English (UK) 
Doktorant poszukiwany :-)
W roku akademickim 2019/2020 przyjęcia na studia doktoranckie odbywać się będą według nowych zasad. Kształcenie odbywać się będzie w Szkole Doktorów a rekrutacja odbywać się będzie do konkretnego tematu projektu doktorskiego. Na wydziale AEI lista zatwierdzonych tematów obejmuje 22 pozycje.
W ZAED poszukujemy osoby zainteresowanej prowadzeniem prac mających na celu opracowanie systemu automatycznej identyfikacji złośliwych zmian nowotworowych w tkance płuca obrazowanej techniką niskodawkowej tomografii komputerowej (TK), z wykorzystaniem algorytmów uczenia maszynowego, a w szczególności technik klasyfikacji danych. Projekt realizowany będze we współpracy z Gdańskim Uniwersytetem Medycznym. Planowanym promotorem w tym przewodzie doktorskim jest prof. Joanna Polańska, a promotorem pomocniczym dr Franciszek Binczyk.
Chętnym prosimy o kontakt.
Dodatkowe informacje
Dodano: 2019-06-27 Ascona Workshop 2019
W dniach 16-21.07.2019 odbyła się konferencja międzynarodowa: Statistical Challenges in Medical Data Science. Uczestniczyli w niej pracownicy naszego Zakładu Anna Papież i Franciszek Binczyk. Konferencja była okazją do zapoznania się z aktualnymi badaniami prowadzonymi na świecie w szeroko rozumianej bioinformatyce i inżynierii biomedycznej. Prezentacje oraz sesje plakatowe dotyczyły genomiki, proteomiki, analizy Big Data w medycynie, modeli statystycznych oraz wielu innych. Na konferencji nie zabrakło ożywionej dyskusji na sali plenarnej i w kuluarach, było wiele możliwości wymiany myśli oraz doświadczeń.
Pracownicy naszego Zakładu zaprezentowali wyniki swoich prac:
dr inż. Franciszek Binczyk: "Unsupervised method for automated segmentation of lung nodules ona 3D series of Computed Tomography scans"
mgr inż. Anna Papież: "Feature selection based on dose profiles for radiation response biomarker research".
Postery cieszyły sie dużym zainteresowaniem w trakcie dwugodzinnej sesji.
Dodano: 2019-06-16 Warsztaty bioinformatyczne dla studentów
Już po raz trzeci mieliśmy przyjemność współorganizować Warsztaty Bioinformatyczne, które w tym roku odbyły się w Węgierskiej Górce w dniach 24-26 maja. W wydarzeniu wzięli udział członkowie trzech kół studenckich, BioSKN Politechniki Śląskiej, AKN BioNanopor Politechniki Wrocławskiej oraz KNBi Politechniki Poznańskiej. Studenci mieli okazję nabyć wiedzę i praktyczne umiejętności w wykorzystywaniu metod głębokiego uczenia do danych biomedycznych oraz podzielić się podczas sesji posterowej doświadczeniami z realizacji projektów naukowych. Główną część warsztatów, kurs zatytułowany „Zastosowanie głębokiego uczenia do celów analizy obrazów histopatologicznych” poprowadził dr Franciszek Binczyk, a inni pracownicy ZAED zostali poproszeni o wygłoszenie prezentacji:
Prof. Joanna Polańska - „Deep learning jako narzędzie inżynierii cech”, Mgr Anna Papież - „Deep LeaRning: jak ugryźć głębokie uczenie w R?”, Dr Joanna Żyła - „Algorytmy genetyczne w selekcji cech dla modeli regresyjnych”.
Oprócz nabywania nowych umiejętności, uczestnicy mieli okazję aktywnie spędzić czas, zdobywając szczyt Glinne w paśmie Baraniej Góry, nawiązać nowe znajomości i zrelaksować się przy ognisku. Wszystkim uczestnikom życzymy dalszych sukcesów naukowych i mamy nadzieję na kolejne spotkanie w przyszłym roku :).
Dodano: 2019-05-28 Konferencja programistyczna - SatRday 2019
W dniach 17-18.05.2019 na Politechnice Gdańskiej doktoranci oraz pracownicy Zakładu Analizy Eksploracyjnej Danych uczestniczyli w konferencji poświęconej zagadnieniom programowania w języku R. Uczestnicy mieli okazję wziąć udział w warsztatach dotyczących głębokiego uczenia oraz programowania aplikacji webowych z pakietem Shiny R. Drugiego dnia była możliwość wysłuchania ciekawych prezentacji oraz dyskusji dotyczących tematyki programowania w R połączonego z zagadnieniami designu, uczenia maszynowego i wieloma innymi.
Dodano: 2019-05-18 ConRad 2019, 23rd Nuclear Medical Defense Conference in Munich
W dniach 13 - 16 maja 2019 roku, w Monachium, Niemcy, mieliśmy okazję uczestniczyć w obradach konferencji ConRad 2019, 23rd Nuclear Medical Defense Conference. Ta wyjątkowa konferencja jest od wielu już lat organizowana przez Instytut Radiobiologii Bundeswehry przy Uniwersytecie w Ulm. Dodano: 2019-05-15 CELOD: Cellular effects of ionising radiation – introduction to radiation biology W dniach 29 kwietnia – 10 maja na Uniwerystecie Sztokholmskim odbył się kurs będący wprowadzeniem do metod radiobiologii. Wśród uczestników z całego świata znalazła się również nasza studentka – Małgorzata Kamuda. Dodano: 2019-05-15 EURADOS-CONCERT - School on uncertainty in biological, physical, and internal dosimetry W dniach 15-19 kwietnia odbyły się warsztaty dotyczące ochrony przed promieniowaniem w Instytucie Ochrony Radiologicznej i Bezpieczeństwa Jądrowego - IRSN we Francji, w której uczestniczyła doktorantka naszego zakładu, Kinga Leszczorz. Kurs był okazją do zdobycia wiedzy z zakresu estymacji niepewności w ochronie radiologicznej, oraz zdobycia wiedzy z zakresu dozymetrii w szeroko rozumianym pojęciu. Uczestnictwo w warsztatach dało również możliwość poszerzenia wiedzy z zakresu probabilistyki i podejścia Bayesowskiego w analizie danych z radiomiki. Dodano: 2019-04-21 Joanna Żyła - kolejny doktorant ZAED już po obronie Jest nam niezmiernie miło poinformować, że w dniu 2.04.2019 miała miejsce publiczna obrona rozprawy doktorskiej mgr inż. Joanny Żyły zatytułowanej: Zastosowanie modelowania matematycznego oddziaływań genetycznych oraz metod integratywnej analizy danych w badaniach typu GWAS o mało licznych próbach. Po wysłuchaniu referatu, recenzji oraz dyskusji komisja wystosowała wniosek do Rady Wydziału Automatyki, Elektroniki i Informatyki o nadanie Pani mgr Żyle stopnia doktora nauk technicznych. Gratulujemy i życzymy dalszych sukcesów naukowych!. Dodano: 2019-04-02 14th European Molecular Imaging Meeting W dniach 19-22 marca 2019 r. w Glasgow odbyła się konferencja dotycząca obrazowania molekularnego "14th European Molecular Imaging Meeting", w której uczestniczyło dwóch doktorantów naszego zakładu. Pani Katarzyna Frątczak zaprezentowała pracę dotyczącą "Pan Cancer analysis of similarities and differences in hormonal cancers and environmental cancers using MALDI-MSI" - Frątczak K., Gawin M., Pietrowska M., Chekan M., Widłak P., Polanska J. Natomiast Pan Grzegorz Mrukwa zaprezentował "Biological diversity or numeric artifact? MSI data clustering robustness" - Mrukwa G., Frątczak K., Gawin M., Chekan M., Pietrowska M., Widłak P. Wystąpienia te spotkały się z dużym zainteresowaniem uczestników specjalizujących się obrazowaniem MALDI-MSI. Dodano: 2019-03-25 XXI Polska Konferencja Biocybernetyki i Inżynierii Biomedycznej PAN Gorąco zachęcamy do wzięcia udziału w kolejnej edycji Polskiej Konferencji Biocybernetyki i Inżynierii Biomedycznej, organizowanej przez Komitet Biocybernetyki i Inżynierii Biomedycznej Polskiej Akademii Nauk. Konferencja odbędzie się w dniach 25-27 września 2019 roku w Zielonej Górze. Więcej informacji organizacyjnych znajdą Państwo w załączniku lub na stronie www konferencji. Dodano: 2019-03-15
Zwyczajowo zorganizowano dwie główne sesje tematyczne, pierwsza z nich dotyczyła najnowszych osiągnięć w zakresie gotowości na napromieniowanie. Jest to temat obejmujący szerokie spektrum problemów, od podstawowych pojęć ochrony przed promieniowaniem do medycyny katastrof. Temat ważny dla wojska, jak i osób cywilnych.
Druga sesja, zatytułowana „Życie w zanieczyszczonych obszarach”, poświęcona była kwestii życia w strefie radiozanieczyszczonej. Przedstawione referaty dotykały tego problemu z różnych perspektyw, przykładowo omawiano przepisy dotyczące ochrony przed promieniowaniem, porównania z narażeniem na obszarach naturalnego tła, oceny ryzyka epidemiologicznego, odkażanie ziemi, wyniki badań nad wpływem promieniowania na organizym żywe i wiele innych.
Inne przedstawiane prezentacje ustne i plakatowe dotyczyły problemów zarządzania wypadkami radiacyjnymi. Przedstawiano również najnowsze wyniki badań w dziedzinie epidemiologii radiologicznej, medycyny, biologii, fizyki i ochrony przed promieniowaniem. Jednym z prelegentów była prof. Joanna Polanska, która w trakcie swoejgo wykładu przedstawiła wyniki prac zespołu L. Cruz-Garcia, M. Kamuda, J. Polanska, C. Badie, "Is there any similarity in gene ex
Konferencja, stwarzając szczególną okazję do zgromadzenia szerokiego spektrum niemieckich i międzynarodowych ekspertów cywilnych i wojskowych, stanowiła forum dla profesjonalnej i multidyscyplinarnej wymiany doświadczeń i wiedzy w tej konkretnej dziedzinie. Wysoka liczba uczesntików jest związana z faktem, że aspekty te zostaną przedstawione w formie kompleksowej dla szerszej publiczności, co ułatwi ideę ciągłego kształcenia.
W trakcie kursu uczestnicy zdobyli wiedzę m. in. na temat aberracji chromosomowych, promiennego efektu sąsiedztwa (bystander effect) czy naprawy DNA indukowanej promieniowaniem. Podczas części praktycznej zapoznać się można było z metodami napromieniowywania komórek, tworzenia slajdów mikroskopowych oraz oceny wyników na podstawie zdjęć i utworzonych slajdów. Kursanci zostali zapoznani z technikami pomiarów dozymetrycznych oraz eksponowania komórek na promieniowanie rentgenowskie, promienie gamma oraz cząstki alfa, a także pracowali ze źródłami promieniowania gamma o niskiej aktywności. Zajęcia te były okazją m. in. do dyskusji na temat promieniowania powstającego z rozpadu pierwiastków. Uczestnicy poznali metodę Giemsa do przygotowywania barwnych preparatów do analizy mikroskopowej aberracji chromosomowych i mikrojąder. Na ich podstawie otrzymano wyniki, na których wykorzystano poznane techniki analizy statystycznej. W trakcie kursu, studenci zdobyli również wiedzę na temat przeprowadzania hybrydyzacji in situ z całymi sondami chromosomowymi oraz wykrywania ognisk gamma H2AX i uch analizy na podstawie obrazów cyfrowych. Wszelkie poznane techniki posłużyły również, nauczeniu uczestników metod zbierania danych oraz ich analizy, a wszystkie wyniki eksperymentów zostały opracowane i omówione podczas prezentacji, które wykonała każda z czterech grup kursantów.
Wśród zaproszonych wykładowców była prof. Joanna Polańska, której wykład dotyczył metod oceny wielkości efektu w analizach danych pochodzących z eksperymentów radiobiologii o wysokiej przepustowości.
Kurs ten był idealną okazją zarówno do nabycia nowych umiejętności i dyskusji na temat obecnych problemów radiobiologii, ale również do poznania osób z całego świata, wymiany z nimi doświadczeń i wiedzy.
Podczas wykładów, szczegółowo zostały przedstawione zagadnienia pomiarów i obliczeń dawek lub innych parametrów promieniowania jonizującego, które mają wpływ na skutki oddziaływania promieniowania z materią, a w szczególności z ciałem człowieka. Wyjaśniono również, jak radzić sobie z niepewnością pomiarów i przedstawiono kilka podejść stosowanych w różnego typu dozymetrii. Sesja praktyczna odbyła się w środowisku R. Uczestnicy kursu mieli okazję przetestować omówione podejścia w wybranym przez siebie zakresie (dozymetria biologiczna, dozymetria fizyczna, dozymetria wewnętrzna), dzięki czemu mogli również poszerzyć swoje umiejętności programistyczne.
Gorąco zapraszamy do uczestnictwa.
Dodatkowe informacje