Główny wykonawca: Michał Marczyk, Franciszek Binczyk, Joanna Żyła, Anna Papież, Łukasz Król, Agnieszka Błachowicz, Justyna Kotas

Wykonawcy: Aleksandra Pfeifer, Anna Marcisz

Opis projektu: Do głównych celów projektu należą:
· Opracowanie narzędzi bioinformatycznych wspomagających integratywną analizę danych z zakresu transkryptomiki, przeprowadzenie analizy porównawczej różnych technik integracji danych – rozpoczęte w poprzednich latach badania wskazały na olbrzymi potencjał takiego podejścia do zagadnień metaanalizy danych; możliwość bazującego na teorii prawdopodobieństwa dwuetapowego łączenia wyników badań stanowiących odpowiedź na podobnie postawione pytanie badawcze pozwala na pozyskanie dodatkowych informacji o zachodzących procesach oraz istotnie zwiększa moc statystyczną analizy.
· Stworzenie środowiska obliczeniowego dla automatycznego modelowania widm proteomicznych MALDI ToF wysokiej i niskiej rozdzielczości – dotychczasowe badania wykazały, że techniki modelowania matematycznego widm proteomicznych w postaci mieszanin rozkładów pozwalają na dokładniejsze oszacowania ilości peptydów, lipidów czy metabolitów w analizowanych próbkach dlatego planuje się opracowanie narzędzia dokonującego automatycznej dekompozycji widma bez konieczności interwencji ze strony operatora.
· Opracowanie i implementacja algorytmów automatycznej korekty fazy w widmach NMR, optymalizacja ich parametrów – zastosowanie właściwych algorytmów na etapie wstępnego przetwarzania sygnałów w spektometrii mas NMR jest kluczowe dla procesu detekcji procesów nowotworzenia w analizowanej tkance. Badania literaturowe wskazują na szereg możliwych rozwiązań algorytmicznych, jednak każde z nich wymaga dopracowania procedur optymalizacji ich parametrów.
· Przeprowadzenie analizy porównawczej i opracowanie optymalnych procedur walidacji funkcjonalnej polimorfizmów pojedynczego nukleotydu powiązanych z wybranym procesem biologicznym na przykładzie badań nad sygnaturą promieniowrażliwości – weryfikacja in silico wpływu zmian typu SNP na funkcjonowanie komórek czy całego organizmu przeprowadzona być może z wykorzystaniem kilkunastu algorytmów, dając czasami zupełnie rozbieżne wynik końcowe dlatego zachodzi potrzeba dokonania analizy porównawczej tych algorytmów oraz wypracowania technik integracji wyników.
· Opracowanie oraz przeprowadzenie analizy wrażliwościowej i jakościowej zmodyfikowanych algorytmów imputacji brakujących danych w badaniach asocjacyjnych całego genomu – znane z literatury algorytmy wykorzystujące na etapie predykcji modele procesów Markowa albo metody sztucznej inteligencji (np. algorytm najbliższych sąsiadów) wymagają modyfkacji i dostosowania ich struktury i miar podobieństwa do specyfiki problemu jakim jest odtwarzanie brakujących oznaczeń z genotypowania, planuje się wypracowanie takich miar oraz przeprowadzenie badań porównawczych w celu oszacowania ich zachowania w przypadku danych symulacyjnych i rzeczywistych.

Planowanymi efektami naukowymi i praktycznymi są:
· Nowe metodyki analizy danych.
· Biblioteki procedur oraz aplikacje wspomagające analizę danych.

Afiliowane publikacje:
1. Papiez A. , Marczyk M. , Polanski A., Polanska J.: Programowanie dynamiczne jako metoda identyfikacji efektu paczki, III Śląskie Spotkania Naukowe, Dzierżno 3-4.06.2016

2. Goetz M, C Weber, F Binczyk, J Polanska, R Tarnawski, B Bobek-Billewicz, U Koethe, HP Meinzer, B Stieltjes, KH. Maier-Hein: DALSA: Domain Adaptation for Supervised Learning from Sparsely Annotated MR Images. IEEE Transaction on Medical Imaging, 2016, 35(1):184-96, doi: 10.1109/TMI.2015.2463078

3. Widlak P, Mrukwa G, Kalinowska M, Pietrowska M, Chekan M, Wierzgon J, Gawin M, Drazek G, Polanska J: Detection of molecular signatures of oral squamous cell carcinoma and normal epithelium – application of a novel methodology for unsupervised segmentation of imaging mass spectrometry data. Proteomics, 2016, 16(11-12):1613-21, DOI: 10.1002/pmic.201500458

4. Krawczyk A, Polanska J: Comparative analysis of microRNA-target gene interaction prediction algorithms - the attempt to compare the results of three algorithms. Bioinformatics and Biomedical Engineering, Lecture Notes in Computer Science, vol. 9656, pp. 103-112, 4th International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering IWBBIO 2016, Granada,Spain, 20-22.04.2016, ISBN 978-3-319-31744-1, DOI: 10.1007/978-3-319-31744-1_10

5. Chobot A, Polanska J, Brandt A, Deja G, Glowinska-Olszewska B, Pilecki O, Szadkowska A, Mysliwiec M, Jarosz-Chobot P: Wiarygodność predykcyjnego modelu zachorowań na cukrzycę typu 1 na bazie danych z lat 1989-2004 w stosunku do prospektywnie zbieranych danych z lat 2005-2012. XVII Zjazd Polskiego Towarzystwa Diabetologicznego, Kielce, 5-7 maja 2016

6. Chobot A, Rusak E, Wenzlau J, Bąk-Drabik K, Krzywicka A, Mazur B, Rotarska-Mizera A, Polanska J, Rewers M: Ocena częstości występowania autoprzeciwciał przeciwko podjednostce 4A pompy protonowej komórek okładzinowych żołądka u dzieci z cukrzycą typu 1. XVII Zjazd Polskiego Towarzystwa Diabetologicznego, Kielce, 5-7 maja 2016

7. Widlak P, Pietrowska M, Polanska J, Marczyk M, Ros M, Dziadziuszko R, Jassem J, Rzyman W: Serum mass profile signature as a biomarker of early lung cancer. Lung Cancer, 2016, 99:46-52, http://dx.doi.org/10.1016/j.lungcan.2016.06.011

8. Mrukwa G., Drazek G., Pietrowska M., Chekan M., Widlak P., Polanska J.: Iteracyjne zastosowanie deglomeracyjnego algorytmu iK-średnich do grupowania próbek MALDI-MSI pod kątem profilu molekularnego. III Śląskie Spotkania Naukowe, 3-4.06.2016, Dzierżno

9. Drazek G., Mrukwa G., Pietrowska M., Chekan M., Widlak P., Polanska J.: Wykrywanie sygnatury molekularnej raka nabłonka technikami obrazowania spektrometrii mas (MALDI-IMS). Śląskie Spotkania Naukowe, 3-4.06.2015, Dzierżno

10. Blachowicz A., Manning G., Badie C., Bouffler S., Polanska J.: Detekcja regionów promotorowych genów o profilu metylacji istotnie różniącym osoby zdrowe i cierpiące na AML. Śląskie Spotkania Naukowe, 3-4.06.2016, Dzierżno

11. Rolnik B, Al-Harbi N, Bin Judia S, Majid S, Alsbeih G, Polanska J: Zastosowanie trendów odpowiedzi na niskie i wysokie dawki promieniowania w analizie zmian strukturalnych genomu. III Śląskie Spotkania Naukowe SSN2016, 3-4.06.2016, Dzierżno, Polska

12. Rotarska-Mizera A, Wolak M, Jarosz-Chobot P, Polanska J: Różnice pomiędzy świadczeniami ambulatoryjnymi a szpitalnymi dla pacjentów poniżej 15 roku życia z rozpoznaną cukrzycą typu 1. III Śląskie Spotkania Naukowe SSN2016, 3-4.06.2016, Dzierżno, Polska

13. Krol L.: Distributed Monte Carlo Feature Selection: Extracting Informative Features Out of Multidimensional Problems with Linear Speedup. Beyond Databases, Architectures and Structures. Advanced Technologies for Data Mining and Knowledge Discovery (BDAS 2016). Volume 613 of the series Communications in Computer and Information Science pp 463-474. ISBN:978-3-319-34099-9, May 31 - June 3, 2016, Ustron, Poland

14. Mika Justyna, Candeias Serge, Badie Christophe and Polańska Joanna. Functionality status of murice TCR sequences – comparative analysis of diversity indices and effect size statistics, 2016. 2nd Congress of Polish Biochemistry, Cell biology, Biotechnology and Bioinformatics (BIO2016), 13/09/2016-16/09/2016, Wrocław, pp. 169

15. Chobot A, Rusak E, Wenzlau J, Bąk-Drabik K, Krzywicka A, Polańska J, Rewers M. 2016. Ocena autoprzeciwciał przeciwko podjednostce 4A pompy protonowej komórek okładzinowych żołądka u dzieci z cukrzycą typu 1. XV Konferencja Sekcji Pediatrycznej Polskiego Towarzystwa Diabetologicznego, Rzeszów

16. Chobot A, Rusak E, Wenzlau J, Bąk-Drabik K, Krzywicka A, Mazur B, Rotarska-Mizera A, Polańska J, Rewers M., Ocena częstości występowania autoprzeciwciał przeciwko podjednostce 4A pompy protonowej komórek okładzinowych żołądka u dzieci cukrzycą typu 1. IX Ogólnopolski Zjazd Polskiego Towarzystwa Gastroenterologii, Hepatologii i Żywienia Dzieci, 16-18 czerwca 2016, Bydgoszcz

17. Abramowicz Agata, Wojakowska A, Gdowicz-Kłosok Agnieszka, Rodziewicz Paweł, Polańska J, Rodziewicz P, Polanowski P, Kawczyński R, Pietrowska M, Wydmański J, Widłak P: Identification of serum proteome signatures of locally advanced and metastatic gastric cancer. 9th Central and Eastern European Proteomics Conference CEEPC 2015, 15-18.06.2015 Poznań, p.42

18. Gawin Marta, Pietrowska M, Polanska J, Widłak P: Tissue fixation strategy from MALDI imaging mass spectrometry of peptides and lipids – a kidney model. 9th Central and Eastern European Proteomics Conference CEEPC 2015, 15-18.06.2015 Poznań, p.16

19. Widlak P, Jelonek K, Wojakowska A, Pietrowska M, Polanska J, Marczak L: Serum proteome signature of response to radiotheraphy - a reflection of acute radiation toxicity. 9th Central and Eastern European Proteomics Conference CEEPC 2015, 15-18.06.2015 Poznań, p.12

20. Binczyk F., Weber C., Goetz M., Stjeltjes B., Meier-Hein K., Tarnawski R., Polanska J.: "A filtration of cerebrospinal fluid signal based on Gaussian mixture model decomposition of magnetic resonance diffusion weighted imaging data", 8th Symposium of the Polish Bioinformatics Society, 17-19 September 2015, Lublin, Poland

21. Abramowicz A, Wojakowska A, Gdowicz-Klosok A, Polanska J, Rodziewicz P, Polanowski P, Namysk-Kaletka A, Pietrowska M, Wydmanski J, Widlak P: Identification of serum proteome signatures of locally advanced metastatic gastric cancer – a pilot study. Journal of Translational Medicine, 2015 Sep 17, 13:304, doi: 10.1186/s12967-015-0668-9

22. Zyla J, Badie C, Alsbeih G and Polanska J: Comprehensive multiomics analysis of radiosensitivity phenomena, 2015. International Synthetic and Systems Biology Summer School (SSBSS 2015), 05/07/2015-09/07/2015, Taormina, pp. 34

23. Pietrowska M, Kalinowska-Herok M, Gawin M, Chekan M, Wierzgon J, Drazek G, Mrukwa G, Polanska J, Widlak P: Molecular signatures for discrimination of normal epithelium from oral squamous cell carcinoma – study based on unsupervised analysis of imaging mass spectrometry. 3rd Imaging Mass Spectrometry Conference 2015, OurCon III, 27-29.10.2015, Pisa, Italy

24. Widłak P, Pietrowska M, Kalinowska-Herok M, Gawin M, Chekan M, Wierzgoń J, Drążek G, Mrukwa G, Polanska J: Application of MALDI Imaging Mass Spectrometry for molecular characterization of oral squamous cell cancer and adjacent tissues. I Ogólnopolska Konferencja “Biomarkery w chorobach nowotworowych”, 9-10.10.2015, Wrocław

25. Widlak P, M Pietrowska, A Wojakowska, K Jelonek, J Polanska, I Dominczyk, E Chawinska, T Rutkowski, K Skladowski, L Miszczyk: Whole body response analyzed at the level of serum proteome is different in patient irradiated locally due to head and neck and prostate cancers. 15th International Congress of Radiation Research ICRR 2015, 25-29.05.2015, Kyoto, Japan

26. Lesniewski-Kmak Krzysztof, Marjanski Tomasz, Zurek Wojciech, Marczyk Michal, Polanska Joanna, Rzyman Witold: Analysis of Factors That Have Impact on Adjuvant Chemotherapy Application in Operated Stage IIA-IV Non-Small Cell Lung Cancer. 16th World Conference on Lung Cancer, 6-9 September 2015, Denver, Colorado, USA. Journal of Thoracic Oncology, 10(9):Suppl.2:S678 (P3.02-033)

27. Zyla J, Alsbeih G, Badie C: Comparision of gene set enrichment analysis methods in single nucleotide polymorphism investigation on radiosensitivity phenomena. XIXth Gliwice Scientific Meetings, Book of abstracts, p. 164. 20-21.11.2015, Gliwice, Poland

28. Tobiasz J., Papiez A., The application of the microarray analysis methods in search of candidate gene signatures of radiosensitivity. XIX Gliwice Scientific Meetings, Book of abstracts, p. 151. 20-21.11.2015, Gliwice, Poland

29. Binczyk F, Bednarczyk K: Tuning of CSF filtration techniques as an improvement for automated tumour detection in analysis of magnetic resonance diffusion weighted imaging. XIXth Gliwice Scientific Meetings, Book of abstracts, p. 59. 20-21.11.2015, Gliwice, Poland

30. Rolnik B., Al-Harbi N., Judia S.B., Majid S., Alsbeih G., Polanska J.: Copy number variation analysis as a method for finding out biomarkers of radiosensitivity. XIX Gliwice Scientific Meetings, Book of abstracts, p. 134. 20-21.11.2015, Gliwice, Poland

31. Anna Rotarska-Mizera, Dorota Chyra-Jach, Anna Marcisz, Przemysława Jarosz-Chobot, Joanna Polańska: Costs of healthcare for patients under 14 years old diagnosed with type 1 dm in Upper Silesia Region – preliminary results. XIX Gliwice Scientific Meetings, Book of abstracts, p. 136. 20-21.11.2015, Gliwice, Poland

32. Agnieszka Blachowicz, Christophe Badie, Simon Bouffler, Joanna Polanska, Detection of Differentially Methylated Regions of Genome in Human Leukaemias, XIX Gliwice Scientific Meetings, Book of abstracts, p. 60. 20-21.11.2015, Gliwice, Poland

33. Mrukwa G., Drazek G., Pietrowska M., Chekan M., Widlak P., Polanska J.: Novel ik-means algorithm comparison with PCA-based approach for determining heterogeneity in MALDI-MSI tumor samples. XIX Gliwice Scientific Meetings, Book of abstracts, p. 116. 20-21.11.2015, Gliwice, Poland

34. Pietrowska M, J. Polanska, A. Wojakowska, K. Jelonek, M. Kalinowska-Herok, I. Dominczyk, E. Chawinska, T. Rutkowski, K. Skladowski, L. Miszczyk, P. Widlak: Whole body response to radiation in head and neck and prostate cancer patient; the serum proteome comparative analysis. Radiotherapy & Oncology, 115(S1):135-136. 3rd ESTRO FORUM 24-28 April 2015, Barcelona, Spain

35. Ros M, Jelonek K, Pietrowska M, Zagdanski A, Suchwalko A, Jastrzab T, Polanska J, Chawinska E, Dominczyk I, Rutkowski T, Miszczyk L, Widlak P: Radiotherapy-related changes in serum profile of lipids are primarily associated with a type of acute toxicity; comparison of radiation-induced effects in patients with prostate cancer and head and neck cancer. FEBS Journal 282 (Suppl. 1):194, 40th FEBS Congress, The Biochemical Basis of Life, Berlin, Germany, July 4-9, 2015

36. Pietrowska M, Wojakowska A, Jelonek K, Polanska J, Miszczyk L, Skladowski K, Widlak P: Serum proteome signature of radiation response: upregulation of acute response factors, and downregulation of apoliproteins and coagulation factors in cancer patients subjected to radiotherapy. 2nd Central European Symposium on Radiation Oncology, May 8-9, 2015, Kraków, Poland (P19)

37. Kalinowska-Herok M, Pietrowska M, Gawin M, Chekan M, Wierzgon J, Drazek G, Polanska, J, Polanski A, Widlak P: Molecular characterization of oral squamous cell cancer and adjacent tissues by MALDI-IMS. 33rd Informal Meeting on Mass Spectrometry, 10-13 May 2015, Szczyrk, Poland, p.103

38. Pietrowska M, Polanska J, Wojakowska A, Jelonek K, Kalinowska-Herok M, Dominczyk I, Chawinska E, Rutkowski T, Skladowski K, Miszczyk L, Widlak P: Whole body response to radiation in head and neck and prostate patients; the serum proteome comparative analysis. 33rd Informal Meeting on Mass Spectrometry, 10-13 May 2015, Szczyrk, Poland – p.133

39. Skrzypski MT, Marczyk M, Bobowicz M, Czapiewski P, Maciejewska A, Pawlowski R, Polanska J, Jassem J: MicroRNA (MiRNA) expression profiles in early colon cancer (CC) and lung adenocarcinoma (AC). Journal of Clinical Oncology 2015, vol. 33 (suppl; abstr e22062). ASCO Annual Meeting, Chicago, USA, May 29-June 2, 2015

40. Tarnawski R, J Polanska, E Nowicka: Automatic glioblastoma target detection for radiotherapy planning using Gaussian mixed model and MRI apparent diffusion coefficient maps. 15th International Congress of Radiation Research ICRR 2015, 25-29.05.2015, Kyoto, Japan

41. Korfanty J, Naumowicz A, Toma-Janik A, Polanska J, Vydra N, Widlak W: Regulacja apoptozy indukowanej stresem termicznym – badania post-genomiczne. II Śląskie Spotkania Naukowe, 15-16 maj, 2015 Ustroń

42. Widlak P, Pietrowska M, Polanska J, Marczyk M, Dziadziuszko R, Rzyman W: Components of Serum Peptidome Can Differentiate between Healthy Controls and Patients with Early Stage Lung Cancer. 16th World Conference on Lung Cancer, 6-9 September 2015, Denver, Colorado, USA. Journal of Thoracic Oncology, 10(9):Suppl.2:S491 ( P1.06-012)

43. Drazek G, Marczyk M, Polanska J: Biomarkers Discovery by Gaussian mixture modeling and permutation tests in Imaging Mass Spectrometry Data. 9th Central and Eastern European Proteomics Conference CEEPC 2015, 15-18.06.2015 Poznań, p.14

44. Mrukwa G, Polanska J: Tuning k-means algorithm for detection of heterogenous regions in MSI samples. 9th Central and Eastern European Proteomics Conference CEEPC 2015, 15-18.06.2015 Poznań

45. Artur Chwalba, Dorota Chyra-Jach, Anna Marcisz, Joanna Polańska, Magdalena Wolak, Grażyna Deja, Przemysława Jarosz-Chobot, Igor Radziewicz-Winnicki: Ocena występowania powikłań cukrzycowych u dzieci do 14 roku życia z cukrzycą typu 1 leczonych w woj. śląskim w latach 2009–2013. VI Zjazd Polskiego Towarzystwa Endokrynologii i Diabetologii Dziecięcej, 7-9.05.2015 Zawiercie

46. Dorota Chyra-Jach, Anna Marcisz, Joanna Polańska, Artur Chwalba, Magdalena Wolak, Grażyna Deja, Przemysława Jarosz-Chobot, Igor Radziewicz-Winnicki: Przydatność rejestru NFZ do analizy zapadalności na cukrzycę typu 1 u dzieci do 14 roku życia województwa śląskiego w latach 2009–2013. VI Zjazd Polskiego Towarzystwa Endokrynologii i Diabetologii Dziecięcej, 7-9.05.2015 Zawiercie

47. Walaszczyk A, Wojakowska A, Marczak L, Pietrowska M, Nowicka E, Behrendt K, Polanska J, Widlak P: Mass spectrometry-based identification of proteins related with tumor presence and associated with the risk of early metastasis of breast cancer patients. 9th Central and Eastern European Proteomics Conference CEEPC 2015, 15-18.06.2015 Poznań, p.79

48. Ros M, Jelonek K, Pietrowska M, Zagdanski A, Suchwalko A, Jastrzab T, Polanska J, Chawinska E, Dominczyk I, Rutkowski T, Miszczyk L, Widlak P: Serum lipid profile changes induced by radiotherapy in patients with prostate cancer and head and neck cancer. 9th Central and Eastern European Proteomics Conference CEEPC 2015, 15-18.06.2015 Poznań, p.69

Główny wykonawca:

Wykonawcy:

Opis projektu: Główne kierunki prowadzonych badań to: kalibracja kolorymetryczna urządzeń pozyskujących obrazy, akwizycja obrazów o zwiększonej dynamice na potrzeby badań ilościowych, redukcja szumów w barwnych obrazach cyfrowych, rozpoznawanie ekspresji twarzy w obrazach cyfrowych, dobór i pozyskiwanie cech w procesie rozpoznawania wyobrażeń ruchu kończynami na podstawie analizy sygnału EEG.

Afiliowane publikacje:
1. A. Kordecki, H. Palus, A. Bal, Practical vignetting correction method for digital camera with measurement of surface luminance distribution, Signal, Image and Video Processing, 10(8):1417–1424, 2016

Główny wykonawca: Michał Marczyk, Franciszek Binczyk, Joanna Żyła, Anna Papież, Łukasz Król

Wykonawcy: Aleksandra Pfeifer, Anna Marcisz

Opis projektu: Cel: Celem projektu jest przeprowadzenie analizy porównawczej algorytmów oraz zaproponowanie nowych metodologii analizy eksploracyjnej danych w kontekście ich zastosowania do analizy danych genomowych, transkryptomicznych i proteomicznych. W ostatnich latach, w obszarze genomiki, transkryptomiki i proteomiki, obserwuje się silny wzrost ilości informacji pozyskiwanej z wykorzystaniem najnowszych technik pomiarowych, zwanych potocznie technikami wysokoprzepustowymi (High Throughput Screening). Pozyskanie informacji istotnej z punktu widzenia zrozumienia badanego procesu nie jest już możliwe poprzez drobiazgową analizę każdej z wielkości niezależnie. Wymiarowość problemu wespół z poziomem skomplikowania interakcji pomiędzy cechami stanowią barierę dla zastosowania standardowych algorytmów statystycznych, nawet tych do tej pory wykorzystywanych w zagadnieniach typu MIMO. Konieczne było wypracowanie nowych algorytmów analizy statystycznej oraz technik sztucznej inteligencji, pozwalających na wielkoskalową analizę sygnałów. Koncepcja takiej analizy jest w tej chwili powszechnie stosowana zarówno w genomice, transkryptomice jak i proteomice. Kolejnym krokiem jest próba integracji informacji pozyskiwanej w różnych eksperymentach pomiarowych – genomicznych, transkryptomicznych czy proteomicznych. Konsekwencją takiego wyzwania jest bioinformatyka integratywna, stawiająca sobie za cel integratywną analizę danych. Połączenie pomiarów pozyskiwanych z różną dokładnością za pomocą procedur pomiarowych o różnych poziomie trafności jest zadaniem, z którym należy się zmierzyć. Efektem badań będzie, poprzez przeprowadzenie analizy porównawczej szeregu dostępnych w bioinformatycznych bazach internetowych danych, określenie własności wybranych algorytmów eksploracyjnej analizy danych. Ocenie podlegać będzie zarówno stabilnośc rozwiązań, jak i ich wrażliwość i specyficzność. Planuje się również wypracowanie nowatorskiej metodyki analizy danych hybrydowych – stanowiących mieszaninę zmiennych wyrażonych w skalach pomiarowej,porządkowej i nominalnej o różnym poziomie niepewności pomiaru.

Afiliowane publikacje:
1. Danielsson D, Brehwens K, Halle M, Marczyk M, Sollazzo A, Polanska J, Munck-Wikland E, Wojcik A, Haghdoost S: Influence of genetic background and stress response on risk of mandibular osteoradionecrosis after radiotherapy of head and neck cancer. Head and Neck, 2016, 38(3):387-93 DOI: 10.1002/hed.23903

2. Chobot A., E. Rusak, J. Wenzlau, K. Bak-Drabik, A. Krzywicka, J. Polanska, M. Rewers: Autoantibodies towards parietal cells in children with type 1 diabetes. 9th International Conference on Advanced Technologies & Treatments for Diabetes Milan, Italy. 3-6 February, 2016. Diabetes Technology & Therapeutics. February 2016, 18(S1):134

3. W. Likus, K. Siemianowicz, K. Bieńk, M. Pakuła, H. Pathak, C. Dutta, Q. Wang, S. Shojaei, Y. G. Assaraf, S. Ghavami, A. Cieślar-Pobuda, M. J. Łos; Could drugs inhibiting the mevalonate pathway also target cancer stem cells? Drug Resistance Updates, 2016, 25(3):13-25, dx.doi.org/10.1016/j.drup.2016.02.001

4. Chobot A, Rusak E, Wenzlau J, Bąk-Drabik K, Krzywicka A, Rotarska-Mizera A, Polanska J, Rewers M: Autoimmunity towards parietal cells in pediatric patients with Type 1 diabetes. 49th Annual Congress of The European Society for Paediatric Gastroenterology, Hepathology and Nutrition ESPGHAN 2016, Athens, 25–28 May 2016, Journal of Pediatric Gastroenterology and Nutrition, 62(S1):123-124

5. Chobot A, Polanska J, Deja G, Jarosz-Chobot P: Epidemiology of type 1 diabetes among Silesian children aged 0-14 years – 24 years of observations. Acta Diabetologica 2015, 52:483-488, doi: 10.1007/s00592-014-0682-z

6. Polanski A, Marczyk M, Pietrowska M, Widlak P, Polanska J: Least squares estimators of peptide species concentrations based on Gaussian mixture decompositions of protein mass spectra. 12th German-Polish Workshop on Stochastic Models, Statistics and Their Applications, SMSTA 2015, 16-20.02.2015, Wrocław, Poland. Proceedings in Mathematics and Statistics, vol.122, pp 425-432, ISBN 978-3-319-13880-0 Eds. Steland A, Rafajłowicz E, Szajowski K. Springer

7. K. Magnusson, H. Appelqvist, A. Cieślar-Pobuda, J. Wigenius, T. Karlsson, MJ. Łos, B. Kågedal, J. Jonasson and KPR Nilsson. Differential vital staining of normal fibroblasts and melanoma cells by an anionic conjugated polyelectrolyte. Cytometry Part A. 2015 Mar;87(3):262-72. doi: 10.1002/cyto.a.22627. Epub 2015 Jan 20.

8. Binczyk F, Polnik A, Sokol M, Polanska J: GNMR – an efficient method for metabolic profile estimation by analysis of magnetic resonance spectroscopy. 9th Central and Eastern European Proteomics Conference CEEPC 2015, 15-18.06.2015 Poznań

9. M.V. Jain, J.R. Jamgamreddy, J. Grabarek, F. Schweizer, T. Klonisch, A. Cieslar-Pobuda, M.J. Los, Nuclear localized Akt enhances breast cancer stem-like cells through counter-regulation of p21 and p27, Cell Cycle, 2015; 14(13):2109-20. doi: 10.1080/15384101.2015.1041692

10. Marczyk M, Drazek G, Pietrowska M, Widlak P, Polanska J, Polanski A: Modeling of Imaging Mass Spectrometry Data and Testing by Permutation for Biomarkers Discovery in Tissues. Procedia Computer Science 2015, 51, p. 693-702. International Conference On Computational Science, ICCS 2015, Reykjavík, Iceland, June 1-3, 2015

11. Jarosz-Chobot P, B. Głowinska-Olszewska, M. Mysliwiec, O. Pilecki, A. Szadkowska, G. Deja , A. Chobot, J. Polanska: Updated incidence rate (1989–2012) of diabetes mellitus type 1 (T1DM) among Polish children aged 0–14 years. Joint Annual Conference of the International Society for Pediatric and Adolescent Diabetes and Australasian Paediatric Endocrine Group ISPAD+APEG 2015, 7–10 October 2015, Brisbane, Australia, Pediatric Diabetes 16(S21):94 – P114

12. Chobot A, E. Rusak, J. Wenzlau, K. Bazk-Drabik, A. Krzywicka, J. Polanska, M. Rewers: Aniti-parietal cell (ATP4A) autoimmunity in children with type 1 diabetes (T1DM). Joint Annual Conference of the International Society for Pediatric and Adolescent Diabetes and Australasian Paediatric Endocrine Group ISPAD+APEG 2015, 7–10 October 2015, Brisbane, Australia, Pediatric Diabetes 16(S21):56 – P17

13. Labaj W., Papiez A, Polanski A, Polanska J., Algorithm for detection and correction for batch effects in large DNA microarray datasets. XIX Gliwice Scientific Meetings, Book of Abstracts, p. 106. 20-21.11.2015, Gliwice, Poland.

14. Foszner P, Gruca A, Polanski A, Marczyk M, Jaksik R, Polanska J: An efficient algorithm for microarray probes re-annotation – the extended version, Transactions on Computational Intelligence XIII, Lecture Notes in Computer Science, Eds. Nguyen NT, Le-Thi HA, vol. 8342:201-218, doi: 10.1007/978-3-642-54455-2_9, 2014, ISBN: 978-3-642-54454-5

15. Chobot A, Wenzlau J, Bąk-Drabik K, Kwiecień J, Polanska J, Rewers M: ATP4A autoimmunity and Helicobacter pylori infection in children with type 1 diabetes. Clinical and Experimental Immunology, 2014, 177(3):598-602, doi:10.1111/cei.12363

16. Deperas M, Bajinskis A, Marczyk M, Polanska J, Wersall P, Lidbrink E, Ainsbury EA, Guipaud O, Benderitter M, Haghdoost S, Wojcik A: Radiation induced changes in levels of selected proteins in peripheral blood serum of breast cancer patients as a potential triage biodosimeter for large scale radiological emergencies. Health Physics, 2014, 107(6):555-563, doi:10.1097/HP.0000000000000158

17. Marczyk M: Problem znajdowania warunków początkowych modelu GMM dla procesu modelowania białkowych widm masowych MALDI-ToF. I Seminarium Polskiego Towarzystwa Proteomicznego, Gliwice 4-5 czerwca 2014

18. Zyla J: Metody walidacji in silico polimorfizmów pojedynczego nukleotydu, I Seminarium Polskiego Towarzystwa Proteomicznego, Gliwice 4-5 czerwca 2014

19. Machnica L, G. Deja, J. Polanska, P. Jarosz-Chobot: Blood pressure disturbances and endothelial damage in children and adolescents with type 1 diabetes. Atherosclerosis, 2014, vol.9, 237(1):129-134, doi:10.1016/j.atherosclerosis.2014.09.006

20. Binczyk F, M Marczyk, J Polanska: Fast and efficient techniques of magnetic resonance spectra decomposition based on mixture model. XVIII Gliwice Scientific Meetings, 21-22 Nov 2014, Gliwice, p.55

21. Blachowicz A, S Tapio, Z Barjaktarovic, R Benotmane, C Badie, S Bouffler, J Polanska: Comparison study of transcriptomic and proteomic analyses of three mouse radiation induced AMLs. XVIII Gliwice Scientific Meetings, 21-22 Nov 2014, Gliwice, p.56

22. Papiez A, C Badie, J Polanska: Impact of the selection of statistical test on the quality of gene signatures in an integrative analysis approach. XVIII Gliwice Scientific Meetings, 21-22 Nov 2014, Gliwice, p.125

Główny wykonawca: Michał Marczyk; Franciszek Bińczyk; Joanna Żyła; Anna Papież;

Wykonawcy: Łukasz Król; Anna Marcisz

Opis projektu: TBA

Afiliowane publikacje:
1. Marczyk M, Polanska J, Polanski A: Comparison of Algorithms for Profile-Based Alignment of Low Resolution MALDI-ToF Spectra. In Advances in Intelligent Systems and Computing, Vol. 242 of Man-Machine Interactions 3, Gruca A, Czachorski T, Kozielski S, editors. Springer Berlin Heidelberg 2014, p. 193-201 (ISBN: 978-3-319-02308-3), ICMMI 2013, 22-25.10.2013 Brenna, Poland

2. Zyla J. Badie C. Alsbeih G. Polanska J: Modelling of Genetic Interactions in GWAS Reveals More Complex Relations between Genotype and Phenotype. Proceedings of 5th International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms, Eds. Oscar Pastor, Christine Sinoquet, Guy Plantier, Tanija Schultz, Ana Fred and Hugo Gamboa, pages: 204-208, ISBN:978-989-758-012-3. BIOSTEC/Bioinformatics 2014, 03-07.03.2014 Angers, FRANCE

3. Zyla J. Finnon P. Bulman R. Bouffler S. Badie C. Polanska J: Seeking genetic signature of radiosensitivity - a novel method for data analysis in case of small sample sizes, Theoretical Biology and Medical Modelling  2014, 11(S1), doi:10.1186/1742-4682-11-S1-S2

4. Chobot A. Bąk-Drabik K. Skała-Zamorowska E. Krzywicka A. Kwiecień J. Polanska J: Helicobacter pylori Infection in Type 1 Diabetes Children and Adolescents Using 13C Urea Breath Test. Polish Journal of Microbiology 2014, 63(1):63–67

5. Jelonek K, Pietrowska M, Ros M, Zagdanski A, Suchwałko A, Polanska J, Marczyk M, Rutkowski T, Składowski K, Clench MR, Widłak P: Radiation-induced changes in serum lipidome of head and neck cancer patients. International Journal of Molecular Sciences, 2014, 15(4), p. 6609-6624, doi:10.3390/ijms15046609

6. Marczyk M, Krol L, Polanska J: Automatic detection of outlying microarrays using multi-array quality metrics. Proceedings of International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering (IWBBIO 2014). vol.1 p.738-746, ISBN:978-84-15814-84-9, 7-9.04.2014, Granada, SPAIN

7. Stanczyk J, Chobot A, , Polanska J, Jarosz-Chobot P: Patients with type 1 diabetes transition from pediatric to adult care in Poland – an example from Silesia. International Journal of Diabetes in Developing Countries, 34 (4):224-228, 2014

8. Polanska J, G.Deja, A.Chobot, P.Jarosz-Chobot: The increase of incidence rate of diabetes mellitus type 1(T1DM) among Silesian children (Poland) still maintains the high tempo, in years 1989-2012. 40th Annual Conference of the International Society for Pediatric and Adolescent Diabetes ISPAD 2014, Toronto, 3-6.09.2014, Pediatric Diabetes 15(S19):91

9. Cyran KA. Kawulok J. Kawulok. M. Stawarz M. Michalak M.Pietrowska M. Widlak P. Polanska J: Support Vector Machines in Biomedical and Biometrical applications. in S. Ramanna and R. J. Howlett (Eds.) Emerging Paradigms in Machine Learning. seria Smart Innovation. Systems and Technologies. vol.13. pp.379-417. Springer Verlag 2013. ISBN: 978-3-642-28698-8

10. Kus-Liskiewicz M. Polanska J. Korfanty J. Olbryt M. Vydra N. Toma A and Widlak W: Impact of Heat Shock Transcription Factor 1 on global gene expression profiles in cells which induce either cytoprotective or pro-apoptotic response following hyperthermia. BMC Genomics. 2013. 14:456. doi:10.1186/1471-2164-14-456

11. Pietrowska M. Polanska J. Domińczyk I. Rutkowski T. Gdowicz-Kłosok A. Roś M. Składowski K. Widlak P: Dose-related changes in serum proteome profiles of patients treated with radiotherapy due to head and neck cancer. 2nd International Radiation Proteomics Workshop 2013. 30-31.01.2013. Monachium. Germany

12. Widlak P. Pietrowska M. Polanska J. Rutkowski T. Domińczyk I. Gdowicz-Kłosok A. Roś M. Jelonek K. Składowski K: Serum proteome profiling by MALDI-ToF-MS detection of radiation low-dose effect in cancer patients. 31st Informal Meeting on Mass Spectrometry. 5-8.05.2013. Palermo. Włochy

13. Gdowicz-Kłosok MA. Chwieduk A. Namysł-Kaletka A. Szołtysek K. Pietrowska M. Wydmański J. Plechawska-Wójcik M. Polanska J. Widlak P: Application of MALDI-ToF based serum proteome pattern analysis in classification of patients with gastric cancer. 31st Informal Meeting on Mass Spectrometry. 5-8.05.2013. Palermo. Włochy.

14. Pietrowska. M. Michalak. M. Kalinowska-Herok. K. Polanski. J. Polanska. M. Giglok. K. Jelonek. P. Rodziewicz. K. Chmielewska. R. Tarnawski. R. Suwiński. Widlak P: MS-based detection and identification of serum proteins. which levels are associated with the progression of lung cancer. 31st Informal Meeting on Mass Spectrometry. 5-8.05.2013. Palermo. Włochy

15. Marczyk M, Polanska J, Polanski A: Peak detection by Gaussian mixture modeling of MALDI-ToF spectra for proteome profiling. Book of abstracts, poster M 26. 21st Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology ISMB/ECCB 2013, 21-23.07.2013. Berlin. Germany

16. Binek A. Rembierz-Knoll A. Polanska J. Jarosz-Chobot P:The reasons for pump discontinuation in children with diabetes type 1 (T1DM). Pediatric Diabetes 2013. vol.14(S18):46. 39th Annual Meeting of the International Society for Pediatric and Adolescent Diabetes “Pediatric diabetes in long-life perspective” ISPAD 2013. 16-19.10.2013, Gotheborg, Sweden

17. Chobot A. Wenzlau J. Bąk-Drabik K. Krzywicka A. Kwiecień J. Skała-Zamorowska E. Polanska J. Rewers M: Does Helicobacter pylori infection influence the prevalence of ATP4A autoantibodies in children with type 1 diabetes?. Pediatric Diabetes 2013. vol.14(S18):44. 39th Annual Meeting of the International Society for Pediatric and Adolescent Diabetes “Pediatric diabetes in long-life perspective” ISPAD 2013. 16-19.20.2013. Gotheborg, Sweden

18. Marczyk M, Polanska J, Polanski A: A parallel implementation of MALDI-Tof spectra modeling on CUDA-enabled graphics hardware. XVII Gliwice Scientific Meetings, Book of abstracts, p.175. 15-16.11.2013, Gliwice, Poland

19. Pfeifer A. Wojtas B. Oczko-Wojciechowska M. Kukulska A. Czarniecka A. Eszlinger M. Musholt T. Stokowy T. Swierniak M. Stobiecka E. Rusinek D. Tyszkiewicz T. Kowal M. Jarzab M. Hauptmann S. Lange D. Paschke R. Jarzab B: Molecular differential diagnosis of follicular thyroid carcinoma and adenoma based on gene expression profiling by using formalin-fixed paraffin-embedded tissues BMC Medical Genomics 2013, 6:38

20. Wojtas B. Pfeifer A. Jarząb M. Czarniecka A. Krajewska J. Swierniak M. Stokowy T. Rusinek D. Kowal M. Zebracka-Gala J. Tyszkiewicz T. Oczko-Wojciechowska M. Stobiecka E. Lange D. Paschke R. Jarzab B: Unsupervised analysis of follicular thyroid tumours transcriptome by oligonucleotide microarray gene expression profiling. Endokrynol Pol. 2013;64(5):328-334.

21. Pfeifer A. Oczko-Wojciechowska M. Wojtas B. Polanska J. Jarzab B: Detection of fusion transcripts in next generation sequencing data – analysis of methods. Współczesna Onkologia 17(Supp. 1):131. V Kongres Współczesnej Onkologii - Next Generation. 21–23.03.2013. Poznań. Poland.

22. Pfeifer A. Oczko-Wojciechowska M. Tyszkiewicz T. Jarzab B: Applying next generation sequencing to detect mutations in the thyroid cancer. 21st Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB). Berlin. July 21-23. 2013

23. Widłak P, Pietrowska M, Polanska J, Rutkowski T, Wygoda A, Tarnawski R, Składowski K: Radiation Therapy-Related Changes in Serum Proteome Patterns Are Affected by Medium Doses of Radiation Delivered to Large Volumes of Normal Tissue. International Journal of Radiation Oncology Biology Physics, vol.87(2):S638, 55th Annual Meeting of the American Society for Radiation Oncology ASTRO, 22-25.09.2013, Atlanta, USA.

24. Pietrowska M, Jelonek K, Michalak M, Gdowicz-Kłosok A, Roś M, Rodziewicz P, Chmielewska K, Polański K, Polanska J, Giglok M, Suwiński R, Tarnawski R, Dziedziuszko R, Rzyman W, Widłak P: Identification of serum proteome components associated with progression of non-small cell lung cancer. XVII Gliwice Scientific Meetings, Book of abstracts, p.71. 15-16.11.2013, Gliwice, Poland

25. Gdowicz-Kłosok A, Chwieduk A, Namysł-Kaletka A, Szołtysek K, Pietrowska M, Wydmański J, Plechawska-Wójcik M, Polanska J, Widłak P: Serum Proteome analysis of metastatic Changes in Patients with Gastric Cancer by MALDI-ToF Mass Spectometry XVII Gliwice Scientific Meetings, Book of abstracts, p.59. 15-16.11.2013, Gliwice, Poland

Główny wykonawca: Joanna Polańska

Wykonawcy: Franciszek Bińczyk, Joanna Żyła

Opis projektu: TBA

Afiliowane publikacje:
1. Cichonska A. Jaksik R. Widlak W. Polanska J: Comparative Analysis of the Annotation System of Mus Musculus 3' High Density expression Microarray. International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering IWBBIO 2013, pp.41-48. Eds. F. Ortuno, I. Rojas ISBN: 978-84-15814-13-9, 18-20.03.2013. Granada. Spain

2. Zyla J. Finnon P. Bulman R. Bouffler S. Badie C. Polanska J: Seeking for Genetic Signature of Radiosensitivity - Methods for data analysis. International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering IWBBIO 2013, p.79-86. Eds. F. Ortuno, I. Rojas ISBN: 978-84-15814-13-9, 18-20.03.2013 Granada, SPAIN

3. Polanska J. Binczyk F. Hebda A. Bobek-Bilewicz B: Gaussian mixture model based analysis of apparent diffusion coefficient maps for differentiation between maligant and benign brain tumours - prelimnary results. International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering IWBBIO 2013, pp.647-648. Eds. F. Ortuno, I. Rojas ISBN: 978-84-15814-13-9, 18-20.03.2013. Granada. Spain.

4. Zyla J: Genome-Wide Association study as a tool in common disease research. XI International PhD Workshop OWD 2013. Conference Archives PTETiS. vol. 33. p.438-441. 2013. ISBN: 978-83-935427-2-7

5. Binczyk F: Game theory combined with network analysis - good approach for analysis of brain tumor growth? PhD Workshop OWD 2013. Conference Archives PTETiS. vol. 33. p.442-445. 2013. ISBN: 978-83-935427-2-7.

6. Zyla J. Finnon P. Bulman R. Bouffler S. Badie C. Polanska J: Investigation for genetic signature of radiosensitivity - data analysis. In Advances in Intelligent Systems and Computing, vol. 242 "Man-Machine Interactions 3", Eds. Gruca A, Czachorski T, Kozielski S, p: 219-227. Springer Berlin Heidelberg 2014. ISBN: 978-3-319-02308-3. ICMMI 2013, 22-25.10.2013 Brenna, Poland

Główny wykonawca:

Wykonawcy:

Opis projektu: badania statutowe

Afiliowane publikacje:
1. Papiez, Anna, Michal Marczyk, Joanna Polanska, and Andrzej Polanski. "BatchI: Batch effect Identification in high-throughput screening data using a dynamic programming algorithm." Bioinformatics, 2019, 35(11):1885.

2. Zyla J., Kabacik S., O'Brien G., Wakil S., Al-Harbi N., Kaprio J., Badie C., Polanska J. and Alsbeih G.: Combining CDKN1A gene expression and genome wide SNPs in a twin cohort to gain insight into heritability of individual radiosensitivity, Functional and Integrative Genomics, 2019, 19:575–585 doi:10.1007/s10142-019-00658-3

3. Agata Chobot, Joanna Stompór, Karolina Szyda, Magdalena Sokołowska, Grażyna Deja, Joanna Polanska, Przemysława Jarosz-Chobot: Remission phase in children diagnosed with type 1 diabetes (T1DM) in years 2012-2013 in Silesia, Poland – an observational study. Pediatric Diabetes, 2019, 20(3):286-292 doi:10.1111/pedi.12824

4. Anna Papiez, Omid Azimzadeh, Tamara Azizova, Maria Moseeva, Natasa Anastasov, Jan Smida, Soile Tapio, and Joanna Polanska: Integrative multi-omics study for validation of mechanisms in radiation-induced ischemic heart disease in Mayak workers, 2018, PLOS ONE 13(12): e0209626.

5. Frątczak K, Gawin M, Pietrowska M, Chekan M, Widłak P, Polanska J:Pan-Cancer analysis of molecular differences for diverse cancer types using MALDI-MSI,Gliwickie Spotkania Naukowe 2018, 16-17.11.2018, Gliwice, Polska, p.126

6. K. Sieradzka, K. Leszczorz, A. Polański: Thyroid cancer clonal structure analysis based on the next generation sequencing data with correction for tumor purity , GSM 2018, Gliwice

Główny wykonawca:

Wykonawcy:

Opis projektu: badania statutowe

Afiliowane publikacje:
1. L. Malinski, B. Smolka, Self‑tuning fast adaptive algorithm for impulsive noise suppression in color images, Journal of Real-Time Image Processing, https://doi.org/10.1007/s11554-019-00853-2, published online 14.02.2019

Główny wykonawca:

Wykonawcy:

Opis projektu: ...

Afiliowane publikacje:
1. Szymon Pyka, Michal Marczyk, Christos Hatzis, Joanna Polanska: Using single-cell RNA sequencing to capture pharmacodynamics in combination therapy of Triple Negative Breast Cancer. 21st Polish Conference on Biocybernetics and Biomedical Engineering, 25-27.09.2019, Zielona Gora, Poland

2. Mika Justyna, Candeias Serge and Polańska Joanna. Modelling of T cell receptor repertoire diversity in age, sex and functionality status of its sequences, 2019. XII Symposium of Polish Bioinformatics Society (PTBI), 19/09/2019-21/09/2019, Kraków, Poland, pp. 78

3. Tobiasz J., Al-Harbi N., Bin Judia S., Majid S., Alsbeih G., Polanska J., How accurately can we predict Surviving Fraction after Irradiation based on the Copy Number State? 4th European Radiation Protection Week ERPW 2019. Book of abstracts, p. 135. 14-18.10.2019, Stockholm, Sweden

4. Justyna Mika, Sylwia Kabacik, Christophe Badie, Joanna Polanska and Serge M. Candéias: Germline DNA retention in murine and human rearranged T cell receptor gene coding joints: alternative recombination signal sequences and V(D)J recombinase errors. Frontiers in Immunology, 2019, 10:2637, doi: 10.3389/fimmu.2019.02637