Opis projektu: Przewidywanym efektem badań jest uzyskanie modyfikacji metod integracji p-wartości zależnych w oparciu o empiryczne rozkłady cech integrowanych jak i ich korelacje. Dzięki temu możliwe będzie uzyskanie sygnatur w postaci polimorfizmów pojedynczego nukleotydu o szerokim spektrum aktywności dla cechy jaką jest radiowrażliwość. Analiza dla próbki o różnym stopniu pokrewieństwa pozwoli na wskazanie takich sygnatur, które będą pozbawione obciążenia środowiskowego i będą reprezentatywnej dla całej populacji.
Afiliowane publikacje: 1. Zyla J., Marczyk M., Polanska J.: Reproducibility of Finding Enriched Gene Sets in Biological Data Analysis. In: Fdez-Riverola F., Mohamad M., Rocha M., De Paz J., Pinto T. (eds) 11th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics. PACBB 2017. Advances in Intelligent Systems and Computing, vol 616. p. 146-154 (2017) Springer, Cham ISBN:978-3-319-60815-0
2. Szymanek A., Zyla J., Badie C., Alsbeih G, Polanska J.: Functional genomic data analysis of irradiation impact to ATF3 protein expression. Acta Biochim Polonica vol.63(Suppl.2):168 - 2nd Congress of the Polish Biochemistry, Cell Biology, Biophysics and Bioinformatics , Wrocław Sept. 13–16 2016
Tytuł projektu: Zastosowanie w proteomice, lipidomice i metabolomice metod modelowania wyników eksperymentów w postaci mieszanin jedno- i wielowymiarowych rozkładów normalnych
Opis projektu: W ramach projektu proponuje się zastosowanie metod modelowania matematycznego sygnału z użyciem mieszanin rozkładów normalnych w analizie pomiarów biologicznych uzyskiwanych metodami wysokoprzepustowymi. W przypadku mieszanin jednowymiarowych możliwe jest modelowanie widm 1D otrzymywanych m.in. ze spektrometrii masowej czy obrazowania molekularnego MALDI, lub wykorzystanie modeli 1D do analizy histogramów brzegowych obrazów. Model wielowymiarowy może znaleźć zastosowanie w detekcji plam białkowych na obrazach z dwuwymiarowej elektroforezy żelowej.
Afiliowane publikacje: 1. Marczyk M: Mixture modeling of 2D gel electrophoresis spots enhances the performance of spot detection. IEEE Transactions on Nanobioscience 2017, 16(2), p.91-99
2. Marczyk M: Filtracja obrazów z dwuwymiarowej elektroforezy żelowej w celu efektywnego modelowania plamek. IV Śląskie Spotkania Naukowe, p.30, Ustroń, 25.03.2017
3. Marczyk M: Processing 2D Gel Electrophoresis Images for Efficient Gaussian Mixture Modeling. In 11th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics. PACBB 2017. Advances in Intelligent Systems and Computing, vol 616, Fdez-Riverola F, Mohamad M, Rocha M, De Paz J, Pinto T, editors. Springer, Cham 2017, p. 35-42 (ISBN: 978-3-319-60815-0)
4. Marczyk M: Mixture Modeling of 2D Gel Electrophoresis Images Enhances Quality of Spot Detection. Acta Biochimica Polonica 2016, vol.63(Supp. 2), p. 169. BIO 2016 Congress, Wroclaw, Poland, September 13–16, 2016
5. Marczyk M: Methods for filtering 2D gel electrophoresis images. Book of Abstracts, p.63, XX Gliwice Scientific Meetings, Gliwice, November 18-19, 2016
Afiliowane publikacje: 1. Frackiewicz M., Palus H., New image quality metric used for the assessment of color quantization algorithms,
9th International Conference on Machine Vision 2016 (Nice, France)
2. Palus H., Frackiewicz M., Further applications of the DSCSI metric for evaluating color quantization, 9th
International Conference on Machine Vision 2016 (Nice, France)
Opis projektu: Dotychczas nie odkryto uniwersalnego biomarkera ekspozycji na promieniowanie. Celem bieżącego projektu jest identyfikacja oraz walidacja takich biomarkerów, które będą miały zastosowanie przy wypadkach radiacyjnych, jak i do ogólnych celów epidemiologicznych. W ramach projektu współpracować będzie 6 europejskich placówek naukowych, z przewodniczącym centrum Commissariat à l’Energie Atomique et aux Energies Alternatives w Grenoble we Francji. Pozostałe placówki to: Universitaetsklinikum Erlangen, Public Health England, Instytut Onkologii w Gliwicach oraz Frédéric Joliot-Curie National Research Institute for Radiobiology and Radiohygiene.
Afiliowane publikacje: 1. Mika J, Badie C., Candéias S., Cherradi N., Polanska J. Text-mining methods in support for comprehensive literature search – Tis11/Tristetraprolin targets study., Book of abstract p.58, REIS 2017, March 7-9, 2017, Budapest
2. Mika J., Polanska J.: Poszukiwanie biomarkerów ekspozycji na promieniowanie powiązanych z białkiem Tis11/TTP. Śląskie Spotkania Naukowe IV SSN, 24-25.03.2017, Ustroń, Polska, p.34
3. Mika J, Badie C, Candeias S, Polanska J: Calculation of nucleotide sequence occurrence probability in high-throuput TCR sequencing data to examine effect of irradiation. Book of Abstracts, p.108, XX Gliwice Scientific Meetings, Gliwice, November 18-19, 2016
Opis projektu: System wspomagania diagnostyki chorób nowotworowych z wykorzystaniem wyników badań NMR oraz PET
Afiliowane publikacje: 1. Bednarczyk K, Binczyk F, Polanska J: Quality evaluation of chosen segmentation technique in magnetic resonance imaging data analysis. Gliwickie Spotkania Naukowe 2016, 18-19.11.2016, Gliwice, Polska, p.61
2. Binczyk F., Weber C., Goetz M., Stjeltjes B., Meier-Hein K., Tarnawski R., Polanska J.: "A filtration of cerebrospinal fluid signal based on Gaussian mixture model decomposition of magnetic resonance diffusion weighted imaging data", 8th Symposium of the Polish Bioinformatics Society, 17-19 September 2015, Lublin, Poland
3. Binczyk F, Bednarczyk K: Tuning of CSF filtration techniques as an improvement for automated tumour detection in analysis of magnetic resonance diffusion weighted imaging. XIXth Gliwice Scientific Meetings, Book of abstracts, p. 59. 20-21.11.2015, Gliwice, Poland
Tytuł projektu: Statystyczne metody integracji wyników wysokoprzepustowych eksperymentów biologicznych jako narzędzie poszukiwań markerów genetycznych promieniowrażliwości
Opis projektu: Statystyczne metody integracji wyników wysokoprzepustowych eksperymentów biologicznych jako narzędzie poszukiwań markerów genetycznych promieniowrażliwości
Afiliowane publikacje: 1. Labaj W, Papiez A, Polanska J, Polanski A: Deep data analysis of a large microarray collection for leukemia biomarker identification. In 10th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics, PACBB'16, 1-3 June 2016, Sevilla, Spain. Advances in Intelligent Systems and Computing, vol. 477, p.71-79, Eds. M. Saberi Mohamad, P.M. Rocha, F. Fdez-Riverola, J.F. Domínguez Mayo, F.J. De Paz, Springer International Publishing 2016, ISBN: 978-3-3194-0125-6
2. Papiez A., Badie C., Polanska J.: An integrative approach vs restrictive thresholds for combining gene expression data sets on radiation response. Acta Biochim Polonica vol.63(Suppl.2):170 - 2nd Congress of the Polish Biochemistry, Cell Biology, Biophysics and Bioinformatics , Wrocław Sept. 13–16 2016
3. Papiez A. , Marczyk M. , Polanski A., Polanska J.: Programowanie dynamiczne jako metoda identyfikacji efektu paczki, III Śląskie Spotkania Naukowe, Dzierżno 3-4.06.2016
Opis projektu: Narzędzia bioinformatyczne oraz techniki biologii systemów wspomagające wielokierunkowe poszukiwania markerów radiowrażliwości
Afiliowane publikacje: 1. Zyla J, Marczyk M, Polanska J: Sensitivity, Specificity and Prioritization of Gene Set Analysis When Applying Different Ranking Metrics. In 10th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics, PACBB'16, 1-3 June 2016, Sevilla, Spain. Advances in Intelligent Systems and Computing, vol. 477, p.61-69, Eds. M. Saberi Mohamad, P.M. Rocha, F. Fdez-Riverola, J.F. Domínguez Mayo, F.J. De Paz, Springer International Publishing 2016, ISBN: 978-3-319-40125-6
2. Blachowicz A., Manning G., Badie C., Bouffler S., Polanska J.: Detekcja regionów promotorowych genów o profilu metylacji istotnie różniącym osoby zdrowe i cierpiące na AML. Śląskie Spotkania Naukowe, 3-4.06.2016, Dzierżno
3. Cecotka Agnieszka, Grainne Manning, Christophe Badie, Simon Bouffler, Joanna Polanska: Demethylation level diversification among different genome regions in human AML. Gli-wickie Spotkania Naukowe 2016, 18-19.11.2016, Gliwice, Polska, p.104 - poster
4. Zyla J, Alsbeih G, Badie C: Comparision of gene set enrichment analysis methods in single nucleotide polymorphism investigation on radiosensitivity phenomena. XIXth Gliwice Scientific Meetings, Book of abstracts, p. 164. 20-21.11.2015, Gliwice, Poland
5. Agnieszka Blachowicz, Christophe Badie, Simon Bouffler, Joanna Polanska, Detection of Differentially Methylated Regions of Genome in Human Leukaemias, XIX Gliwice Scientific Meetings, Book of abstracts, p. 60. 20-21.11.2015, Gliwice, Poland
Opis projektu: Algorytmy detekcji skóry w obrazach barwnych
Afiliowane publikacje: 1. Binias Bartosz. Guided energy-minimizing model for segmentation of vector fields, 2016. 13th International Conference of Numerical Analysis and Applied Mathematics (ICNAAM 2015), 23/09/2015-29/09/2015, Rhodes, Greece. Proceedings of the International Conference on Numerical Analysis and Applied Mathematics 2015 (ICNAAM-2015), ISBN: 978-0-7354-1392-4.
Opis projektu: Algorytmy rozpoznawania ekspresji twarzy na podstawie informacji wizyjnej
Afiliowane publikacje: 1. K. Radlak, M. Fojcik, Integration of Robotic Arm Manipulator with Vision System in a Project-Based Learning Environment, IEEE Frontiers in Education, pp. 1066-1069, 21-24 October, 2015, El Paso, USA, ISBN: 978-1-4799-8453-4
Opis projektu: Przetwarzanie końcowe w segmentacji obrazów barwnych i wielokryterialna ocena jej wyników
Afiliowane publikacje: 1. Damian Borys, Paulina Kowalska, Mariusz Frackiewicz, Ziemowit Ostrowski, A Simple Hair Removal Algorithm from Dermoscopic Images, Bioinformatics and Biomedical Engineering, Lecture Notes in Computer Science Volume 9043, 2015, pp 262-273, ISBN
978-3-319-16482-3, DOI10.1007/978-3-319-16483-0_27
2. K. Radlak, M. Frackiewicz, M. Szczepanski, M. Kawulok, Adaptive Vision Studio - Educational Tool for Image Processing Learning, IEEE Frontiers in Education, pp. 1732-11739, 21-24 October, 2015, El Paso, USA, ISBN: 978-1-4799-8453-4
3. Frackiewicz M., Palus H., In Search of a New Initialization of K-Means Clustering for Color Quantization, 8th International Conference on Machine Vision (Barcelona, Spain), 987506-987506-5
Opis projektu: Metody normalizacji danych w dwuwymiarowej elektroforezie żelowej
Afiliowane publikacje: 1. Marczyk M: Improved Detection of 2D Gel Electrophoresis Spots by Using Gaussian Mixture Model. In Bioinformatics Research and Applications, A. Bourgeois, P. Skums, X. Wan and A. Zelikovsky, Editors. Springer International Publishing 2016. p. 284-94, ISBN: 978-3-319-38781-9
2. Marczyk M: Modeling of protein spots on 2D gel electrophoresis images. Book of Abstracts, p.110, XIX Gliwice Scientific Meetings, Gliwice, November 20-21, 2015
Tytuł projektu: Metody zmniejszania błędu odwzorowania barw w kamerach cyfrowych
Numer: BKM/514/RAU1/2015/35
Czas trwania: 2015-01-01-2015-12-31
Kierownik: Andrzej Kordecki
Główny wykonawca: Andrzej Kordecki
Wykonawcy: Andrzej Kordecki
Opis projektu: Metody zmniejszania błędu odwzorowania barw w kamerach cyfrowych
Afiliowane publikacje: 1. Bal A, Kordecki A, Palus H, Frackiewicz M: Porównanie dokładności reprodukcji barw dla wybranych systemów kalibracji kolorymetrycznej monitorów LCD, Przegląd Elektrotechniczny, 2016, DOI:10.15199/48.2016.04.16
2. Kordecki A., Palus H., Bal A.: Fast vignetting reduction method, 20th International Conference on Methods and Models in Automation and Robotics (MMAR 2015), Międzyzdroje, Poland, 24-27.08.2015
3. A. Bal, A. Kordecki, H. Palus, M. Frackiewicz: Evaluating of selected systems for colorimetric calibration of LCD monitors, ICMMI 2015 International Conference on Man-Machine Interactions, October 6-9, 2015 The Beskids, Poland, Proceedings: Springer-Verlag series Advances in Intelligent Systems and Computing, Man–Machine Interactions 4, Publisher: Springer International Publishing, Editors: Aleksandra Gruca, Agnieszka Brachman, Tadeusz Czachórski, Stanisław Kozielski
4. A. Kordecki, A. Bal, Capturing the Best Hyperspectral Image in Different Lighting Conditions, The 8th International Conference on Machine Vision (ICMV 2015), Barcelona, Spain, 18-22.11.2015
Tytuł projektu: Narzędzia bioinformatyczne do poszukiwania genetycznych markerów promieniowrażliwości w grupie osób o zróżnicowanym stopniu pokrewieństwa.
Opis projektu: Narzędzia bioinformatyczne do poszukiwania genetycznych markerów promieniowrażliwości w grupie osób o zróżnicowanym stopniu pokrewieństwa.
Afiliowane publikacje: 1. Dolbniak M, Zyla J, Kabacik S, Manning G, Badie C, Alsbeih G, Polanska J: Is the identification of SNP-miRNA interactions supporting the prediction of human lymphocyte transcriptional radiation responses? 6th International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms. pp.243-250 Eds. Oscar Pastor, Christine Sinoquet, Ana Fred, Hugo Gamboa and Dirk Elias ISBN: 978-989-758-070-3 BIOSTEC/BIOINFORMATICS 2015, 12-15 January 2015, Lisbon, Portugal
2. Zyla J., M. Dolbniak, Badie C., Alsbeih G., Polanska J: Trend control focused integration in modeling genotype-phenotype interactions. 19th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology RECOMB 2015, Book of abstracts, p. 84-85, 11.04-15.04.2015 Warsaw, POLAND
3. Zyla J, Badie C, Alsbeih G and Polanska J: Comprehensive multiomics analysis of radiosensitivity phenomena, 2015. International Synthetic and Systems Biology Summer School (SSBSS 2015), 05/07/2015-09/07/2015, Taormina, pp. 34
4. Zyla J., Badie C., Alsbeih G., Polanska J.: Integrative data analysis for DNA damage repair genes related to p53. Acta Biochim Polonica vol.61(Suppl.1):101 - 1st Congress of Biochemistry, Cell Biology, Biophysics and Bioinformatics, Warszawa Sept. 9–12 2014
5. Zyla J. Alsbeih G. Kabacik S. Badie C. Polanska J: Heredity of the G1 and G2 cell cycle phase based on genes in p53 pathway. XVIII Gliwice Scientific Meetings, Book of abstracts, p. 160. 21-22.11.2014, Gliwice, Poland
Opis projektu: Cel naukowy projektu stanowi stworzenie procedury oraz narzędzi bioinformatyki integratywnej dla analizy danych o poziomach ekspresji genów z dwóch lub więcej eksperymentów. Badania te mają za zadanie wyznaczyć genową sygnaturę promieniowrażliwości w grupie pacjentek chorych na raka piersi. Dane pozyskane zostały w ramach dwóch projektów programu EURATOM: GENEPI low RT oraz RACE, we współpracy z Public Health England, Chilton, Wielka Brytania.
Afiliowane publikacje: 1. Papiez A, Kabacik S, Badie C, Bouffler S, Polanska J: Statistical integration of p-values for enhancing discovery of radiotoxicity gene signatures. Bioinformatics and Biomedical Engineering, Lecture Notes in Computer Science, vol. 9043, pp. 503-513, ISBN 978-3-319-16482-3, Eds. Ortuño, Francisco, Rojas, Ignacio, 3rd International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering IWBBIO 2015, Granada, Spain, 15-17.04.2015
2. Papiez A, Marczyk M, Polanski A, Polanska J: Identifying batch effects in high-throughput biological data using dynamic programming based approach. 19th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology RECOMB 2015, Book of abstracts, p.81, April 12-15, 2015, Warsaw, Poland
3. Papiez A, P-value Integration as a technique for validating high-throughput biomedical experiments, International Synthetic & Systems Biology Summer School 2015, 5-9.07.2015, Book of Abstracts, p.32.
4. Papiez A., Badie C., Polanska J.: Statistical methods for integrating high-throughput biological data. Acta Biochim Polonica vol.61(Suppl.1):95 - 1st Congress of Biochemistry, Cell Biology, Biophysics and Bioinformatics , Warszawa Sept. 9–12 2014
5. Papiez A, C Badie, J Polanska: Impact of the selection of statistical test on the quality of gene signatures in an integrative analysis approach. XVIII Gliwice Scientific Meetings, 21-22 Nov 2014, Gliwice, p.125
Opis projektu: Systemy wspomagania diagnostyki chorób nowotworowych wykorzystujący wyniki badania magnetycznego rezonansu jądrowego
Afiliowane publikacje: 1. Binczyk F, Marczyk M and Polanska J: Mixture model based efficient method for magnetic resonance spectra quantification. Bioinformatics and Biomedical Engineering, Lecture Notes in Computer Science, vol. 9044, pp.406-417, ISBN 978-3-319-16480-9, Eds. Ortuño, Francisco, Rojas, Ignacio, 3rd International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering IWBBIO 2015, Granada, Spain, 15-17.04.2015
2. Staniszewski M, Binczyk F, Skorupa A, Boguszewicz L, Sokol M, Polanska J, Polanski A: Comparison of black box implementations of two algorithms of processing of NMR spectra, Gaussian Mixture Model and Singular Value Decomposition, 8th International Conference on Bio-inspired Systems and Signal Processing. pp.57-65 ISBN: 978-989-758-069-7 Eds:Harald Loose, Ana Fred, Hugo Gamboa and Dirk Elias, BIOSTEC/BIOSIGNALS 2015, 12-15 January 2015, Lisbon, Portugal
3. Binczyk F, Weber C, Gotz M, Stieltjes B, Maier-Hein KH, Meinzer HP, Tarnawski R, Bobek-Billewicz B and Polańska J. Determination of high-grade brain tumours internal structure based on magnetic resonance diffusion imaging and signal decomposition to Gaussian mixture model, 2015. 19th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB 2015), 12/04/2015-15/04/2015, Warsaw, Poland.
4. Fudzińska M, Tarnawski R, Nowicka E, Grzbiela H, Gawkowska-Suwińska M, D’Amico A, Binczyk F, Matulewicz L: Ga-68 DOTATATE PET/CT imaging for robotic radiotherapyin patients with meningiomas, Radiotherapy and Oncology, v.115, pp:II, doi: 10.1016/S0167-8140(15)41691-3
5. Bińczyk F: Analiza metabolizmu nowotworów mózgu z wykorzystaniem spektroskopii magnetycznego rezonansu jądrowego oraz matematycznego modelu mieszanin gaussowskich, I Seminarium Polskiego Towarzystwa Proteomicznego, Gliwice 4-5 czerwca 2014
6. Binczyk F, Marczyk M, Polanski A, Polanska J: An efficient approach for estimating GMM initial conditions as a way of improvement of Nuclear Magnetic resonance spectra analysis. Acta Biochimica Polonica 2014, vol.61(Supp. 1), p. 78. 1st Congress of Biochemistry, Cell Biology, Biophysics and Bioinformatics, Warszawa, Poland, September 9–12, 2014
7. Binczyk F, M Marczyk, J Polanska: Fast and efficient techniques of magnetic resonance spectra decomposition based on mixture model. XVIII Gliwice Scientific Meetings, 21-22 Nov 2014, Gliwice, p.55
Opis projektu: Zastosowanie obliczeń równoległych w modelowaniu danych mieszaniną rozkładów normalnych
Afiliowane publikacje: 1. Binczyk F, Marczyk M and Polanska J: Mixture model based efficient method for magnetic resonance spectra quantification. Bioinformatics and Biomedical Engineering, Lecture Notes in Computer Science, vol. 9044, pp.406-417, ISBN 978-3-319-16480-9, Eds. Ortuño, Francisco, Rojas, Ignacio, 3rd International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering IWBBIO 2015, Granada, Spain, 15-17.04.2015
2. Marczyk M, Drazek G: Different approaches to detection and quantification of spectral peaks in mass spectrometry imaging data. 9th Central and Eastern European Proteomics Conference CEEPC 2015, 15-18.06.2015 Poznań, p.13
3. Marczyk M, Polanska J, Polanski A: Modeling of MALDI-ToF spectra by parallel computing. Acta Biochimica Polonica 2014, vol.61(Supp. 1), p. 92. 1st Congress of Biochemistry, Cell Biology, Biophysics and Bioinformatics, Warszawa, Poland, September 9–12, 2014
4. Binczyk F, M Marczyk, J Polanska: Fast and efficient techniques of magnetic resonance spectra decomposition based on mixture model. XVIII Gliwice Scientific Meetings, 21-22 Nov 2014, Gliwice, p.55
Opis projektu: Narzędzia bioinformatyczne do analizy danych typu GWAS.
Afiliowane publikacje: 1. Zyla J. Badie C. Alsbeih G. Polanska J: Gene - cell-cycle correlation in response to ionizing radiation (preliminary analysis). XVII Gliwice Scientific Meetings, Book of abstracts, p. 177. 15-16.11.2013, Gliwice, Poland
Opis projektu: System wspomagania diagnostyki chorób nowotworowych wykorzystujących widma 1 HNMR
Afiliowane publikacje: 1. Binczyk F. Hebda A. Bobek-Billewicz B. Tarnawski R. Polanska J: Multidimensional mixture modelin as possible way of improvement in analysis of nuclear magnetic resonance spectroscopy data - prelimnary analysis Acta Biochim Polonica vol.60(Suppl.1):96. 48th Annual Meeting of the Polish Biochemical Society. 2-5.09.2013. Toruń, Poland
2. Binczyk F. Bobek-Bilewicz B. Hebda A. Hejduk B. Polanska J: The differentation of head/neck tumors with use of information about the diffusion of water molecules obtained from nuclear magnetic resonance data. XVII Gliwice Scientific Meetings. Book of abstracts, p. 178. 15-16.11.2013, Gliwice, Poland
3. Binczyk F. Staniszewski M. Polnik A. Boguszewicz Ł. Sokół M. Polanski A. Polanska J: The detection of neural progenitor cell signal in nuclear magnetic resonance spectroscopy data. XVII Gliwice Scientific Meetings, Book of abstracts, p. 179. 15-16.11.2013. Gliwice, Poland
4. Staniszewski M. Binczyk F. Polanska J. Polanski A: Comparison of available computer software for nuclear magnetic spectroscopy, 21st Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 12th European Conference on Computational Biology ISMB/ECCB 2013, 21-23.07.2013. Berlin. Germany
Opis projektu: Celami badań były:
• badanie metod analizy specyficznych danych biologicznych, jakimi są białkowe widma masowe otrzymywane po zastosowaniu chromatografii cieczowej i spektrometrii masowej
• dopasowanie modelu mieszanin Gaussowskich do widma masowego i dostrojenie jego parametrów do wysokiej rozdzielczości pomiarów
• poprawny alignment widm masowych, w celu redukcji przesunięć pomiędzy widmami pochodzącymi z tego samego eksperymentu
Do zrealizowanych prac należą:
• stworzenie nowych metod kontroli jakości widm masowych opartych na odpornych wersjach miar SNR oraz CV oraz ich porównanie z rozwiązaniami obecnymi w literaturze
• analiza modelowania widm masowych LC-MS za pomocą mieszaniny rozkładów Gaussa
• przebadanie dostępnych algorytmów alignmentu widm
Do najważniejszych osiągnięć należą:
• usunięcie pomiarów odstających za pomocą wprowadzonej metody zwiększą integralność wewnątrzgrupową pomiarów oraz powtarzalność algorytmu detekcji pików. Udowodniono również, że kontrola jakości otrzymywanych widm jest niezbędnym krokiem wstępnej analizy danych
• GMM bardzo dobrze odzwierciedla kształt sygnału widma LC-MS i pozwala na jego modelowanie. Wprowadzone rozwiązanie, ze względu na zbyt dokładne dopasowanie do sygnału, wymaga jeszcze dopracowania
Afiliowane publikacje: 1. Marczyk M, Polanska J: Methods for quality control of low-resolution MALDI-ToF spectra, Proceedings of 5th International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms p.172-177, ISBN:978-989-758-012-3. BIOSTEC/Bioinformatics 2014, 03-07.03.2014 Angers, FRANCE
Tytuł projektu: Narzędzia bioinformatyki integratywnej dedykowane poszukiwaniu genomicznych sygnatur radiowrażliwości w oparciu o populację o zróżnicowanym stopniu pokrewieństwa
Opis projektu: Narzędzia bioinformatyki integratywnej dedykowane poszukiwaniu genomicznych sygnatur radiowrażliwości w oparciu o populację o zróżnicowanym stopniu pokrewieństwa
Afiliowane publikacje: 1. Joanna Tobiasz, Najla Al-Harbi, Sara Bin Judia, Salma Majid, Ghazi Alsbeih, and Joanna Polanska: Are Radiosensitive and Regular Response Cells Homogeneous in Their Correlations Between Copy Number State and Surviving Fraction After Irradiation? 6th International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering, IWBBIO 2018, April 25-27, 2018, Granada, Spain. Lecture Notes in Bioinformatics, 10813:197-208, doi: 10.1007/978-3-319-78723-7_17
2. Zyla J, Badie C, Albeih G, Polanska J: Heritability in radiation response investigation of H2AX and MDM2. In Proceedings of the XXIII National Conference on Applications of Mathematics in Biology and Medicine, 2017, p. 155-160. Eds. U. Forys, J. Smieja, ISBN: 978-83-932893-3-2
3. Zyla J., Kabacik S., Manning G., Finnon P., Wakil S., Alsbeih G., Badie C., Polanska J.: Genetic factors in radiation-induced gamma-H2AX phosphorylation and in silico based identification of SNPs influencing its response level. 4th International Symposium on the System of Radiological Protection of International Commission on Radiological Protection and 2nd European Radiation Protection Research Week, ICRP-ERPW 2017, p.83, 10-12.10.2017, Paryż, France
Tytuł projektu: Algorytmy statystyczne do analizy danych pochodzących z różnych platform eksperymentalnych, dotyczących skutków promieniowania jonizującego u osób o zróżnicowanych uwarunkowaniach genetycznych
Afiliowane publikacje: 1. Cecotka A., Polanska J.: Zmiany poziomu metylacji DNA w różnych regionach genomu w ostrej białaczce szpikowej. Śląskie Spotkania Naukowe IV SSN, 24-25.03.2017, Ustroń, Polska, p.12
2. Cecotka A., Polanska J.: Novel Method of Identifying DNA Methylation Fingerprint of Acute Myeloid Leukaemia. In: Fdez-Riverola F., Mohamad M., Rocha M., De Paz J., Pinto T. (eds) 11th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics. PACBB 2017. Advances in Intelligent Systems and Computing, vol 616. pp 189-196, (2017) Springer, Cham ISBN:978-3-319-60815-0
3. Cecotka A, Manning G, Badie C, Bouffler S, Polanska J: Demethylation level diversification among different genome regions in human AML, Book of Abstracts, p.104, XX Gliwice Scientific Meetings, Gliwice, November 18-19, 2016
Tytuł projektu: Algorytmy przetwarzania i analiza metod statystycznych umożliwiających wykrywanie różnic molekularnych pomiędzy tkanką zdrową a nowotworową w obrazowaniu MALDI-MSI (t.7)
Opis projektu: Algorytmy przetwarzania i analiza metod statystycznych umożliwiających wykrywanie różnic molekularnych pomiędzy tkanką zdrową a nowotworową w obrazowaniu MALDI-MSI
Afiliowane publikacje: 1. Frątczak K, Gawin M, Chekan M,Pietrowska M, Widłak P, Polanska J:Pan-Cancer comparative analysis of molecular signatures based on MALDI-MSI data,Gliwickie Spotkania Naukowe 2019, 22-2317.11.2019, Gliwice, Polska, p.105
Opis projektu: Stworzenie i implementacja algorytmu deizotopingu w spektrometrii mas do badań nad nowotworami
Afiliowane publikacje: 1. Anna Glodek, Joanna Polańska: Metody identyfikacji obwiedni izotopowych w danych z obrazowania molekularnego MALDI-ToF, Śląskie Spotkania Naukowe 2019, 10-11.05.2019, Kroczyce
2. Anna Glodek, Marta Gawin, Mykola Chekan, Monika Pietrowska, Jacek Łęski, Joanna Polańska, Can the spatial distribution in MSI support the identification of the isotopic envelope?, CEEPC 2019, 23 - 26.09.2019, Ustroń, Poland
Tytuł projektu: Narzędzia bioinformatyczne do analizy porównawczej oraz funkcjonalnej danych pochodzących z głębokiego sekwencjonowania materiału genetycznego z egzosomów i komórek nowotworowych (temat 9)
Opis projektu: Narzędzia bioinformatyczne do analizy porównawczej oraz funkcjonalnej danych pochodzących z głębokiego sekwencjonowania materiału genetycznego z egzosomów i komórek nowotworowych
Opis projektu: Analiza profili CNV linii komórkowych o różnej radiowrażliwości
Afiliowane publikacje: 1. Tobiasz J., Al-Harbi N., Bin Judia S., Majid S., Alsbeih G., Polanska J., Copy Number State differences between extremely radiosensitive and extremely radioresistant patients. XII Symposium of Polish Bioinformatics Society. Book of abstracts, p. 76. 19-21.09.2019, Cracow, Poland
2. Tobiasz J., Al-Harbi N., Bin Judia S., Majid S., Alsbeih G., Polanska J., How accurately can we predict Surviving Fraction after Irradiation based on the Copy Number State? 4th European Radiation Protection Week ERPW 2019. Book of abstracts, p. 135. 14-18.10.2019, Stockholm, Sweden
3. Tobiasz J., Polanska J., Biomarkers of breast cancer subtypes identified from RNA-Seq data. XXII Gliwice Scientific Meetings, Book of abstracts, p. 146. 16-17.11.2018, Gliwice, Poland
English (UK) 