Miło nam poinformować, że w 13 edycji konkursu OPUS ogłoszonego przez Narodowe Centrum Nauki, projekt prof. Bogdana Smołki "Odporne metody redukcji szumów mieszanych w barwnych obrazach cyfrowych" uzyskał pozytywne opinie recenzentów i komisji kwalifikacyjnej i został rekomendowany do finansowania. Zespół prof. Smołki pozyskał tym samym fundusze na kontynuację badań w zakresie przetwarzania obrazów cyfrowych. Gratulujemy sukcesu!

Dodano: 2017-11-16

Wellcome Trust Genome Campus course

W dniach 7.11-10.11.2017 w Hinxton, Cambridge, UK odbył się kurs Analysis of High-Throughput Sequencing Data. Do udziału w kursie zostały zakwalifikowane dwie doktorantki Zakładu Analizy Eksploracyjnej Danych: Justyna Mika oraz Anna Papież. Uczestnicy mieli okazję szkolić się pod okiem fachowej kadry europejskich naukowców i poznać tajniki najnowszych metod analizy danych z eksperymentów głębokiego sekwencjonowania. Pani Anna Papież została również z tej okazji beneficjentką stypendium w programie European Joint Programme for the Integration of Radiation Protection Research - CONCERT Travel Grant.

Dodano: 2017-11-10

BiOOskary 2017 wręczone - ponownie 66% nagród dla ZAEDu

Jest nam niezmiernie miło poinformować, że dwoje pracowników naszego zakładu: Pan doktor inżynier Franciszek Binczyk oraz Pani mgr inż. Bożena Rolnik zostali laureatami prestiżowej nagrody przyznanej przez studentów kierunku Bioinformatyka: BiOOskar 2017. Laureatów wyłoniono z grona pracowników naszego wydziału na podstawie głosowania braci studenckiej na najbardziej pro-studenckich nauczycieli akademickich na specjalności Bioinformatyka. Wyróżnienie to przyznano trójce pracowników w trzech kategoriach: „Profesor”, „Doktor” oraz „Doktorant”. W kategoriach "Profesor" i "Doktor" nagrodzeni zostali Panowie: Profesor Andrzej Świerniak z Zakładu Inżynierii Systemów oraz Dr inż. Franciszek Binczyk . W kategorii „Doktorant” wyróżniona została Pani Mgr inż Bożena Rolnik.

W trakcie uroczystości wręczono również nagrodę za najlepiej zrealizowany projekt z przedmiotu Bionformatyka. Nagrodę tą zdobył współpracownik naszego zakładu Pan Szymon Kocot, który realizował projekt pod opieką Pana doktora Franciszka Binczyka.

Jesteśmy niezwykle dumni z osiągnięcia Pana Doktora i Pani Magister. Życzymy wielu dalszych sukcesów dydaktycznych!

Przedstawicielom Bioinformatycznego Studenckiego Koła Naukowego Politechniki Śląskiej gratulujemy świetnego pomysłu i trzymamy kciuki za kolejne zapewne udane inicjatywy.

Dodano: 2017-11-09

Projekt kosmiczny NCBIR

Niezmiernie miło nam poinformować iż firma KP Labs z Gliwic otrzymała dofinansowanie w ramach Programu Operacyjnego Inteligentny Rozwój 2014- 2020 na projekt pt. "Innowacyjny system hiperspektralny do obserwacji Ziemi (HyperCam) o podwyższonej rozdzielczości spektralnej umożliwiający automatyczne przetwarzanie i selekcjonowanie danych satelitarnych na orbicie w oparciu o nowe algorytmy segmentacji i klasyfikacji obrazów satelitarnych wykorzystujące głębokie sieci konwolucyjne". Wykonawcą w projekcie jest również Politechnika Śląska w osobie dr inż. Adama Popowicza z ZAED. Dr Popowicz będzie odpowiedzialny za konstrukcje toru opto-elektronicznego na satelicie oraz jego działanie w przestrzeni kosmicznej. Łączne dofinansowanie projektu z NCBIR wynosi 14mln zł. Pełna lista projektów dofinansowanych przez NCBiR dostępna jest pod adresem http://www.ncbr.gov.pl/gfx/ncbir/userfiles/_public/fundusze_europejskie/inteligentny_rozwoj/1_1_1_1_2017/lista_rankingowa_czerwiec_20_10_17.pdf

Dodano: 2017-10-21

Konferencja ERPW

W dniach 10-12 października w Paryżu odbyła się konferencja 2 European Radiation Protection Research Week. W tym roku była ona połączona wraz z 4 International Symposium on the System of Radiological Protection of ICRP. Tematyka konferencji jest poświęcona szeroko rozumianej ochronie zdrowia jak i efektom promieniowania jonizującego. Zagadnienia związane z analiza danych dla badań nad reakcją na promieniowanie jonizujące jak i ich genetyczne i transkryptomiczne podłoże, są jednym z głównych tematów badań Laboratorium Analiz Danych w naszym zakładzie. W trakcie konferencji swoje prace przedstawili następujący pracownicy zakładu:

- Anna Papiez, Omid Azimzadeh, Soile Tapio, Joanna Polanska: Regression analysis for dose and age related deregulated proteins.
- Bożena Rolnik, Joanna Polanska, Ghazi Alsbeih: How structural changes in genome are connected with radiosensitivity level? Copy number variation analysis
- Joanna Tobiasz, Ghazi Alsbeih, Joanna Polanska: Background radiation-induced differences of Copy Number Variations between radiosensitive and regular response patients
- Joanna Zyla, Sylwia Kabacik, Grainne Manning, Paul Finnon, Salma Wakil, Ghazi Alsbeih, Christophe Badie, Joanna Polanska: Genetic factors in radiation-induced gamma-H2AX phosphorylation and in silico based identification of SNPs influencing its response level

Ponadto pani mgr inż. Joanna Żyła została laureatką stypendium z programu CONCERT, które pozwoliło jej na bezpłatny udział w konferencji. Pani mgr jak i pozostałym prelegentom życzymy sukcesów w dalszych badaniach nad problemami reakcji na napromieniowanie. Fotorelacja z wydarzenia w galerii zakładu.

Dodano: 2017-10-16

Omnium Studiosorum Optimo

2 października 2017r. odbyła się uroczysta inauguracja roku akademickiego 2017/2018. Wzięło w niej udział wielu znamienitych gości, m. in. wicepremier, Minister Nauki i Szkolnictwa Wyższego, dr Jarosław Gowin; przedstawiciele władz samorządowych; posłowie na sejm; rektorzy innych uczelni; a także przedstawiciele biznesu i nauki. Nie zabrakło również pracowników i studentów Politechniki Śląskiej.

Tradycyjny wykład inauguracyjny pt. „Problemy rozwoju materiałów i technologii w turbinowych silnikach lotniczych” wygłosił prof. Lucjan Swadźba z Wydziału Inżynierii Materiałowej i Metalurgii.

Podczas inauguracji zostały wręczone Nagrody Rektora I oraz II stopnia oraz medale Omnium Studiosorum Optimo, dla najlepszych absolwentów studiów inżynierskich i magisterskich Politechniki Śląskiej w roku akademickim 2016/2017.

Miło nam poinformować, że pracownik naszego zakładu, inż. Grzegorz Mrukwa, został laureatem Nagrody Rektora I stopnia oraz nagrodzony medalem Omnium Studiosorum Optimo. Gratulujemy i życzymy dalszych sukcesów!

Dodano: 2017-10-08

OurCon V

W dniach 25-28 września w Doorn (Holandia) odbyła się konferencja OurCon V. Poruszane były na niej zagadnienia z zakresu szeroko pojętego obrazowania molekularnego, a w szczególności obrazowania spektrometrią mas. Zakład Analizy Eksploracyjnej Danych był licznie reprezentowany przez osoby zaangażowane w rozwój związanych z tą dziedziną metod i oprogramowania: mgr inż. Katarzynę Bednarczyk; zespół Spectre: inż. Grzegorza Mrukwę, inż. Michała Gallusa, inż. Dariusza Kuchtę, inż. Macieja Gamrata, inż. Romana Lisaka, inż. Wojciecha Wilgierza, inż. Michała Wolnego, p. Daniela Babiaka i p. Sebastiana Pustelnika.

Zaprezentowane zostały wyniki najnowszych badań przeprowadzonych przez nasz zakład:
- inż. Grzegorz Mrukwa: Do proteomic and lipidomic molecular images provide similar information on tumor heterogeneity?
- mgr inż. Katarzyna Bednarczyk: Adaptive Baseline Correction Algorithm for MALDI Spectra
- inż. Michał Wolny: Co-registration of multimodal imaging data with ellipsis’ shape approximation

Zespół Spectre przedstawił podczas konferencji przygotowywaną platformę do analizy danych molekularnych, której druga wersja została właśnie opublikowana w serwisie GitHub.

Konferencja pomogła nam poznać nowe obszary zainteresowania badaczy w dziedzinie MSI, zarówno pod kątem naukowym, jak i pod względem oprogramowania, które jest potrzebne do wsparcia ich analiz.

Motywem przewodnim było hasło: "Accelerating Potential for MSI". Całość konferencji była mocno nastawiona na młodych naukowców, rozpoczynających karierę naukową, jako osoby o potencjale napędzającym tę dziedzinę. Dzięki temu wyjątkowo wiele wykładów wygłaszanych było przez osoby młode, a atmosferę poprawiał mentorski patronat bardziej doświadczonych badaczy.

Dodano: 2017-10-08

X Sympozjum Polskiego Towarzystwa Bioinformatycznego

W dniach 27-29 września odbyło się X Sympozjum Polskiego Towarzystwa Bioinformatycznego. Na konferencji przedstawione zostały aktualne badania z dziedziny bioinformatyki oraz biologii obliczeniowej. Zakład Analizy Eksploracyjnej Danych reprezentowały mgr inż. Justyna Mika oraz studentka Pani Aleksandra Suwalska, które przedstawiły następujące prace:
mgr inż. Justyna Mika: Reannotation of VDJ segments in complementarity determining region 3 (CDR3) in data from TCR sequencing.
Aleksandra Suwalska: The Application of Deep Convolutional Neural Networks in the Automated Diagnosis of Early Alzheimer Disease on Magnetic Resonance Images. Praca przedstawiała wyniki projektu bioinformatycznego realizowanego pod nadzorem dr. inż. Franciszka Binczyka.
Poza pogłębieniem swej wiedzy naukowej, uczestnicy mogli liczyć na atrakcje zapewnione przez organizatorów. Konferencja miała miejsce w pięknym zabytkowym zamku w Uniejowie, a pokaz walk rycerskich pomógł poczuć atmosferę tego miejsca.

Dodano: 2017-10-06

XXIII Krajowa Konferencja Zastosowań Matematyki w Biologii i Medycynie

W dniach 11-15 września 2017 doktoranci oraz pracownicy naszego Zakładu mieli okazję uczestniczyć w XXIII Krajowej Konferencji Zastosowań Matematyki w Biologii i Medycynie i zapoznać się z tematyką prac badawczych realizowanych w polskich ośrodkach naukowych. Konferencja obejmowała swoim zakresem wiele zagadnień z modelowania matematycznego w biologii nowotworów oraz chorób o podłożu społecznym. Zakład Analizy Eksploracyjnej Danych reprezentowało czworo członków oraz jeden student i wygłosili następujące referaty:
Szymon Kocot, dr inż. Franciszek Binczyk: Application of the convolutional neural network - deep learning - as an efficient technique for automated segmentation of high grade gliomas.
dr inż. Michał Marczyk: Spatial feature selection for finding biomarkers using image mass spectrometry data.
mgr inż. Anna Papież: Response profiles for high and therapeutic radiation doses in breast cancer patients.
mgr inż. Joanna Żyła: Heritability in radiation response investigation of H2AX and MDM2.
Zapraszamy do galerii na fotorelację z wydarzenia.

Dodano: 2017-09-15

Praktyki w zakładzie ZAED

W miesiącach czerwiec-sierpień (01.06.2017 do 31.08.2017) praktykę zawodową w naszym Zakładzie odbył student elektroniki Politechniki Nantes, Victoire Irenge. Opiekunem pracy był dr inż. Adam Popowicz, a tematem było przygotowanie oprogramowania do obsługi szybkiej kamery BONITO z wykorzystaniem dedykowanych bibliotek Matrox MIL.

Dodano: 2017-08-31