusunoki Y, Candeias S, Polanska J: Does diversity of T cell receptors functionality depend on age and sex? Book of Abstracts, p.117, XII Annual q-bio Conference, Houston, TX, June 26-29, 2018
3. Mika J, Candéias S., Badie C., Polanska J. Reannotation of VDJ segments in complementarity determining region 3 (CDR3) in data from TCR sequencing, Book of abstract p.71, PTBI 2017, September 27-29, 2017, Uniejow
4. Kotas Justyna, Gaipl Udo and Polańska Joanna. Analysis of data from immunophenotyping of patients undergoing low dose radiation therapy, 2017. XXI Gliwice Scientific Meetings (XXI GSN), 17/11/2017-18/11/2017, Gliwice, Poland, pp. 121
Opis projektu: Analiza algorytmów stosowanych do deizotopingu w spektrometrii mas
Afiliowane publikacje: 1. Bednarczyk K, Sammour D A , Hopf C, Polańska J: How does sample preparation in MALDI-MSI imaging influence the molecular signature, Gliwickie Spotkania Naukowe 2017, 17-18.11.2017, Gliwice, Polska, p.63
Tytuł projektu: Algorytmy statystyczne do analizy danych pochodzących z różnych platform eksperymentalnych, dotyczących wpływu promieniowania jonizującego na mechanizmy ekspresji genów u ludzi oraz u myszy
Opis projektu: Algorytmy statystyczne do analizy danych pochodzących z różnych platform eksperymentalnych, dotyczących wpływu promieniowania jonizującego na mechanizmy ekspresji genów u ludzi oraz u myszy
2. Cecotka A., Polanska J.: Different methylation profiles and their alterations among gene associated and intergenic genome regions in AML. XXI Gliwice Scientific Meetings, Book of abstracts, p. 71. 17-18.11.2017, Gliwice, Poland.
Opis projektu: Poszukiwanie markerów chorób zwyrodnieniowych mózgu dla celów poprawy diagnostyki w oparciu o analizę wyników neuroobrazowania
Afiliowane publikacje: 1. Binczyk F, Marczyk M, Polanska J: LISI - system for automated Lymphocyte Identification in H-E Stained tissue Images. 2nd Annual Meeting of MAQC Society, Precision Medicine and Clinical Omics, February 24-27, 2018, Shanghai, China
2. Suwalska A, Binczyk F: THE APPLICATION OF DEEP CONVOLUTIONAL NEURAL NETWORKSIN THE AUTOMATED DIAGNOSIS OF EARLY ALZHEIMER’S DISEASEON MAGNETIC RESONANCE IMAGES , XXI Gliwickie Spotkania Naukowe 2017, 17-18.11.2017, Gliwice, Polska, Book of Abstracts, p.159.
Opis projektu: Celem naukowym projektu jest opracowanie metod umożliwiających łączenie danych z różnych eksperymentów pozyskanych w toku wysokoprzepustowych technik biologii molekularnej, a także łączonej analizy dużych zbiorów danych. Stworzone procedury mają posłużyć do polepszenia jakości informacji biologicznej wynikającej z tego typu eksperymentów. Dane, na których testowane będą procedury pochodzą z dużego studium badawczego pomiarów poziomów ekspresji Microarray Innovations in LEukemia (MILE), a także z publicznych repozytoriów bioinformatycznych.
Afiliowane publikacje: 1. Sieradzka Katarzyna, Leszczorz Kinga, Garbulowski Mateusz and Polański Andrzej. Consensus approach for detection of somatic mutations, 2017. ICMMI 2017 International Conference on Man-Machine Interactions (ICMMI 2017), 03/10/2017-06/10/2017, Kraków, Polska. Man-Machine Interactions 5.
2. Papiez Anna, Badie Christophe and Polanska Joanna. Response profiles for high and therapeutic radiation doses in breast cancer patients, 2017. XXIII National Conference on Applications of Mathematics in Biology and Medicine (XXIII KKZMBM), 11/09/2017-15/09/2017, Jugowice, Polska, pp. 137-142 Response profiles for high and therapeutic radiation doses in breast cancer patients, ISBN: 978-8-3932-8933-2, pp. 137-142.
3. Papiez Anna, Azimzadeh Omid, Tapio Soile and Polanska Joanna. Regression analysis for dose and age related deregulated proteins, 2017. 4th ICRP Symposium on the system of radiological protection and 2nd European Radiological Protection Research Week (ICRP-ERPW 2017), 10/10/2017-12/10/2017, Paris, France, pp. 83
Opis projektu: Dane, które będą wykorzystane w projekcie pochodzą z dróżnych eksperymentów biologicznych. Eksperymenty polegały na pomiarze ekspresji genów (qPCR) w dwóch warunkach eksperymentalnych: (i) warunki normalne, (ii) po napromieniowaniu dawką 2Gy oraz badaniu genotypu zebranych osób. Taka konstrukcja pozwala na analizowanie problemu w literaturze określanego jako radiowrażliwość, która z definicji mówi jak komórka, tkanka czy cały organizm zareaguje na szkodliwe działanie promieniowania jonizującego. Zwiększona radiowrażliwość charakteryzuje się tym, że małe dawki promieniowania powodują zwolnienie (a czasami całkowite wstrzymanie) procesów naprawy uszkodzeń materiału genetycznego. Obecny stan wiedzy wskazuje na wpływ radiowrażliwości nie tylko na reakcję na napromieniowanie, ale też na zwiększenie ryzyka wystąpienia różnego typu nowotworów (w szczególności raka piersi i białaczki) oraz na skuteczność radioterapii w chorobach nowotworowych.
Afiliowane publikacje: 1. Mrukwa A., Zyla J.: THE IMPACT OF SOCIO-ECONOMIC STATE OF SOCIETY ON COVID-19 DEVELOPMENT, XXIV Gliwice Scientific Meeting 2020, p.57
English (UK) 