W dniach 27-29 lipca 2018 w miejscowości Póvoa de Varzim w Portugalii odbyła się konferencja: 15th International Conference on Image Analysis and Recognition. Wyniki wspólnych z prof. Henrykiem Palusem zaprezentował dr inż. Mariusz Frąckiewicz. Podczas konferencji rozstrzygnięto ogłoszony wcześnie konkurs dotyczący segmentacji zdjęć histopatologicznych w diagnozie raka piersi. Najlepsze rezultaty uzyskane zostały przy zastosowaniu konwolucynych sieci neuronowych i technik głębokiego uczenia.

Dodano: 2018-08-06

Pobyt naukowy dr Adama Popowicza w Meksyku

W dniach 12 – 30 czerwca pracownik ZAED, dr inż. Adam Popowicz, został oddelegowany na wyjazd naukowy połączony z konferencją SPIE Telescopes+Instrumentation w Austin, USA. Na konferencji wygłosił on referat pt.: „PSF photometry for BRITE nano-satellite mission”, natomiast po konferencji został zaproszony na tygodniowy pobyt w obserwatorium meksykańskim na szczycie San Pedro Martir. Dr Popowicz pomagał współpracownikom z Meksyku w prowadzeniu nowatorskich badań wykorzystujących szybką fotometrie gwiazd z pomocą matryc EMCCD. W ostatnim tygodniu swojego pobytu przebywał w Mexico City, gdzie był goszczony przez Meksykańską Agencję Kosmiczną. Tematem prac w stoicy Meksyku było poszukiwanie przedsięwzięć oraz tematów na przyszłe projekty kosmiczne realizowane przy współpracy międzynarodowej

Dodano: 2018-07-13

Szkoła letnia i konferencja q-bio 2018

W dniach 10-25 czerwca na Uniwersytecie Rice w Houston (Teksas, USA) odbyła się szkoła letnia q-bio 2018, w której udział brała doktorantka naszego Zakładu, Justyna Mika. Zajęcia w ramach q-bio są prowadzone przez wielu poważanych naukowców oraz dotyczą zastosowania metod obliczeniowych w biologii, ze szczególnym uwzględnieniem modeli opisujących dynamikę nowotworów oraz rozwój komórek.
Tegoroczna konferencja q-bio 2018 również odbyła się w Houston, w dniach 26-29 czerwca. Mgr Justyna Mika zaprezentowała na niej wyniki następującej pracy: Does diversity of T cell receptors functionality depend on age and sex? - Justyna Mika, Kengo Yoshida, Yoichiro Kusunoki, Serge Candeias, Joanna Polanska.

Dodano: 2018-07-11

12th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics

W dniach 20-22.06.2018 odbyła się w Toledo XII międzynarodowa konferencja Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics. Doktorantka naszego zakładu, Anna Papież, wygłosiła referat na temat następującej zgłoszonej pracy: Can an Integrative SNP Approach Substitute Standard Identification in Comprehensive Case/Control Analyses? - Anna Papiez, Marcin Skrzypski, Amelia Szymanowska-Narloch, Ewa Jassem, Agnieszka Maciejewska, Ryszard Pawlowski, Rafal Dziadziuszko, Jacek Jassem, Witold Rzyman and Joanna Polanska

Dodano: 2018-06-22

Wizyta prof. Soile Tapio, Helmholtz Zentrum München

W dniach 13-14 czerwca 2018 roku gościmy w naszym zakładzie prof. Soile Tapio, kierownika Instytutu Biologii Radiacyjnej, Helmholtz Zentrum München. Wizyta ma na celu omówienie wyników wspólnie prowadzonych badań oraz opracowanie planów badawczych na najbliższy czas. Serdecznie zapraszamy do wysłuchania wykładu "Effects of ionizing radiation in heart and brain", który wygłoszony będzie przez naszego Gościa w czwartek, 14 czerwca o godzinie 08:30 w Auli E Wydziału Automatyki, Elektroniki I Informatyki. Szczegóły w załączonym abstrakcie. Wstęp wolny dla studentów, doktorantów i pracowników Wydziału Automatyki, Elektroniki i Informatyki.
Dodatkowe informacje

Dodano: 2018-06-12

Szkoła letnia MCB Uniwersytetu Jagiellońskiego już za nami!

W dniach 22-25 maja 2018 roku w Zakopanem odbyła się 1st Summer School of the Malopolska Centre of Biotechnology, w której uczestniczyli pracownicy i doktoranci naszego zakładu. Motywem przewodnim tego spotkania było “BigData in Life Science: challenges and opportunities”. Na zaproszenie organizatorów, Prof. Joanna Polańska wygłosiła wykład "Feature selection in life sciences" w ramach sesji poświęconej bioinformatyce, natomiast doktorantki: Katarzyna Bednarczyk oraz Joanna Tobiasz, w ramach studenckiej sesji plakatowej, przedstawiły podsumowanie dotychczasowych wyników swoich badań:
1. Katarzyna Bednarczyk, Grzegorz Mrukwa, and Joanna Polanska: Adaptive training set selection for classification in mass spectrometry imaging data.
2. Joanna Tobiasz, Najla Al-Harbi, Sara Bin Judia, Salma Majid, Ghazi Alsbeih, and Joanna Polanska: Mathematical modelling as a method of feature selection for radiosensitivity biomarkers identification.
Prezentacje spotkały się z dużym zainteresowaniem uczestników szkoły. Serdecznie gratulujemy!

Dodano: 2018-05-28

Warsztaty studenckie - Lewin Kłodzki

W dniach 25-27 maja 2018 w Lewinie Kłodzkim odbyły się warsztaty studenckie dla kół naukowych: AKN Bionanopor Politechniki Wrocławskiej oraz BioSKN Politechniki Śląskiej. Studenci bioinformatyki mieli okazję zaprezentować wyniki swoich prac na sesji plakatowej, wziąć udział w warsztatach modelowania struktur białkowych in silico oraz zapoznać się wzajemnie z działaniami prowadzonymi przez oba koła. Pracownicy ZAED zostali zaproszeni do wygłoszenia prezentacji edukacyjnych dla studentów:
Anna Papież: "Jak nie trafić w pudło? czyli efekt paczki w bioinformatyce"
Franciszek Binczyk: "Algorytm automatycznej identyfikacji limfocytów w obrazach tkankowych"
Wyjazd był bardzo owocny zarówno pod kątem naukowym, jak i w dziedzinie networkingu :) Zapraszamy do galerii na fotorelację.
Trzymamy kciuki za naszych studentów, aby ich projekty nadal rozwijały się tak dobrze i mamy nadzieję do zobaczenia za rok!

Dodano: 2018-05-25

Konkurs OPUS NCN - sukces naszych pracowników

Miło nam poinformować, że wniosek badawczy: MIRaSLC - Metaboliczna i radiomiczna sygnatura wczesnego raka płuca, przygotowany w ramach konsorcjum naukowego Instytutu Onkologii w Gliwicach, Politechniki Śląskiej oraz Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego, uzyskał najwyższe oceny w ramach właśnie rozstrzygniętej 14 edycji konkursu OPUS Narodowego Centrum Nauki. Wniosek zgłoszony został w panelu NZ7 "Nauki o lekach i zdrowie publiczne", a funkcji lidera konsorcjum podjął się Instytut Onkologii w Gliwicach.
Celem projektu jest zweryfikowanie hipotezy, że w surowicy (m.in. w krążących egzosomach) można wykryć cechy metaboliczne charakterystyczne dla choroby nowotworowej (sygnatura molekularna), a ich skojarzenie z parametrami określonymi na podstawie badania obrazowego MRI i CT (sygnatura radiomiczna) może pozwolić na bardziej czułe i swoiste określenie ryzyka wczesnego raka płuca.
Pracownicy naszego zakładu odpowiedzialni będą za opracowanie algorytmów wspierających identyfikację w metabolomie surowicy krwi składników charakterystycznych dla osób z wczesnym rakiem płuca. Prowadzone też będą prace dotyczące obecności w egzosomach surowicy składników metabolomu, proteomu i miR-omu charakterystycznych dla wczesnego raka płuca. Głównym zadaniem będzie jednak opracowanie i przetestowanie algorytmów umożliwiających stworzenie radiomicznej sygnatury wczesnego raka płuca, oraz opracowanie i przetestowanie modelu umożliwiającego połączenie molekularnej i radiomicznej sygnatury wczesnego raka płuca.
Studentów i potencjalnych doktorantów zainteresowanych udziałem w tym projekcie prosimy o kontakt z prof. Joanną Polańską.

Dodano: 2018-05-17

Zespół Spectre na European Startup Days 2018!

W dniach 14-16 maja 2018 r. w Międzynarodowym Centrum Kongresowym odbył się jubileuszowy X Europejski Kongres Gospodarczy, wraz ze stowarzyszoną imprezą European Startup Days w Spodku.

Europejski Kongres Gospodarczy to największa impreza biznesowa w Europie Środkowej. Kongres to trzydniowy cykl debat, spotkań i wydarzeń towarzyszących z udziałem ponad 9 tys. gości z Polski i z zagranicy – czołowi przedstawiciele polityki, nauki, gospodarki, biznesu a także prezesi największych korporacji i inwestorzy. W ponad stu sesjach i dyskusjach bierze co roku udział kilkuset prelegentów. Wydarzenia Kongresu relacjonuje co roku kilkuset dziennikarzy polskich i europejskich mediów oraz agencji informacyjnych.

W wydarzeniach wziął udział zespół Spectre, który uzyskał status finalisty w Start-Up Challenge. Dzięki temu miał możliwość zaprezentować swoje rozwiązanie podczas obu imprez podczas pięciominutowych prezentacji, a ponadto wymienić doświadczenia z innymi uczestnikami na zorganizowanym stoisku.

Wszystkim słuchaczom i rozmówcom serdecznie dziękujemy!
Dodatkowe informacje

Dodano: 2018-05-16

Konferencja IWBBIO 2018

W dniach 25 – 27 kwietnia 2018 r. na Uniwersytecie w Grenadzie odbyła się konferencja IWBBIO 2018 (6th International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering). Nasz zakład reprezentowany był przez mgr inż. Joannę Tobiasz, która wygłosiła następujący referat:
Joanna Tobiasz, Najla Al-Harbi, Sara Bin Judia, Salma Majid, Ghazi Alsbeih and Joanna Polanska: Are Radiosensitive and Regular Response Cells Homogeneous in their Correlations Between Copy Number State and Surviving Fraction After Irradiation?
Tematyka konferencji objęła zagadnienia związane między innymi z zastosowaniem metod uczenia maszynowego oraz eksploracji danych w bioinformatyce, biomedycynie i inżynierii biomedycznej.

Dodano: 2018-05-10