Miło jest nam poinformować, że prof. dr hab. inż. Joanna Polańska została liderem PŚ projektu europejskiego "Computational Models for new Patients Stratification Strategies of Neuromuscular Disorders" ("Modele obliczeniowe dla nowych strategii stratyfikacji pacjentów z zaburzeniami nerwowo-mięśniowymi"), który został zakwalifikowany do finansowania w ramach HORIZON Research and Innovation Action, Tools and Technologies for Healthy Society. Liderem całego projektu jest prof. Rossella Tupler z University of Modena, Italy. Serdecznie gratulujemy i trzymamy kciuki za otrzymane rezultaty!

Projekt CoMPaSS-NMD tworzy nowatorskie i uniwersalne narzędzia do stratyfikacji diagnostycznej pacjentów cierpiących na Dziedziczne Choroby Nerwowo-Mięśniowe (HNMD), mające na celu spersonalizowane leczenie.

HNMD często występuje u młodych ludzi, powodując długotrwałą niepełnosprawność i wczesną śmierć; schorzenia te powodują brak możliwości uczestnictwa w życiu społecznym, potrzebę stałej pomocy i mogą wymagać długotrwałej opieki. Wielowymiarowe dane dotyczące HNMD - kliniczne, genetyczne, histopatologiczne i MRI - zostaną dostarczone przez ośrodki kliniczne z Włoszech, Francji, Niemczech, Finlandii i Wielkiej Brytanii w ramach Europejskiej Sieci Referencyjnej Rzadkich Chorób Neurologicznych. Narzędzia obliczeniowe do klasteryzacji wysokowymiarowej będą stosowane w podejściu opartym na uczeniu nienadzorowanym, wykorzystując wewnętrzną strukturę danych do zdefiniowania grup podobnych pacjentów. Zastosowane zostaną techniki uśredniania modeli klasyfikacyjnych i integracji do budowy modeli inspirowanych uczeniem federacyjnym oraz nowe, specyficzne dla HNMD deskryptory obrazów histopatologicznych. Przyjęcie tej wielowymiarowej perspektywy może potencjalnie zwiększyć wskaźnik diagnostyczny HNMD o 30% i sprzyjać skutecznym działaniom europejskich narodowych systemów opieki zdrowotnej. Jako główny rezultat projektu, platforma CoMPaSS-NMD Atlas będzie efektywną kosztowo aplikacją opartą o sztuczną inteligencję, zapewniającą precyzyjną charakterystykę kliniczną i diagnostykę, przy czym dane pozostaną publicznie dostępne dla każdego w społeczności badawczej i zdrowotnej. Projekt dostarczy rekomendacje i wytyczne dla pacjenta, opierając się na stratyfikacji, aby zaoferować najwyższy standard opieki dla diagnozy i prognozy oraz pomóc w planowaniu badań klinicznych. Projekt będzie realizowany zgodnie z metodologią współprojektowania zorientowaną na użytkownika, przy silnym zaangażowaniu zainteresowanych podmiotów i współpracy z innymi grupami badawczymi.

Dodano: 2023-01-19

Szkoła letnia NGSchool 2022

W dniach 15 – 23 września w Jabłonnej odbyła się szkołą letnia NGSchool organizowana przez NGSchool Society. Cztery pracownice naszej Katerdy miały przyjemność uczestnictwa w tym wydarzeniu: Joanna Żyła, Justyna Mika, Joanna Tobiasz i Aleksandra Suwalska. Tegoroczna edycja NGSchool dotyczyła zastosowań metod uczenia maszynowego w biologii obliczeniowej. Podczas szkoły letniej poruszono wiele zagadnień z dziedziny uczenia maszynowego, takich jak: metody regresji, klasyfikacji, selekcji modelu oraz ich walidacji. Ponadto poruszono zagadnienia uczenia nienadzorowanego oraz metody głębokiego uczenia maszynowego. Organizatorom NGSchool dziękujemy za możliwość uczestniczenia w bardzo ciekawej szkole letniej i gorąco polecamy udział w kolejnych edycjach!

Dodano: 2022-09-27

Sympozjum Polskiego Towarzystwa Bioinformatycznego

W dniach 14-16 września 2022 w Warszawie odbyło się sympozjum Polskiego Towarzystwa Bioinformatycznego. Była to doskonała okazja do spotkania polskich i zagranicznych naukowców, zajmujących się analizą różnego rodzaju danych biologicznych i medycznych. Podczas tego wydarzenia prezentacje o swoich pracach wygłosili mgr inż. Joanna Tobiasz oraz mgr inż. Seweryn Kalisz, który odebrał również wyróżnienie za najlepszą pracę magisterską z bioinformatyki obronioną w 2021 roku. Wyniki swoich badań w formie plakatu przedstawili dr inż. Joanna Żyła, mgr inż. Joanna Tobiasz oraz studenci współpracujący z Katedrą IiAED pod opieką prof. dr hab. inż. Joanny Polańskiej: Viviana Laber i Łukasz Piórecki, który zwyciężył w konkursie na najlepszy poster. Gratulujemy i życzymy dalszych sukcesów!

Dodano: 2022-09-18

9th International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering | IWBBIO 2022

W dniach 27-30 czerwca 2022 na Gran Canarii (Hiszpania) odbyła się konferencja IWBBIO 2022 (9th International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering). Podczas tego wydarzenia naszą Katedrę z powodzeniem reprezentowali: dr inż. Michał Marczyk, mgr inż. Anna Glodek, mgr inż. Justyna Mika, mgr inż. Wojciech Prażuch, mgr inż. Aleksandra Suwalska, mgr inż. Joanna Tobiasz oraz Anna Mrukwa, studentka współpracująca z Katedrą IiAED pod opieką dr inż. Joanny Żyły. Konferencja, której tematyka obejmowała zagadnienia takie jak proteomika obliczeniowa, uczenie maszynowe w bioinformatyce, analiza eksploracyjna danych biologicznych oraz zagadnienia związane z pandemią COVID-19, była znakomitą okazją do przedstawienia wyników badań prowadzonych w naszej jednostce, nawiązania nowych znajomości naukowych oraz wymiany doświadczeń.

Dodano: 2022-07-06

Doktorant KIAED członkiem Uczelnianej Rady Samorządu Doktorantów

W dniach 14-15.06.2022 odbyły się wybory do Uczelnianej Rady Samorządu Doktorantów. Miło jest nam poinformować, że Pan Seweryn Kalisz uzyskał poparcie Koleżanek i Kolegów i będzie przedstawicielem naszego Wydziału w tym gremium w roku akademickim 2022/2023. Gratulujemy i życzymy sukcesów!

Dodano: 2022-06-21

Grant projakościowy na staż zagraniczny

Miło nam poinformować, że doktorantka naszej Katedry, mgr. inż. Aleksandra Suwalska, została laureatką konkursu na grant projakościowy w celu odbycia co najmniej 3-miesięcznego stażu w wiodących zagranicznych ośrodkach naukowych w ramach programu Inicjatywa Doskonałości – Uczelnia Badawcza. Grant umożliwi doktorantce odbycie stażu na uniwersytecie Yale w New Haven, w Stanach Zjednoczonych. Gratulujemy i życzymy dalszych sukcesów!

Dodano: 2022-06-17

Grant projakościowy na staż zagraniczny

Miło nam poinformować, że doktorantka naszej Katedry, mgr. inż. Aleksandra Suwalska, została laureatką konkursu na grant projakościowy w celu odbycia co najmniej 3-miesięcznego stażu w wiodących zagranicznych ośrodkach naukowych w ramach programu Inicjatywa Doskonałości – Uczelnia Badawcza. Grant umożliwi doktorantce odbycie stażu na uniwersytecie Yale w New Haven, w Stanach Zjednoczonych. Gratulujemy i życzymy dalszych sukcesów!

Dodano: 2022-06-09

Mecz siatkówki prowadzący kontra studenci

Jak co roku, członkowie Studenckiego Koła Naukowego Biotechnologów zorganizowali Śląskie Dni Biotechnologii „Bakcyl”. Jedną z licznych atrakcji był mecz siatkówki prowadzący kontra studenci. Drużynę prowadzących tworzyli m.in. pracownicy i doktoranci naszej katedry: dr inż. Michał Marczyk, mgr inż. Justyna Mika, mgr inż. Joanna Tobiasz i mgr. inż. Aleksandra Suwalska. Tegoroczny mecz zakończył się wygraną dla prowadzących 3:1, jednak poziom gry był wyrównany. Dziękujemy za mecz oraz dobrą zabawę i liczymy na rewanż w przyszłym roku!

Dodano: 2022-06-04

Warsztaty studenckie BioMeeting

28 maja odbyła się druga edycja studenckich spotkań „BioMeeting” organizowanych przez Bioinformatyczne Studenckie Koło Naukowe z Politechniki Śląskiej oraz koło BioNanopor z Politechniki Wrocławskiej. Na wydarzenie zostali zaproszeni pracownicy naszej Katedry, którzy mieli przyjemność poprowadzić wykłady o następującej tematyce:
Dr inż. Michał Marczyk: „Blaski i cienie AI w medycynie na podstawie systemu CIRCA”,
Dr inż. Joanna Żyła: „Analiza ścieżek sygnałowych w sekwencjonowaniu nowej generacji pojedynczej komórki”,
Mgr inż. Aleksandra Suwalska: „nUMAP: Rozwiązanie dla wizualizacji wielu zbiorów danych oparte na sieciach neuronowych”.
Mamy nadzieję, że tematyka wykładów zaciekawiła uczestników i liczymy na dalszą współpracę w przyszłorocznych warsztatach

Dodano: 2022-05-29

Webinar Novogene

W dniu 21 kwietnia obył się webinar online pod tytułem „A Beginner's Guide to DNA-seq - Bioinformatic Analysis” organizowany przez Novogene Europe, w którym wzięła udział mgr Aleksandra Suwalska, doktorantka naszej Katedry. Kurs obejmował podstawowe pojęcia i metody niezbędne do analizy danych sekwencjonowania DNA, jak również przykłady bardziej zaawansowanych analiz. Zdobyta wiedza na pewno będzie przydatna w prywatnych badaniach.

Dodano: 2022-04-22