W dniach 7-10 sierpnia w Auberge du Lac Taureau (Quebec, Kanda) odbyła się trzecia konferencja naukowa związana z misją satelitarną BRITE. Wziął w niej udział pracownik ZAED dr inż. Adam Popowicz, wygłaszając referat pt.: "PSF photometry of BRITE images". Przedstawił on nowy algorytm przetwarzania obrazów z nanosatelitów oparty na fotometrii profilowej z wykorzystaniem dekompozycji profilów gwiazd za pomocą PCA.

Dodano: 2017-08-11

Konferencja PrecMed 2017

W dniach 27-28 lipca 2017 roku odbyła się na terenie University of Vienna międzynarodowa konferencja Computational Approaches in Precision Medicine PrecMed2017. Tematem wiodącym konferencji było bioinformatyczne wsparcie diagnostyki i indywidualizacji terapii. W trakcie konferencji wysłuchać można było wykładów prof. Seppa Hochreitera – twórcy metody Deep Learning, czy dr. Joaquina Dopazo – autora narzędzi FatiGO, CellMap, czy ActionabblePathways. Wśród zaproszonych wykładowców byli również: dr Weida Tong (FDA, USA), prof. Christos Hatzis (Yale University), prof. Leming Shi (Fudan University), prof. Wenzhong Xiao (Harvard Medical School and Stanford University) oraz dr Christoph Bock (Austrian Academy of Science). Zakres tematyczny prelekcji był bardzo szeroki – od mającej na celu stratyfikację pacjentów analizy genomu, epigenomu, transkryptomu czy proteomu do prezentacji wyników szeroko zakrojonych badań wielodziedzinowych dążących do opracowania modeli mechanistycznych procesów nowotoworzenia na poziomie komórkowym. W grupie wykładowców znalazła się także prof. Joanna Polańska, która na zaproszenie organizatorów konferencji – dr Davida Kreila i dr Pawła Łabaja z BOKU University – przedstawiła wyniki zastosowania algorytmu DivIK do identyfikacji heterogenności obszarów guza w badaniach obrazowania molekularnego MSI (Mrukwa G and Polańska J: Divisive intelligent k-means algorithm in support of identification of homogenous clusters in high dimensional data).
W konferencji uczestniczyli również młodzi pracownicy naukowi z naszego zakładu, przedstawiając wyniki badań w trakcie sesji plakatowej:
1. Bożena Rolnik, Najla Al-Harbi, Sara Bin Judia, Salma Majid, Ghazi Alsbeih, Joanna Polańska: Characteristics of Copy Number Variation in radiosensitive cell line.
2. Franciszek Bińczyk, Michał Marczyk, Joanna Polańska: Detection of lymphocytes in stained whole tissue images by signal modelling approach.
3. Joanna Żyła, Agnieszka Danek, Paweł Łabaj, and Joanna Polańska: iK-means clustering in RNA-Seq data analysis of complex experiment design structure.
4. Anna Papiez, Agnieszka Danek, Paweł Łabaj, Aleksandra Gruca, Joanna Polanska: Functional annotation differences among Drosophila melanogaster strains.

Dodano: 2017-07-31

11th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics

W dniach 21-23 czerwca w Porto odbyła się jedenasta międzynarodowa konferencja Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics (PACBB 2017), zorganizowana przez Polytechnic of Porto. Tematem przewodnim konferencji było zastosowanie metod bioinformatycznych, uczenia maszynowego czy biologii systemowej w praktyce. W wydarzeniu brało udział 4 pracowników naszego zakładu, którzy przedstawili wynik swoich prac w ramach prezentacji ustnej:
Mgr inż. Agnieszka Cecotka zaprezentowała pracę „Novel Method of Identifying DNA Methylation Fingerprint of Acute Myeloid Leukaemia” autorstwa Cecotka A i Polanska J.
Mgr inż. Łukasz Król przedstawił pracę „Multidimensional Feature Selection and Interaction Mining with Decision Tree Based Ensemble Methods” autorstwa Krol L i Polanska J.
Dr inż. Michał Marczyk przedstawił swoją pracę „Processing 2D Gel Electrophoresis Images for Efficient Gaussian Mixture Modeling” .
Mgr inż. Joanna Żyła zaprezentowała pracę „Reproducibility of Finding Enriched Gene Sets in Biological Data Analysis” autorstwa Zyla J, Marczyk M, Polanska J.

Dodano: 2017-07-03

Najlepsi z Najlepszych! 2.0

Miło nam poinformować, że projekt międzyuczelnianej grupy studentów "SPECTRE" uzyskał wsparcie finansowe w ramach programu Najlepsi z najlepszych! 2.0.
Grupa Spectre, pracująca pod opieką naukową Pani prof. Joanny Polańskiej, będzie zmagać się w prestiżowym konkursie Microsoft Imagine Cup 2018. Liderem zespołu jest Pan inż. Grzegorz Mrukwa, a aktywnymi członkami zespołu są studenci naszego Wydziału - Panowie Michał Gallus, Dariusz Kuchta i Sebastian Pustelnik - oraz Wydziału Informatyki, Elektroniki i Telekomunikacji Akademii Górniczo-Hutniczej w Krakowie - Panowie Wojciech Wilgierz oraz Michał Wolny. Ze strony AGH w projekt zaangażował się Pan prof. Bogdan Kwolek.
Obrazowanie molekularne MALDI MSI ma olbrzymi potencjał badawczy i diagnostyczny w medycynie. Umożliwia kompleksowy pomiar metabolitów, peptydów i białek z uwzględnieniem ich zależności przestrzennych. Pozwala m.in. na identyfikację sygnatur molekularnych tkanek nowotworowych oraz badanie heterogeniczności guzów i ich zróżnicowania pomiędzy pacjentami. Brak jest narzędzi wspomagających równoczesną analizę dużej liczby wycinków tkankowych. Problemem jest duża złożoność i rozmiar danych. Dzięki wieloletniej współpracy z krajowymi i europejskimi ośrodkami badawczymi, naukowcy z WAEI opracowali nowatorskie metody ekstrakcji istotnych dla biologii molekularnej i diagnostyki medycznej informacji na bazie pomiarów spektrometrii masowej. Metody te rozwijane są przez zespół Spectre. Tworzony jest serwis internetowy dedykowany szerszemu zastosowaniu powstałych technik kompresji i analizy tych danych w laboratoriach badawczych na całym świecie.
Głównym celem projektu jest wsparcie udziału zespołu w konkursie Microsoft Imagine Cup 2018. Ten prestiżowy konkurs ma zakres globalny, a najlepsze projekty liczyć mogą na pomoc w procesie komercjalizacji produktu.

Zwycięskiemu zespołowi serdecznie gratulujemy i życzymy samych sukcesów!

http://www.nauka.gov.pl/komunikaty/wyniki-naboru-ofert-w-ramach-projektu-najlepsi-z-najlepszych-2-0.html

Dodano: 2017-06-30

Praktyki studenckie 2017

Współpraca z naukowcami z Zakładu Analizy Eksploracyjnej danych to nie tylko możliwość publikacji wyników prac w najlepszych czasopismach lecz również możliwość odbycia ciekawych praktyk studenckich w renomowanych instytutach badawczych. Przekonała się o tym trójka studentów naszego wydziału. Pani Agata Raczyńska oraz pan Szymon Kocot odbędą wkrótce praktykę pod opieką Profesora Witolda Rzymana w Gdańskim Uniwersytecie Medycznym, zaś pani Aleksandra Suwalska poszerzy swoje horyzonty pod skrzydłami Profesora Rafała Tarnawskiego z Gliwickiego oddziału Instytutu Onkologii. W tym miejscu chcemy zaprosić wszystkich studentów do współpracy naukowej z naszym zakładem :). Wysyłamy również za granicę :) Drodzy studenci ... zapraszamy !!!

Dodano: 2017-06-29

Akademia Gimnazjalisty 2017 już za nami

W ostatnim przedwakacyjnym tygodniu klasa 1d, z Gimnazjum im. Noblistów w Gliwicach, miała przyjemność wziąć udział w kolejnym wykładzie w ramach Akademii Gimnazjalisty na Wydziale Automatyki, Elektroniki i Informatyki Politechniki Śląskiej. Podczas spotkania, które poprowadzili: dr inż. Franciszek Binczyk, Aleksandra Suwalska oraz Szymon Kocot, uczniowie dowiedzieli się czym jest uczenie maszynowe i poznali jego przykłady. W drugiej części wykładu uczniowie zapoznali się z problematyką sieci neuronowych, które są sztucznymi strukturami zaprojektowanymi, by imitowały działanie naturalnego układu nerwowego, w szczególności mózgu i znajdują zastosowanie, np. w rozpoznawaniu jednostek chorobowych. Na koniec zajęć, uczniowie mieli możliwość interakcji z wytrenowaną siecią neuronową przystosowaną do rozpoznawania przedmiotów codziennego użytku. Mamy nadzieję że prelekcja była interesująca. Zapraszamy już za rok.

Dodano: 2017-06-25

Akademia GeCONiI - Rozproszone przetwarzanie danych w Hadoop

W dniu 9 czerwca w ramach kolejnej edycji Akademii GeCONiI odbyły się warsztaty poświęcone podstawom wykorzystania technologii Hadoop do rozproszonej analizy danych. Uczestnicy warsztatów mieli okazję zapoznać się z założeniami Hadoopa, architekturą, podstawowymi składowymi oraz przypadkami użycia w kontekście porównania z klasycznymi rozwiązaniami opartymi o relacyjne hurtownie danych. Ćwiczenie przeprowadzone zostało z wykorzystaniem dystrybucji Cloudera i uwzględniało narzędzia takie jak Spark i Impala. Zajęcia poprowadził Łukasz Król - doktorant w Zakładzie Analizy Eksploracyjnej Danych i specjalista ds. Hurtowni Danych i Business Intelligence w firmie Striped Giraffe. Slajdy dostępne są pod adresem:
https://www.slideshare.net/ukaszKrl6/presentations
Dodatkowe informacje

Dodano: 2017-06-12

Akademia GeCONiI - Medical Image Analysis

W dniach 29 maja do 2 czerwca gościliśmy na naszym wydziale panów: Profesora Hansa-Petera Meinzera oraz Doktora Christiana Webera z DKFZ Heidelberg. Panowie przeprowadzili wspólnie kurs zorganizowany w ramach Akademi GeCONiI zatytułowany: Medical Image Analysis. W trakcie 5-cio dniowego kursu studenci, doktoranci oraz pracownicy naszej uczelni mieli możliwość wysłuchania niezwykle interesujących wykładów Profesora Meinzera, który jest znanym autorytetem w środowisku naukowym. Po cyklu wykładów nabytą wiedzę teoretyczną można było sprawdzić w praktyce podczas zajęć Dr Webera. Zdjęcia zrobione w trakcie wykładów i laboratoriów znaleźć można w naszej galerii. Obu panom bardzo dziękujemy za poświęcony dla nas czas. Wszystkich Państwa zachęcamy do udziału w kolejnych edycjach szkoleń organizowanych w ramach Akademi GeCONiI.

Dodano: 2017-06-02

Konferencja OurCon V - 9 grantów do rozdania

Gorąco zachęcamy do uczestnictwa w w 5 edycji konferencji OurCon, poświęconej obrazowaniu spektrometrii mas (MSI). Szczególnie zachęcamy do udziału młodych naukowców dla których organizatorzy przewidzieli atrakcyjne nagrody i 9 grantów pozwalających na całkowite lub częściowe sfinansowanie uczestnictwa w konferencji. Z warunkami rejestracji oraz aplikacji o grant można zapoznać się pod adresem: OurCon V.

Dodano: 2017-06-02

Przygotowania do Volleyball SUT Games

Wprawdzie nie wiemy jeszcze kiedy zorganizowane zostaną pierwsze politechniczne zawody w siatkówce halowej, ale drużyny studentów kierunku biotechnologia i doktorantów (z istotnym wsparciem pracowników) wydziałów AEI i ISE zmierzyły się w czwartek, 1 czerwca, w pierwszym meczu towarzyskim. Graczy Starszaków i Studentów aktywnie wspierała duchowo liczna publiczność zebrana w hali sportowej Politechniki. Dwugodzinne spotkanie zakończyło się wynikiem 5:1 dla Starszaków. Już niebawem mecz rewanżowy....

Dodano: 2017-06-02